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OmicsBox에서 count table (transcript-level)만들때 gene level estimation을 추가하면 "transcript to gene map file"이 있어야하는데 이건 무슨파일로 어떻게 만드나요?
조회 1740
2021. 05. 06 - "Transcript to Gene Mapping File"을 OmicsBox에서 얻으시려면 RNA-Seq De Novo Assembly tool을 이용하시면 됩니다. 하지만 De Novo 분석이 아니신 경우에는 NCBI나 Ensembl에서 reference DB 중 GFF 파일을 이용하여 파일을 만드셔서 이용하시면 됩니다.
Hereditary 변이 분석 시 Genetic Analysis Filter는 어떻게 사용하나요?
조회 1682
2021. 04. 30 - 예를 들어 부모(parents)와 자식 데이터가 있고 자식(child)에게 관심 질환이 있는 경우 Select sample(s) 옵션에서 case로 sample child VCF를 control로 parent VCF 넣고 PED 파일을 첨부하면 Genetic analysis filter를 이용하실 수 있습니다. Genetic analysis filter는 변이의 transmitted/de novo/mendelian 종류를 구분하여 필터링(filtering)하는 것입니다. 주의하실 점은 PED file 작성 시 sample id column에 샘플 VCF 파일명과 같게 작성하셔야 맵핑(mapping)이 될 수 있습니다.
외부에서 뽑은 DEG 파일을 workbench에 import하여 PCA나 Venn diagram을 그릴 수 있나요?
조회 1840
2021. 04. 30 - 불가능합니다. CLC Genomics Workbench에서 PCA나 Venn diagram을 그리시길 원하신다면 sequencing raw data부터 CLC Genomics Workbench에서 다시 분석을 진행해주셔야 합니다.
저희가 가지고 있는 WGS와 referece WGS를 이용하여 phylogenetic tree를 그릴 수 있나요?
조회 1785
2021. 04. 29 - 네 가능합니다. 1. "Whole Genome Alignment | Create Whole Genome Alignment" tool을 클릭 후, 보유하고 계신 WGS data와 reference WGS을 input으로 넣어서 진행 2. "Classical Sequence Analysis | Alignments and Trees | Maximum Likelihood Phylogeny" tool을 이용하여 alignment 파일을 input으로 넣어 tree 그리기
PetaSuite에서 라이선스 차감 방식은 어떻게 되나요?
조회 1569
2021. 04. 28 - 압축된 양 만큼 라이선스가 차감됩니다. 예를 들어 100GB 짜리 bam파일을 30GB로 압축하였다면, 라이선스는 압축된 분량인 70GB가 차감됩니다.
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