• Read mapping시, 각 read 색상은 무슨 의미인가요? 조회 1098 2023. 10. 11 - Read mapping시, 각 read 색상은 다음을 의미합니다.초록색 : Forward 방향 single read붉은색 : Reverse 방향 single read 진한 파란색 : Forward 방향 paired read연한 파란색 : Reverse 방향 paired read노란색 : Non-specific match (mapping시, 여러 곳에서 match)연한 글씨 : Unaligned end (soft-clipped read end)검정색 글씨 + 연한 색깔 배경 : Mismatch (A: 빨간 배경, T: 초록 배경, C: 파랑 배경, G: 노랑 배경)가는 선은 read 사이의 공백을 나타내고, 점은 indel을 나타냅니다.이러한 기본 색상은 아래 그림과 같이 side panel에서 변경할 수 있습니다.더욱 자세한 설명은 아래 온라인 매뉴얼 링크를 통해 참고해주세요.https://resources.qiagenbioinformatics.com/manuals/clcgenomicsworkbench/current/index.php?manual=Coloring_mapped_reads.html
  • 윈도우에서 CLC Network license의 설치 방법을 알고 싶습니다. 조회 2123 2023. 04. 17 - CLC Network 라이선스를 정상적으로 사용하기 위해서는 CLC Network License Manager 라는 프로그램이 필요합니다.이 프로그램의 경우 단순히 라이선스 입출입만 관리하고 있습니다.따라서 사양이 높지 않고, 서버 컴퓨터에 설치하는 것 보다는 사용하고자 하는 연구원과 같은 네트워크 망에 있는 것이 중요합니다.아래 링크에서 설치 프로그램을 다운로드합니다.https://digitalinsights.qiagen.com/products/clc-network-license-manager-direct-download/Default로 설치를 진행했을 경우 기본 위치는 C:\Program Files\CLCNetworkLicenseManager5 입니다.CLC Network License Manager 설치를 완료하셨다면 이를 실행하셔야 합니다.설치 디렉토리로 이동하신 후, installservice.bat를 마우스 우클릭 후 관리자 권한으로 실행해주세요.이후 INSTALLATION AND LAUNCH 9 가 표시되면 키보드의 ENTER키를 누릅니다.윈도우 키 + R 키를 눌러 실행 창을 여신 후 services.msc 를 기입 후 키보드의 ENTER키를 누릅니다.서비스 창에서 LM-X License Server가 Download된 것을 확인할 수 있습니다.서비스 정상 작동 확인 방법은 설치된 폴더의 licenseserver.log 파일의 하단에서 Ready to serve... 라는 문구로 확인할 수 있습니다.메모장 등 텍스트 편집기가 바로 열리지 않는다면 우클릭 후 연결 프로그램을 통해 텍스트 편집기를 선택해주세요.예시는 아래와 같습니다.
  • 윈도우에서 CLC Network license의 적용 방법을 알고 싶습니다. 조회 1770 2023. 04. 17 - 먼저, CLC의 Network 라이선스를 적용하는 단계는 아래의 순서 중 3번째에 해당합니다.- CLC Network License를 통해 분석 컴퓨터에서 사용하기 위한 방화벽 해제- CLC Network License Manager 설치 및 구동- CLC Network 라이선스 적용- 실제 분석 컴퓨터에서 분석 프로그램 설치 및 적용즉, Network 라이선스를 적용하시기 위해서는 먼저 Network License Manager 프로그램의 설치가 완료된 상태여야 합니다.이에 관한 내용은 아래의 링크를 참조해주세요.https://insilicogen.com/board/faq/940/Network License Manager를 설치하셨다면 해당 폴더 내에 아래와 같이 파일들이 설치되어 있는 것을 확인하실 수 있습니다.여기서 licensedownload.bat 파일을 우클릭 후 관리자 권한으로 실행해주세요.실행했을 경우 아래와 같은 창이 실행됩니다.(주)인실리코젠에서 네트워크 라이선스 구매 시 전달받은 라이선스 정보를 붙여 넣고 키보드의 ENTER 키를 눌러주세요.생성된 라이선스 파일은 licenses 폴더에서 찾을 수 있습니다.라이선스 파일을 확인하셨으면 services.msc를 검색하셔서 실행해주세요.아래와 같이 서비스 창에서 LM-X License Server 항목을 우클릭 후 재시작합니다.licenseserver.log 파일 제일 하단의 문구가 Ready to serve... 라고 뜰 경우 정상적으로 적용이 완료된 것입니다.
  • Alignment 후 결과를 수치값으로 확인하는 방법 조회 1999 2022. 05. 11 - CLC Main Workbench 내에서는 alignment를 진행 후, conservation 그래프를 확인할 수 있습니다.해당하는 conservation 그래프 위에 마우스 커서를 올려놓으면 수치값을 퍼센티지로 확인할 수 있지만, 수치값으로 보는 것은 어렵습니다.Conservation 그래프에서 마우스 우클릭하여 'Export Graph to Comma-separated File'을 선택하면 별도의 csv 파일로 모든 포지션의 값을 추출할 수 있습니다.
  • Read mapping에 사용된 총 메모리가 Java 프로세스의 최대값으로 지정된 것보다 많은 이유는 무엇입니까? 조회 2804 2022. 03. 28 - Read mapping 작업을 실행할 때는 3단계가 있습니다.a pre-processing 단계a computational 단계a post-processing 단계The pre- and post-processing 단계는 CLC Java 프로세스의 일부이므로 vmoptions 파일의 Xmx 설정을 사용하여 Java에 배치하는 Heap 크기 제한이 적용됩니다.  Workbench에서 이 설정을 변경하는 방법은 아래에 설명되어 있습니다.Workbench JVM에 대한 메모리 설정 변경메모리 제한은 설정 후 숫자 값과 단위를 부여하여 속성 파일에서 구성됩니다 -Xmx. 예를 들어 다음과 같을 수 있습니다.-Xmx8000m 8000m은 Workbench Java 프로세스가 사용할 수 있는 최대 메모리 양이 8000Mb임을 나타냅니다.새 메모리 제한이 구성된 경우 다음에 Workbench가 시작될 때 적용됩니다.관련 속성 파일의 위치는 사용 중인 운영 체제에 따라 다릅니다.운영체제 별 속성 파일의 위치는 아래 링크를 참조해주시길 바랍니다.http://resources.qiagenbioinformatics.com/manuals/workbenchdeployment/current/index.php?manual=Setting_amount_memory_available_JVM.html그러나 Computational 단계는 기본 Binary를 통해 실행됩니다. 따라서 Java 관련 설정의 영향을 받지 않으며 필요한 메모리 양을 사용합니다.Workbench의 시스템 요구 사항은 아래의 링크 웹사이트에서 제공됩니다(아래 링크 참조). 이 정보에는 특정 샘플 게놈에 대해 Mapping을 실행하는 데 필요한 메모리 양에 대한 안내가 포함됩니다. 필요한 메모리 양은 Mapping 하려는 게놈의 크기와 연결되어 있습니다.https://www.qiagenbioinformatics.com/system-requirements/
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