[뉴스레터] geneXplain, Release announcement January 2017
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2017. 02. 08 - geneXplain사에서 2017년 1월 뉴스레터를 발행하였습니다.TRANSFAC 릴리즈 2017.1- 242개의 ENCODE ChIP-Seq experiments, 196개의 다른 transcription factors에 대한 4,532,674개의 bindong fragments가 포함되어 있으며, 이 factors 중 139개는 이전에 ChIP-Seq 데이터로는 다루지 않음- SMiLI-Seq(Selective Microfluidics-based Ligand Enrichment followsed by sequencing)을 기반으로 한 105개의 positional weight matrices가 포함- Human, mouse, rat, macaque, Arabidopsis의 gene, promoter, ChIP fragment의 genomics 정보는 Ensembl release 86 정보를 기반으로 함HumanPSD+TRANSPATH(PROTEOME) 릴리즈 2017.1- 109,738 (human) gene-disease assignments- 2,551 human disease- 1,308 disease models in mice- 14,237 drug-protein 상호작용- 146,605 clinical trials이 데이터는 Locus, Disease and Drug Reports로 구성되어 있으며 Ontology Search 툴을 사용하여 복잡한 생물학적 질문에 응답 가능geneXplain 플랫폼 릴리즈 4.4- Search for self-regulating transcription factors : * 전사인자에 포커싱을 맞춘 upstream 분석 워크플로우 * 차등발현된 전사인자 리스트는 상이하게 발현되는 유전자의 프로모터에 과발현되는 사이트 확인- Upstream analysis with feedback loop * Upstream 분석 워크플로우의 차등발현된 master regulator 분석을 위한 추가 옵션- Identify enriched motifs in tissue specific promoters * 세포 특이적인 또는 조직 특이적인 유전자 프로모터 내에 과발현 전사조절인자 바인딩 사이트 검색 설계New integrated databases : - HMR2 : 8,000가지 이상의 reaction과 3,000가지 이상의 독특한 대사 산물과 관련된 3,765개의 유전자를 포함함 - Fantom5 : 조직 특이적인, 세포 특이적인 전사 시작 사이트들은 Functional annotation mammalian genome 5 (FANTOM5) 프로젝트를 기반으로 수집되고 있음. 171 가지 세포 유형과 121 가지 조직 유형이 포함BRENDA 출시 2017.1Data addition & update - 108 개의 새로운 효소 종류가 통합되어 현재 BRENDA는 7095 개의 EC 번호를 다루고 있음Update of the organism-specific pathways - Pathway 카테고리가 아래와 리스트와 같이 7개로 개정됨 * Central and energy metabolism * Lipid metabolism * Amino acid metabolism * Nucleotide and cofactor metabolism * Carbohydrate metabolism * Fermentation and other cataabolism * Xenobiotics and secondary metabolismUpdate of Ligand Summary Pages - 리간드 요약 페이지는 경로에 직접 연결되는 아이콘을 제공New search option - PDB 구조 정보는 구조 기반 쿼리 영역을 통해 검색 가능 - 결과는 DoGSiteScorer 링크를 함께 제공Highlights : - 대사 산물 및 대사 경로 분석을 위한 새로운 모듈 추가 - 자가 조절 전사 인자의 동정 - 피드백 루프 조절 검출 - 조직 특이적인 프로모터 연구 - 새로운 대사체 데이터베이스(HMR2 및 Recon2) 통합 - TRANSFAC 및 TRANSPATH, Reactome, Gene Ontology, Ensembl 데이터베이스 업데이트New workflows : - Flux Balance Analysis : Flux 데이터의 효소 반응 및 대사 산물의 동정을 포함한 클러스터링과 맵핑 분석