[CLC Genomics Workbench] Read mapping에 사용된 총 메모리가 Java 프로세스의 최대값으로 지정된 것보다 많은 이유는 무엇입니까? 공유
[CLC Genomics Workbench] Read mapping에 사용된 총 메모리가 Java 프로세스의 최대값으로 지정된 것보다 많은 이유는 무엇입니까? 링크드인 공유 페이스북 공유 트위터 공유

Read mapping 작업을 실행할 때는 3단계가 있습니다.

  • a pre-processing 단계


  • a computational 단계


  • a post-processing 단계

The pre- and post-processing 단계는 CLC Java 프로세스의 일부이므로 vmoptions 파일의 Xmx 설정을 사용하여 Java에 배치하는 Heap 크기 제한이 적용됩니다.  Workbench에서 이 설정을 변경하는 방법은 아래에 설명되어 있습니다.

Workbench JVM에 대한 메모리 설정 변경
메모리 제한은 설정 후 숫자 값과 단위를 부여하여 속성 파일에서 구성됩니다 -Xmx예를 들어 다음과 같을 수 있습니다.

-Xmx8000m

8000m은 Workbench Java 프로세스가 사용할 수 있는 최대 메모리 양이 8000Mb임을 나타냅니다.

새 메모리 제한이 구성된 경우 다음에 Workbench가 시작될 때 적용됩니다.

관련 속성 파일의 위치는 사용 중인 운영 체제에 따라 다릅니다.

운영체제 별 속성 파일의 위치는 아래 링크를 참조해주시길 바랍니다.

http://resources.qiagenbioinformatics.com/manuals/workbenchdeployment/current/index.php?manual=Setting_amount_memory_available_JVM.html


그러나 Computational 단계는 기본 Binary를 통해 실행됩니다. 따라서 Java 관련 설정의 영향을 받지 않으며 필요한 메모리 양을 사용합니다.


Workbench의 시스템 요구 사항은 아래의 링크 웹사이트에서 제공됩니다(아래 링크 참조). 이 정보에는 특정 샘플 게놈에 대해 Mapping을 실행하는 데 필요한 메모리 양에 대한 안내가 포함됩니다. 필요한 메모리 양은 Mapping 하려는 게놈의 크기와 연결되어 있습니다.

https://www.qiagenbioinformatics.com/system-requirements/

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