자주 묻는 질문 | (주)인실리코젠-생물정보 전문기업

Pairwise Differential Expression Analysis (Without Replicates)의 옵션 값 중 Probability는 무엇을 의미하나요? 조회 1255 2022. 11. 18 - Probability는 확률을 의미하며, probability가 threshold를 초과하는 유전자는 차별적으로 발현된 것으로 간주됩니다. Probability를 낮출수록 DEG 수는 많아지게 되지만, p-value가 높을 수록 귀무가설을 기각하지 못하게 되는 것처럼 해당 DEG가 통계적으로 유의하지 않게 됩니다. 따라서 OmicsBox에서는 threshold default 값이 0.9로 설정되어 있습니다.
KEGG pathway permission 인증 받는 방법 조회 1553 2022. 11. 09 - OmicsBox 라이선스를 구매해서 사용 중이더라도 KEGG pathway permission에 대해서는 제공하는 양식을 제출해야 합니다.(www.kegg.jp/feedback/copyright.html)해당 양식을 제출하면 KEGG pathway에 대한 permission을 인증할 수 있습니다.진행하시면서 문의 사항이 생기시면 아래 이메일로 문의 부탁 드립니다.consulting@insilicogen.com
Sequencher 프로그램 시작 시 '10050' 에러가 발생합니다. 조회 2905 2022. 05. 27 - Sequencher 시작 시 '10050' 에러로 인해 프로그램을 이용할 수 없다면 레지스트리 편집기에서 프로그램 관련하여 재설정을 진행해 주십시오.절차는 아래와 같습니다.1. Sequencher 프로그램을 닫습니다.2. 시작 버튼에서 'regedit'을 검색하여 레지스트리 편집기를 실행합니다.3. HKEY_CURRENT_USER > Software > Gene Codes > Sequencher 경로를 찾습니다.4. 기본값(Default)을 제외하고 모든 정보를 삭제합니다.5. 레지스트리 편집기를 닫습니다.6. 휴지통을 비우고 컴퓨터를 재시작합니다.7. 프로그램을 재실행합니다.
Alignment 후 결과를 수치값으로 확인하는 방법 조회 1729 2022. 05. 11 - CLC Main Workbench 내에서는 alignment를 진행 후, conservation 그래프를 확인할 수 있습니다.해당하는 conservation 그래프 위에 마우스 커서를 올려놓으면 수치값을 퍼센티지로 확인할 수 있지만, 수치값으로 보는 것은 어렵습니다.Conservation 그래프에서 마우스 우클릭하여 'Export Graph to Comma-separated File'을 선택하면 별도의 csv 파일로 모든 포지션의 값을 추출할 수 있습니다.
Read mapping에 사용된 총 메모리가 Java 프로세스의 최대값으로 지정된 것보다 많은 이유는 무엇입니까? 조회 2588 2022. 03. 28 - Read mapping 작업을 실행할 때는 3단계가 있습니다.a pre-processing 단계a computational 단계a post-processing 단계The pre- and post-processing 단계는 CLC Java 프로세스의 일부이므로 vmoptions 파일의 Xmx 설정을 사용하여 Java에 배치하는 Heap 크기 제한이 적용됩니다. Workbench에서 이 설정을 변경하는 방법은 아래에 설명되어 있습니다.Workbench JVM에 대한 메모리 설정 변경메모리 제한은 설정 후 숫자 값과 단위를 부여하여 속성 파일에서 구성됩니다 -Xmx. 예를 들어 다음과 같을 수 있습니다.-Xmx8000m 8000m은 Workbench Java 프로세스가 사용할 수 있는 최대 메모리 양이 8000Mb임을 나타냅니다.새 메모리 제한이 구성된 경우 다음에 Workbench가 시작될 때 적용됩니다.관련 속성 파일의 위치는 사용 중인 운영 체제에 따라 다릅니다.운영체제 별 속성 파일의 위치는 아래 링크를 참조해주시길 바랍니다.http://resources.qiagenbioinformatics.com/manuals/workbenchdeployment/current/index.php?manual=Setting_amount_memory_available_JVM.html그러나 Computational 단계는 기본 Binary를 통해 실행됩니다. 따라서 Java 관련 설정의 영향을 받지 않으며 필요한 메모리 양을 사용합니다.Workbench의 시스템 요구 사항은 아래의 링크 웹사이트에서 제공됩니다(아래 링크 참조). 이 정보에는 특정 샘플 게놈에 대해 Mapping을 실행하는 데 필요한 메모리 양에 대한 안내가 포함됩니다. 필요한 메모리 양은 Mapping 하려는 게놈의 크기와 연결되어 있습니다.https://www.qiagenbioinformatics.com/system-requirements/

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