• Plug-in을 인터넷 없이 어떻게 설치할 수 있나요? 조회 742 2025. 01. 23 - CLC Genomics Workbench에서는 다양한 연구 분야에 적용할 수 있는 분석 도구를 제공하기 위해 Plug-in 기능을 지원합니다. Plug-in을 다운로드하는 방법은 두 가지가 있습니다.첫 번째 방법 : 인터넷 연결이 가능한 경우1. CLC Genomics Workbench 실행 후, 우측 상단의 Plug-in 아이콘을 클릭합니다.2. 'Download Plugins'를 선택한 후, 설치하려는 Plug-in을 다운로드합니다.두 번째 방법 : 인터넷 연결이 불가능한 경우1. 다음의 링크에 접속합니다. (Plug-in 다운로드)2. 원하는 Plug-in을 다운로드합니다. 이 파일은 '.cpa' 확장자로 제공됩니다.3. 다운로드한 파일을 외장 하드 드라이브나 USB를 통해 설치할 PC로 이동 시킵니다.4. CLC Genomics Workbench에서 Plug-in 아이콘을 클릭한 후, 'Install from File'을 선택합니다.5. 다운로드 받으신 '.cpa' 파일을 선택하여 설치를 완료합니다. ※ NotePlug-in 설치 후, CLC Genomics Workbench를 재시작 해야 사용 가능합니다.CLC Genomics Workbench를 '관리자 권한으로 실행'하여 설치를 진행해야 문제가 발생하지 않습니다.
  • BED 파일을 import 시키고 싶은데 어떻게 해야 하나요? 조회 1520 2024. 09. 09 - BED (Browser Extensible Data) 파일은 유전체 상에서 특정 target region에 대한 위치 정보를 나타낸 파일입니다.BED 파일은 필수로 3개의 값(Chrom, chromStart, chromEnd)이 필요합니다.CLC Genomics Workbench 상에서 Variant Detection 분석을 수행할 때, 특정 영역에 대한 분석을 위해 BED 파일을 사용해야 합니다.다음은 CLC Genomics Workbench에서 BED 파일을 import 하는 방법입니다.먼저 CLC Genomics Workbench 시작 화면의 왼쪽 상단에 있는 Import 아이콘을 클릭한 후, 'Tracks...'를 선택합니다.그 다음 나타나는 화면에서 파일 형식을 BED 파일로 설정합니다.BED 파일 외에도 다른 파일 형식도 import 할 수 있으니 참고 바랍니다.마지막으로 Reference track을 설정하면 최종적으로 BED 파일을 CLC Genomics Workbench 상으로 불러올 수 있습니다.
  • Mapping Data 및 Mapped Read & Unmapped Read Export 방법이 궁금합니다. 조회 1093 2023. 10. 11 - 1. Reference Mapping Map read to Reference Tool을 이용하여 Mapping을 원하는 read 및 Reference Sequence를 선택해줍니다.   Mapping Option을 모두 선택 후 Result Handling에서 “Collect unmapped reads”옵션을 선택해주시면 Mapping되지 않은 Read들이 따로 Output됩니다. (써모 데이터의 경우 Single read만 나옵니다)  <<Result output>> 2. Reference Mapping data 내보내기CLC 상단의 Export 버튼을 클릭하여 “BAM” File 포맷을 선택합니다.  Export 하려는 Mapping 데이터를 선택해주시고, 바탕화면 등 저장 위치를 지정해주시면 됩니다.     3. Unmapped Read 내보내기Export 하려는 Unmapped read를 선택해주시고, 바탕화면 등 저장 위치를 지정해주시면 됩니다.   4. Mapped Read 내보내기“Extract read Tool”을 이용하여 Mapping 데이터를 선택하셔서 read를 분리해줍니다.이때 Result handling 옵션에서 “Create Sequence List(s)” 를 체크해주세요. (써모 데이터의 경우 Single read만 나옵니다) 진행해주시면 아래와 같이 “Extracted read”라는 Tag를 가지고 Mapping되었던 Read들이 분리되어 나옵니다. CLC 상단의 Export 버튼을 클릭하여 “Fastq 또는 Fasta” File 포맷을 선택합니다. Export 하려는 Extracted read를 선택해주시고, 바탕화면 등 저장 위치를 지정해주시면 됩니다.  
  • 개인 컴퓨터에서 CLC Network license의 적용 방법을 알고 싶습니다. 조회 1192 2023. 10. 11 - 먼저 CLC Genomics Workbench를 사용하려는 컴퓨터 제어판 – 시스템 및 보안 – Windows Defender방화벽 – 고급설정에 접속해주세요.인바운드 규칙을 클릭하여 접속 후, 새 규칙을 클릭해 주세요.포트를 선택해주세요.TCP/UDP를 선택합니다. 포트를 6200으로 설정해주세요.  이후 아래 이미지와 같이 세팅해주세요.  이름을 설정합니다.완료 후 포트가 생성되며 이 과정을 인바운드 규칙/아웃바운드 규칙에 모두 수행해주시고, 이때 UDP/TCP도 각각으로 만들어주세요. • 인바운드 규칙 : UDP/TCP 아웃바운드 규칙 : UDP/TCP 총 4번을 수행해야합니다.  CLC Genomics Workbench의 접속하여 Help – License Manger로 접속합니다. Configure License Server Connection을 선택해 주세요.Hostname/IP-address: IP주소 입력 (고정IP주소를 사용하는 것이 좋으므로 IT 관련 담당자에게 문의 후 사용해주세요)Port: CLC Network License Manager 또는 CLC License Server가 사용하는 포트를 입력해주세요. (기본값 : 6200)   해당되는 License를 선택하면 License Key를 사용할 수 있습니다. (1대의 컴퓨터에서 사용 시 종료해야 다른 컴퓨터에서 사용 가능합니다) 
  • Read mapping시, 각 read 색상은 무슨 의미인가요? 조회 1011 2023. 10. 11 - Read mapping시, 각 read 색상은 다음을 의미합니다.초록색 : Forward 방향 single read붉은색 : Reverse 방향 single read 진한 파란색 : Forward 방향 paired read연한 파란색 : Reverse 방향 paired read노란색 : Non-specific match (mapping시, 여러 곳에서 match)연한 글씨 : Unaligned end (soft-clipped read end)검정색 글씨 + 연한 색깔 배경 : Mismatch (A: 빨간 배경, T: 초록 배경, C: 파랑 배경, G: 노랑 배경)가는 선은 read 사이의 공백을 나타내고, 점은 indel을 나타냅니다.이러한 기본 색상은 아래 그림과 같이 side panel에서 변경할 수 있습니다.더욱 자세한 설명은 아래 온라인 매뉴얼 링크를 통해 참고해주세요.https://resources.qiagenbioinformatics.com/manuals/clcgenomicsworkbench/current/index.php?manual=Coloring_mapped_reads.html
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