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[릴리즈] QIAGEN OmicSoft Lands API 조회 132 2022. 12. 27 - Latest Improvements for QIAGEN OmicSoft Software QIAGEN OmicSoft Lands API는 선별된 오믹스 데이터에 대한 접근을 확장시킵니다. 새로운 QIAGEN OmicSoft Lands API는 QIAGEN OmicSoft Lands의 데이터 전체에서 강력한 검색을 가능하게 합니다. 자체적으로 구축한 SQL 데이터베이스에 데이터를 수집할 필요없이 Land 데이터베이스 전체의 모든 메타데이터에서 데이터를 찾을 수 있습니다. Figure 1. QIAGEN OmicSoft Lands API의 모식도. Python 또는 R 패키지를 통해 SQL 구문을 사용하여 QIAGEN의 선별된 Land 데이터베이스 내에서 일치하는 데이터를 찾습니다. 찾은 데이터는 다운로드 하거나 Python/R에 직접 로드할 수 있습니다. 데이터 QIAGEN OmicSoft Lands API는 여러 프로젝트에서 검색이 가능하도록 메타데이터에 사용되는 단어를 선정하고 관리하여 심도있게 선별된 데이터세트에 직접 접근할 수 있도록 합니다. 데이터 구조 OmicSoft의 구조화된 메타데이터 및 데이터 테이블은 하나 이상의 행으로 검색하여 바이오마커 관련 질문에 대한 답변에 필요한 데이터를 정확하게 찾을 수 있습니다. QIAGEN OmicSoft OncoLand 및 DiseaseLand 데이터세트는 샘플 수준, 비교 수준, 프로젝트 수준으로 연결시켜서 구조화 및 선별 과정을 거친 메타데이터를 가지고 있고, 이를 아래와 같은 각 샘플의 다양한 측정값들과 연결시켰습니다. - RNA-seq 유전자 발현(gene, transcript, exon, junction, fusion and mutation) - 마이크로어레이 발현(probe 및 gene) - miRNA-seq - DNA-seq mutation calls - copy number - 그 외 다양한 측정값Figure 2. QIAGEN OmicSoft OncoLand 및 DiseaseLand 데이터세트 구조. 선별된 메타데이터(왼쪽)는 프로젝트 및 샘플 수준에서 샘플 그룹 간의 비교가 있는 여러 테이블 내에 표시됩니다. 선별된 각 데이터 유형(가운데)은 연결된 메타데이터, 데이터 값 또는 연결된 주석(오른쪽)에서 필터링할 수 있는 별도의 테이블로 표시됩니다. QIAGEN OmicSoft Single Cell Land 데이터베이스 내의 단일 세포 데이터세트에는 프로젝트, 샘플, 클러스터, 세포 및 비교 수준에서 메타데이터(유전자 발현과 관련된 각 세포, 차원 감소 분석 등)가 구조화되고 선별되었습니다. Figure 3. QIAGEN OmicSoft Single Cell Land 데이터베이스의 단일 세포 RNA-seq 데이터세트의 구조. 프로젝트, 샘플 및 비교 수준(왼쪽)에서 선별된 정보 외에도 단일 세포 데이터세트에는 메타데이터와 세포 및 세포 클러스터(오른쪽)를 설명하는 데이터가 포함됩니다. 선별된 데이터에 접근 초기 릴리즈는 아래와 같은 내용을 담고 있으며, QIAGEN OmicSoft DiseaseLand, OncoLand 및 Single Cell Land 데이터베이스 내에서 구독한 데이터세트에 대한 접근을 제공합니다. - 650,000개 이상의 수동 선별 샘플 - 9,000개 이상의 오믹스 프로젝트에서 대표되는 1,400개 이상의 질병 및 700개 이상의 조직 - 강력한 검색 기능으로 6,000개 이상의 풍부하게 설명된 메타데이터에서 연구 전반에 관련된 샘플의 획득 - 124,000개 이상의 맞춤형 통계 모델 비교를 통해 연구에서 차등 발현 유전자 특징 확인 API 클라이언트 시스템 요구 사항 - Python(버전 3.7 이상) 및 R(버전 3.6.0 이상)을 지원

[릴리즈] What's new in the QIAGEN OmicSoft 2021R1 release 조회 1020 2021. 04. 28 - 새로운 QIAGEN OmicSoft 2021R1 릴리즈 R1 릴리즈의 핵심 사항 이번 콘텐츠 릴리즈에서, QIAGEN OncoLand와 QIAGEN DiseaseLand는 수백 개의 새로운 프로젝트를 추가하였습니다. Select Land의 리스트에서 관심있는 Land가 보이지 않는다면, QIAGEN OmicSoft Server 관리자에게 “Cloud Land Publishing function”을 체크하여 사용가능한 데이터 체크를 요청하세요. 모든 QIAGEN OmicSoft human Land들은 Human.B38 유전체와 OmicsoftGenCode.V33 모델로 재생산되었습니다. 이렇게 재생산된 Land들은 human Land의 최신 업데이트 버전이며, B38_GC33 접미사를 통해 식별할 수 있습니다. QIAGEN OncoLand 2021R1 업데이트 핵심 사항 이제 TCGA는 GenCodeV33에 대한 alignment를 기반으로 사용할 수 있습니다. 이 Land에서 CCLE, GTEx, TCGA VirtualLands와 같은 최신 VirtualLand를 구축할 수 있습니다. 올해 말 OmicSoft는 광범위한 TCGA 메타데이터를 TCGA_B38_GC33으로 확장하고, 종양 샘플 중 oncogene 및 종양 억제 유전자에 핵심 돌연변이가 있는 샘플 vs 없는 샘플의 비교에 대한 업데이트를 진행할 예정입니다. 그림 1. 최신 Human.B38/GenCode.V33 릴리즈를 이용한 CCLE, GTEx 및 TCGA의 조직 샘플에서 BMP2 발현량. Y축은 조직 범주, SourceLand 및 종양 혹은 정상에서 프로파일링됩니다. OncoGEO: 이번 릴리즈에서는 위장관, 생식계 및 남성 비뇨기의 암에 중점을 두고, 99개의 프로젝트에서 6,591개의 샘플과 618개의 비교를 추가하였습니다. 여기에는 전이성 병변의 유전자 발현 특성화(일부는 primary tumor과 짝을 이루는 경우), 시술 전/후의 샘플 쌍, 특정 gene signature의 예측 값 탐색, 기존 약물의 효과, 대체 치료 전략과 약물 내성의 비교 등의 연구에 대한 샘플들이 포함됩니다. 그림 2. 새로운 종양 중심의 샘플 분포, Y축은 조직으로 그룹화되었고, DiseaseState에 따라 색을 입힘. Hematology(혈액학): 이번 릴리즈에서는 호지킨 및 비호지킨 림프종, 백혈병민 골수종 샘플이 추가되며, 특정 약물의 작용 메커니즘, 잠재적인 바이오 마커 발견 및 환자 결과를 예측할 수 있는 gene signatures를 탐구하는 실험과 함께 54개의 프로젝트, 1,303개의 샘플, 250개의 비교가 추가되었습니다. 그림 3. Hematology 2021R1에서 새로운 혈액암 중심의 샘플 분포, Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고, CellType에 따라 색을 입힘. QIAGEN DiseaseLand 2021R1 업데이트 핵심 사항 다음 예시를 탐색하는 새로운 데이터 세트: 비만, 당뇨병, 면역 매개 질환, 백신 및 백신 보조제(vaccine adjuvants), 바이러스 및 박테리아 질환, 세포 스트레스 반응 및 화합물 프로파일링 눈에 대한 새로운 프로파일링 연구 HumanDisease: 지카바이러스에 대한 연구 모음과 eye expression에 대한 상세한 프로파일링, 심혈관, 근골격계 및 신경계 질환에 대한 새로운 연구를 포함하여 108개 프로젝트에서 3,969개의 새로운 샘플과 949개의 비교가 추가되었습니다. 그림 4. HumanDisease 2021R1에서 새로운 질병 초점의 샘플 분포, Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고, 조직에 따라 색을 입힘. Normal Control 및 Disease Control 샘플은 숨겨짐. MouseDisease: 정상 조직과 세포에서의 세포 스트레스에 중점을 둔 52개 프로젝트에서 1,559개의 새로운 샘플과 543개의 비교가 추가되었습니다. (GSE118660, GSE35681, GSE49598, GSE700, GSE84450, GSE90070, GSE54581, GSE29929, GSE11496, GSE11684, GSE122507) 그림 5. MouseDisease 2021R1에서 새로운 질병 모델 샘플의 분포, Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고, 조직에 따라 색을 입힘. Normal Control 및 Disease Control 샘플은 숨겨짐. RatDisease: 이번 릴리즈에서는 in vivo 및 in compound 프로파일링과 독성 연구에 초점을 맞춘 14개 프로젝트에서 2,617개의 새로운 샘플과 2,329개의 비교가 추가되었습니다. 그림 6. 새로운 In vivo compound 프로파일링 또는 독성 샘플 분포의 하위 집합, Y축은 SubjectTreatment로 그룹화됨. 여기에서 2021R1 릴리즈의 전체 세부 정보를 확인하세요.

[뉴스레터] QIAGEN Digital Insight 4월 소식 조회 1164 2021. 03. 30 - 1. Scale up, quickly and easily: SARS-CoV-2 genomic surveillance data analysis 여러분의 연구실에서는 SARS-CoV-2 분석과 보고의 급증에 대비하고 있으신가요? SARS-CoV-2 게놈 감시 데이터 분석을 빠르고 쉽게 확장할 수 있는 솔루션인 QIAGEN CoV-2 Insights 서비스 솔루션을 사용하면 광범위한 IT 인프라나 생물 정보학 전문 인력 없이 샘플을 자동으로 처리하고 몇 분 내에 간결한 결과를 제공하여 공중 보건 파트너와 공유 할 수 있습니다. 추가 비용없이 QIAGEN CLC Genomics Workbench에서 결과를 시각화 할 수도 있습니다. 또한 온 디맨드로 확장하고 조정하는 글로벌 클라우드 인프라를 사용하여 가장 빠르고 가장 안전한 데이터 처리를 제공합니다. 아래 링크를 통해 자세한 내용을 확인해보세요! >> 자세히 보기 2. Human Gene Mutation Database (HGMD) Professional 인간 유전병을 담당하는 병원성 유전자 병변에 대한 최신 데이터가 필요하신가요? HGMD Pro의 실용적이고 신뢰할 수 있는 데이터로 더 많은 사례들을 빠르게 해결할 수 있습니다. >> 자세히 보기 3. Faces Behind QIAGEN Digital Insights 올바른 치료 대상을 찾고 있으신가요? 아니면 다음 암 바이오마커를 찾길 원하시나요? 특정 질병의 맥락에서 행동 메커니즘을 이해할 필요가 있으신가요? Elodie Dubus가 QIAGEN Digital Insights 솔루션을 통해 고객이 이러한 목표에 도달할 수 있도록 돕는 방법을 확인하세요. >> 자세히 보기 4. Single cell analysis reveals distinct immune landscapes in transplant and primary sarcomas that determine response or resistance to immunotherapy ‘면역요법은 원발성 종양과 이식 종양에서 다르게 작용하는가?’ @DukeUniv의 암 연구원이 이식 vs 원발성 종양에서 발견된 면역 세포의 single-cell analysis를 위해 QIAGEN OmicSoft Suite를 사용하는 방법과 이러한 세포가 면역 치료의 효과에 어떻게 역할을 하는지 온라인 저널을 통해 확인하세요. >> 자세히 보기

[릴리즈] OmicSoft 2020R4 릴리즈 조회 1037 2021. 03. 16 - 새로운 QIAGEN OmicSoft 2020R4 릴리즈 R4 릴리즈의 핵심 사항 OncoLand와 DiseaseLand는 새로운 수백 개의 새로운 프로젝트를 추가하였습니다. Select Land의 리스트에서 관심있는 Land가 보이지 않는다면, OmicSoft Server 관리자에게 “Cloud Land Publishing function”을 체크하여 사용가능한 데이터 체크를 요청하세요. OmicSoft GTEx, Blueprint 및 CCLE Land의 최신 버전이 릴리즈되었고, Human.B38과 OmicsoftGenCode.V33에 맵핑되었습니다. 이 Land들을 사용하여 가장 최신 데이터를 얻으세요. 추가적으로 최신 gene model에서는 TRACERx_B38_GC33(멀티오믹스 비소세포폐암, non-small cell lung cancer) 및 DLBCL_NCI_B38_GC33 (미만성 거대 B세포 림프종, diffuse large cell B cell lymphoma)을 사용하실 수 있습니다. OncoLand 2020R4 업데이트 핵심 사항 OncoGEO와 OncoMouse에 수백 개의 새로운 프로젝트 추가 출시 예정: OmicSoftGenCode.V33으로 재처리 된 TCGA_B38 OncoGEO: 이번 릴리즈에서는 추가된 102개의 프로젝트에서 4,110개의 새로운 샘플과 1245개의 새로운 비교를 사용하실 수 있습니다. 이는 신장 투명세포암(renal clear cell carcinoma), 간세포암(hepatocellular carcinoma), 교모세포종(glioblastoma), 결장암 및 대장암(colon and colorectal cancers), 자궁경부암(cervix carcinoma), 그리고 유방암(breast carcinoma)에 초점이 맞춰져 있습니다. Figure 1. OncoGEO 2020R4에서 새로운 종양학-초점의 샘플들에 대한 분포. Y축은 조직으로 그룹화되었고, DiseaseState에 따라 색을 입힘. Hematology(혈액학): 이번 릴리즈에서는 다발성 골수종(multiple myeloma), 급성 골수성 백혈병(acute myeloid leukemia), 미만성 거대 B세포 림프종(diffuse large cell B cell lymphoma), 만성 림프구 백혈병(chronic lymphocytic leukemia) 등 새로운 연구와 함께 55개의 프로젝트와 함께 1922개의 샘플, 557개의 비교가 추가되었습니다. Figure 2. Hematology 2020R4에서 새로운 혈액암-초점의 샘플들에 대한 분포. Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고 CellType에 따라 색을 입힘. OncoMouse: 이번 릴리즈에서는 OncoMouse_B38에 만성 림프구 백혈병(chronic lymphocytic leukemia), 골수형성이상증후군(myelodysplastic syndrome), 다발성 골수종(multiple myeloma), 맨틀세포 림프종(mantle cell lymphoma)과 관련된 새로운 연구를 통해 19개의 프로젝트에서 361개의 샘플과 121개의 비교를 추가하였습니다. DiseaseLand 2020R4 업데이트 핵심 사항 HIV와 COVID-19가 포함된 바이러스 감염에 대한 새로운 연구 정신병적 질환, 신경퇴행 질환, 셀리악병 등에 대한 새로운 연구 출시 예정: 인간 유전체 B38, OmicSoftGenCode.V33의 HumanDisease HumanDisease: 이번 릴리즈에서는 137개의 프로젝트로부터 7,579개의 샘플과 3,234개의 비교를 HumanDisease_B37에 추가하였습니다. 새로운 프로젝트에서 다루는 많은 질병들 중 조현병(schizophrenia), 자폐 스펙트럼 장애(autism spectrum), 조울증(bipolar), 셀리악 병(celiac disease), 당뇨병(diabetes) 등에 대한 연구를 포함하여, 특히 바이러스 감염인 COVID-19, MERS와 HIV에 대한 추가 연구에 중점을 두었습니다. Figure 3. HumanDisease 2020R4의 새로운 질병-초점 샘플 분포. Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고 조직에 따라 색을 입힘. 정상 및 질병 대조군은 숨긴 상태. MouseDisease: 97개의 프로젝트로부터 4,364개의 샘플과 994개의 비교를 MouseDisease_B38에 추가하였습니다. 새로운 콘텐츠로는 알러지(allergy), 알츠하이머병(Alzheimer’s disease), 자폐 스펙트럼 장애(autism spectrum), 만성신장질환(chronic kidney disease), 이식편대숙주질환(graft-vs-host disease), 헌팅턴병(Huntington's disease), 톡소플라스마증(toxoplasmosis) 및 당뇨병(diabetes)이 있습니다. Figure 4. MouseDisease2020R4의 새로운 질병 모델 샘플에 대한 분포. Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고 조직에 따라 색을 입힘. 정상 및 질병 대조군은 숨긴 상태.

[뉴스레터] QIAGEN IPA / OmicSoft 사용자 그룹 회의 안건 확인과 등록을 진행하세요! 조회 770 2020. 09. 14 - 이번 이틀 간의 온라인 서밋을 통해 인사이트를 얻어가세요! 이 유익한 이벤트에는 제품 업데이트, 사용 사례 프레젠테이션, 생명 공학 및 제약 산업 전문가의 의견들을 들을 수 있는 기회가 포함됩니다. QIAGEN에서는. QIAGEN IPA와 QIAGEN OmicSoft를 함께 사용해 데이터에서 어떤 경로, 메커니즘, 분자가 관여하는지 빠르게 이해할 수 있도록 이틀에 걸친 교육에 참여하기를 추천합니다. 동일한 현상들이 데이터에 특이적으로 나타는지 또는 수만 개의 질병, 조직, 데이터 세트 및 50만 개 이상의 샘플에서 공유되는지 확인하십시오. AbbVie, Amgen, Janssen, Sanofi, Merck 및 Takeda의 과거 연사들은 QIAGEN QIAGEN Digital Insights(QDI) 솔루션이 'omics 데이터 허브에 적합하고 새로운 과학적 발견을 가능하게 하는지에 대해 발표했습니다. 지난 회의의 하이라이트 살펴보기 2019 년 보스턴 IPA-OmicSoft 사용자 그룹 회의 의제 , 2019 년 유럽 IPA-OmicSoft 사용자 그룹 회의 의제 , 2018 년 OmicSoft 사용자 그룹 회의 및 2017 년 비디오 하이라이트 (Ctrl을 누르고 클릭해주세요!) 최종 프로그램 : 주제 개요 • 전사체학 및 단백질체학 데이터의 생물학적 메커니즘 이해 • 심장의 multi-omics 변화 발견 • QIAGEN IPA 팁과 트릭 살펴보기 • QIAGEN OmicSoft DiseaseLand를 활용한 질병 병리학적 이해 • QIAGEN Land Explorer의 가치 발견 • 기술 로드맵 둘러보기 참석해야하는 이유 • QIAGEN IPA 및 QIAGEN OmicSoft의 흥미로운 새 기능과 데이터에 대한 정보를 얻을 수 있습니다. • QIAGEN Digital Insights 사용자 커뮤니티의 산업 및 학술 연구 전문가의 의견을 들을 수 있습니다. • QIAGEN OmicSoft 및 QIAGEN IPA의 강력한 기능을 새로운 방식으로 효과적으로 사용하는 방법 학습 참석해야 하는 사람 • 연구원, 생물 정보 학자, 교수, 이사, 약학의 리더, 젊은 과학자 오늘 등록하세요! 이 이벤트는 모든 참석자에게 가치가 있을 것이라고 확신합니다. 상세일정 Date: 2020년 9월 23일 수요일 오후 11:00 - QIAGEN OmicSoft focus 2020년 9월 24일 목요일 오후 11:00 - QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis (IPA) focus Where: 온라인 Event cost: 무료 REGISTER NOW