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[릴리즈] QIAGEN OmicSoft 2022R4 새로운 업데이트 조회 1913 2023. 03. 03 - QIAGEN OmicSoft 2022R4 Release In this release What’s new in the QIAGEN OmicSoft 2022R4 Release 이번 릴리즈에 대한 간략한 개요 수백 개의 오믹스 연구가 OncoHuman 및 DiseaseLand에 추가되었습니다. CCLE는 DepMap 2022로 업데이트 되었습니다. BeatAML, METABRIC 및 CellLine Land는 Hunam Genome 38로 만들어져 업데이트 되었습니다. 새로운 Single Cell Lands의 데이터세트와 새로운 CellType vs Others 비교가 추가되었습니다. How to get the most out of your OmicSoft subscription Request new data curation OmicSoft 팀은 향후 릴리즈를 위해 큐레이팅 할 새로운 OncoLand 및 DiseaseLand 표현 프로젝트에 대한 요청을 권유하고 있습니다. 이는 구독의 일부에 포함됩니다. 어떤 중요한 데이터세트를 큐레이팅하여 Land에 포함시키고 싶은지 알려주세요. 인간, 마우스, 랫에 대한 공개된 발현 연구(GEO, SRA 또는 Array Express)를 평가할 것입니다. 단일 세포 전사체 프로젝트, bulk RNA-seq 프로젝트 및 Affymetrix, Illumina 및 Agilent의 상용 발현 array가 호환 가능한 플랫폼입니다. 자세한 내용은 omicsoft.support@qiagen.com으로 이메일을 보내주세요. 또한 2022년 말부터 큐레이션을 위해 proteomics 데이터세트도 평가하고 있습니다. Use the latest Land database versions 최신의 가장 포괄적으로 선별된 데이터를 찾을 수 있는 최근 버전(“B38_GC33”)을 사용하는 것이 좋습니다. B38_GC33이 있는 Land로는 OncoHuman, HumanDisease, GTEx, Blueprint, CCLE, ENCODE_RNAbinding, TCGA, TARGET, TRACERx, METABRIC, CellLines and BeatAML, 그리고 최근 버전의 Single Cell Lands가 포함됩니다. OmicSoft Server 관리자에게 연락하여 최신 Land 데이터베이스를 다운로드 받을 수 있게 하세요. 이 비디오는 OmicSoft Server 관리자가 수행할 작업에 대한 간단한 설명을 제공합니다. Use flat-file downloads of Land database 만약 현재 구독권이 OmicSoft Land “text dump” flat-file 내보내기에 접근할 권한을 포함하고 있다면, 당신은 일련의 인덱싱 된 탭으로 구분된 table 형식이나 MyQDI web 인터페이스를 통해 최신 데이터를 요청할 수 있습니다. 이러한 파일은 더 큰 탐색적 메타 분석 및 ML 연구에 적합합니다. Flat file을 통해 최신 데이터에 액세스하려면 OmicSoft 계정 관리자에게 링크를 요청하세요. Attend live and on-demand webinars QIAGEN의 전문 현장 응용 과학자들은 OmicSoft Lands 데이터의 초보 및 고급 사용자를 위한 온라인 교육을 정기적으로 개최하여, 리소스를 사용하여 과학적 질문에 답하는 방법을 보여줍니다. 예정된 웨비나와 이전 웨비나의 녹화물을 여기서 확인해주세요. : https://digitalinsights.qiagen.com/webinars-and-events/ Learn more about OmicSoft’s new APIs OmicSoft Lands는 이제 새롭고 강력한 Python 및 R API로 검색이 가능합니다. 이는 SQL의 구문 기능을 활용하여 모든 데이터베이스에서 원활하게 검색하여 관심있는 데이터를 정확히 찾을 수 있는 기능입니다. 블로그 포스트를 통해 조금 더 알아보세요. [그림 1] 새로운 OmicSoft Lands API의 개략도. Python 또는 R API 클라이언트는 SQL 쿼리를 OmicSoft Lands API 쿼리 엔진에 제출하며, 이 쿼리 엔진은 Lands 컬렉션의 모든 큐레이션 된 데이터를 검색합니다. 일치하는 데이터세트는 분석을 위해 클라이언트 환경으로 빠르게 반환됩니다. OncoHuman Updates [그림 2] DiseaseCategory로 그룹핑된 OncoHuman_B38_GC33의 새로운 샘플들 이번 릴리즈에서는 95개의 데이터세트로부터 6,926개의 샘플과 432개의 비교가 추가되었습니다. 또한 이번 릴리즈에서는 Hematology_B37 Land의 67개 데이터세트로부터 3,316개의 샘플과 584개의 비교가 통합되어 현재 큐레이션 수준에 맞게 수정 및 조정되어 OncoHuman에 통합되었습니다. [그림 3] Primary colorectal cancer(원발성 대장암)과 한 쌍의 peritoneal metastases(복막 암종증) 사이에서 차등적으로 발현된 상위 109개 유전자의 RNA-seq 발현 heatmap. OncoSampleType(전이 vs 원발성 종양) 및 SubjectID로 그룹화하여 그룹 간의 일관된 차등 발현을 확인했고, 이는 하단의 색상 막대로 표시되고 있습니다. BeatAML - New data and metadata 이번 BeatAML 연구 업데이트는 Bottomly et al., 2022에 발표된 유전체 및 약물 반응 데이터와 Gosline et al., 2022에 발표된 단백체 데이터를 통합하여 AML 및 관련 암을 연구하는 사람들을 위한 데이터의 유용성을 높였습니다. CCLE — DepMap updates and updated data dictionary CCLE_B38_GC33은 28개의 새로운 세포주를 포함하여 DepMap 2022Q2의 업데이트를 포함하도록 업데이트 되었으며 새로운 메타데이터 사전을 사용할 수 있습니다: https://resources.omicsoft.com/downloads/land/CCLE/CCLE_B38_GC33_DataDictionary.xlsx 새로운 메타데이터 열은 다음 매개변수를 설명합니다: ParentID[DepMap] and SubjectID[DepMap]:부모 세포주 ID 및/또는 세포주가 파생된 Subject ID. DiseaseState[Cellosaurus] and DiseaseState[Cellosaurus][NCItCode]: Cellosaurus 저장소에 주석이 달린 각 세포주와 관련된 DiseaseState. CellDescription: 여기에는 이제 모델 조작 전략이 포함됩니다. 이번 릴리즈에 추가된 OmicSoft CV열: CellLine, CellType, AgeCategory, GeneDependency[XPR1][PMID: 35437317], PairingType, PairingStatus, AgeSummary, SampleMaterial, SampleType, Molecule CellLine Land — Integrating GSK, NCI and Pfizer cell-line profiling datasets 이번 릴리즈에는 CellLine_GSK_B37, CellLine_NCI_B37 및 CellLine_Pfizer_B37을 새로운 메타데이터 및 최신 표준과 결합하고 업데이트하는 새로운 Land인 CellLine_B38_GC33이 포함되어 있습니다. 이 데이터를 CCLE_B38_GC33의 보완 자료로 사용하여 거의 2,000개의 세포주에 대한 오믹스 및 메타데이터 정보를 탐색합니다. [그림 4] CellLine Land인 CellLine_B38_GC33에서 사용 가능한 세포주. CellLine Land는 3가지로 프로파일링 프로젝트(GSK, NCI 및 Pfizer)의 멀티오믹스 데이터를 Y축에 그룹화하고 선별된 조직학 메타데이터 열에 따라 색상을 지정하여 결합합니다. METABRIC — Breast cancer multi-omics study 유방암 분자 분류 국제 컨소시엄(METABRIC, Molecular Taxonomy of Breast Cancer International Consortium) 시험 데이터가 Human Genome 38과 Gencode.V33에서 재분석 및 재큐레이션 되었습니다. 이는 4,128개의 샘플과 큐레이팅 된 메타데이터, CNV(1,992개의 샘플) 및 microarray Expression Intensity Probes(2,136개의 샘플)을 포함합니다. [그림 5] GeneticSubtype으로 그룹화되고, OncoSample에 따라 색상이 지정된 METABRIC 샘플 분포. DiseaseLand updates [그림 6] DiseaseCategory로 그룹화된 HumanDisease, MouseDisease 및 RatDisease(대조군 제외) 에 추가된 새로운 샘플의 분포. HumanDisease 이번 HumanDisease 릴리즈에서는 75개의 데이터세트로부터 3,064개의 샘플과 541개의 비교가 추가되었습니다. MouseDisease 이번 MouseDisease 업데이트에서는 62개의 데이터세트로부터 1,499개의 샘플과 564개의 비교가 추가되었습니다. RatDisease 이 RatDisease 업데이트에서는 20개의 데이터세트로부터 492개의 샘플과 202개의 비교가 추가되었습니다. Single Cell Lands 이번 Single Cell Lands 릴리즈에서는 HumanUmi_B38_GC33과 4,294개의 비교가 포함된 77개의 새로운 프로젝트와 MouseUmi_B38_GC33과 664개의 새로운 비교가 포함된 18개의 새로운 프로젝트가 추가되었습니다. 또한, HumanUmiLite_B38_GC33 및 MouseUmiLite_B38_GC33의 모든 데이터는 이제 HumanUmi_B38_GC33 및 MouseUmi_B38_GC24 내에 있습니다. 따라서 “Lite” Lands를 안전하게 삭제할 수 있습니다. 이번 릴리즈의 새로운 큐레이션된 “세포 유형”의 비교는 컴퓨터로 식별된 클러스터 간의 비교를 보완하여 서로 다른 세포 유형 간의 차이점을 보여줍니다. 예를 들어, CellMap-차원 축소 분석에서 Schwann cell과 다른 세포 유형간의 비교를 찾을 수 있습니다. 각 비교에서는 CellMap에서 “Schwann cell”로 큐레이션된 모든 클러스터를 함께 그룹화하여 CellMap의 다른 모든 세포와 비교했습니다. 이 분석을 통해 ERBB3과 같이 Schwann cell에서 특히 상향 또는 하향 조절되는 유전자를 발견할 수 있습니다. Percentage Cells Expressing 및 Gene Expression Overlay View와 같은 다른 시각화에서는 여러 프로젝트의 증거가 이를 뒷받침한다는 것을 확인할 수 있습니다. [그림 7] Schwann cell과 다른 세포 간에 사전 계산된 비교 결과를 검색한 후, 상향 조절되는 유전자 중 상위를 Significant Genes 표로 시각화하여, ERBB3, CADM3, CD9 등의 유전자를 밝혀냈습니다. [그림 8] ClusterCellType과 ProjectName으로 세포를 그룹화 한 Percentage Expressing Cells plot에서 볼 수 있듯이, Schwann cell이 포함된 일부 데이터세트에서 ERBB3 발현을 검색하면 연구 전반에 걸쳐 일관되게 높은 발현을 확인할 수 있습니다. [그림 9] Gene Expression Overlay plot은 큐레이팅 된 Schwann Cell(하단 패널)과 함께 여러 CellMaps(상단 패널)에서 ERBB3의 상향 조절을 보여줍니다. 파란색 화살표는 큐레이팅된 Schwann cell을 나타내며, 이는 새로운 Cell Type vs Others 비교의 CellMap에서 다른 모든 세포와 비교되었습니다. Revisions to the OmicSoft curation protocol Project.StudyRevision은 새로운 메타데이터 열으로, 데이터세트의 OmicSoft 표현과 원본 데이터세트(즉, source에서 발견됨)간의 중요한 차이점을 포착합니다. 이러한 중요한 차이점에는 OS 파이프라인을 통한 데이터 재처리, 통제된 어휘 사용으로 인한 메타데이터 형식 지정 또는 큐레이션 방법 적용과 같은 표준 변환을 포함하지 않습니다. 예를 들어, 이 열은 큐레이터가 메타데이터 불일치를 명확히 하기 위해 작성자에게 연락한 후, 데이터세트에 대한 작성자의 추가 입력으로 인해 발생한 변경 사항을 포착하는 데 사용됩니다. 저자 입력을 추가하여 land화 된 메타데이터가 변경될 때 마다 Project.StudyRevision에는 “Authers Contacted” 내용이 포함되며, Project.Comments는 동일한 문자열(“Authers Contacted”)과 함께 저자로부터 받은 정보에 따라 수정된 내용에 대한 간단한 설명으로 끝납니다. CCLE_B38_GC33 2022R4에 대한 DiseaseState 큐레이션은 CCLE 용어와의 일관성을 유지하기 위해 OmicSoft ontology에 정의된 세포주 설명을 사용하는 대신 CCLE source(저장소 및 논문)을 사용합니다.

[뉴스레터] QIAGEN QDI 솔루션 9월호 조회 2524 2021. 09. 09 - 예정된 웨비나 OmicSoft 스튜디오 웹 세미나 QIAGEN Omicsoft Studio를 사용한 발현 데이터 분석 내용 : • 정규화된 또는 원시 카운트 데이터(전사체학, 단백질체학, 대사체학 등)를 QIAGEN OmicSoft Studio로 가져오기 • 차등 표현식 테이블, 히트맵, 카운트, PCA/PCOA 등과 같은 다운스트림 출력 생성 • 내보내기 고해상도 그래픽 및 원시 또는 필터링 된 테이블 • QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis로 결과 내보내기 • RNA-seq/scRNA-seq/microarray 데이터용으로 사용하기 쉬운 파이프라인 배포 • 공개 데이터(GEO, TCGA 등) 다운로드 또는 비교 옵션을 구현합니다. 일시 : 2021년 9월 29일 오전 3시 참가신청 : 클릭 예정된 교육 IPA 신규 사용자 2부 교육 : QIAGEN IPA를 사용한 대규모 데이터 세트 분석 및 지식 기반 쿼리 • 데이터 세트(RNA-seq, scRNA-seq, proteomics, metabolomics 등)를 업로드하고 IPA에서 대화형 코어/경로 분석 수행 • 생성된 다양한 결과 유형 이해(경로, 주요 조절자, 생물학적 기능/질병에 대한 영향 등) • 다양한 실험 조건(치료, 시점, 단일 세포 클러스터, 질병 유형 등)을 비교하고 유사점 및 대조 식별 • 가설 생성을 위한 데이터 세트 또는 실험 설계 없이도 네트워크 생성 일시 : 9월 8일 오전 3시, 9월 21일 오후 9시 참가신청 : 클릭 IPA 심화 교육: QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis(IPA): 심층 교육 내용 • 1부 : QIAGEN IPA 코어 및 비교 분석에 대한 심층 분석 • 2부 : 사용자 데이터 없이도 QIAGEN IPA를 사용하는 방법 자세히 알아보기 일시 : 9월 22일 오후 9시 참가신청 : 클릭 Single-Cell training: QIAGEN CLC Genomics Workbench를 사용한 RNA-seq 및 Single Cell RNA-seq 데이터 분석 내용 RNA-seq 및 scRNA-seq 데이터의 경우 사용자는 다음 방법을 배웁니다. • fastq 파일, 세포 매트릭스 파일 및 메타데이터 가져오기 및 참조 다운로드 방법 • 읽기를 참조 게놈에 매핑하고 매핑된 %, knee plots 등을 표시하는 유전자 및 전사체 수 및 QC 보고서 생성 • 히트맵, 차등 발현 테이블, PCA/PCOA 플롯, t-SNE 플롯, UMAP 플롯, 도트 플롯, 벤 다이어그램 등과 같은 결과의 시각화 생성 • Annotate single-cell clusters overlain with gene expression • RNA-seq 및 scRNA-seq 워크플로우를 쉽게 커스터마이징 • 출판 품질의 그래픽, 표 및 보고서 내보내기 • QIAGEN CLC Genomics Workbench에서 직접 차등 발현 테이블을 QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis로 전송 일시 : 2021년 9월 23일 오전 3시 참가신청 : 클릭 신규 고객 성공 사례: 분자 경로를 사용하여 종양의 아킬레스건을 표적으로 오클랜드 대학의 의학 연구원인 Dr. Cristin Print가 어떻게 분자 경로가 파괴되어 암 및 기타 질병을 유발하는지 이해하기 위해 노력하는 방법을 알아보고 고급 경로 분석이 그와 그의 팀이 암 및 질병 연구에 대한 통찰력을 얻는 방법을 어떻게 변화시켰는지에 대한 그의 이야기를 탐구해보세요. Clinical Insights HGMD 웹 세미나 : HGMD Professional을 사용하여 변이 지식을 극대화하세요. 내용 - HGMD Professional의 힘을 발견하고 전 세계 실험실에서 임상 테스트 해석에 HGMD Professional을 사용하는 이유를 확인 - 온라인 인터페이스 및 다운로드 가능한 HGMD 데이터베이스 사용 방법 알아보기 일시 : 2021년 9월 9일 오후 8시 참여신청 : 클릭 HSMD 웨비나: 변이에 주석을 달고 유병률을 평가하기 위해 실제 종양 사례 및 QIAGEN 지식에서 얻은 인사이트 활용: 새로운 체세포 데이터베이스 도입 내용 - HSMD에 힘을 실어주는 콘텐츠 소스 - 연구, 분자 테스트 및 의약품 개발을 포함한 여러 응용 분야에 HSMD를 사용하고 적용하는 방법과 어떤 상황에서 HSMD에 액세스할 수 있는지 탐색 일시 : 2021년 9월 29일 오후 12시 참여신청 : 클릭 QCI 웨비나: NGS 2차 분석 워크플로를 5단계로 단순화하는 방법 - QCI 2차 분석에서 NGS 분석 파이프라인을 생성, 수정, 검증 및 실행하는 방법을 알아봅니다.> - 간단한 5단계로 전체 시퀀싱 실행을 분석하는 방법에 대한 가상 데모 - QCI Secondary Analysis가 규정 준수 관리를 단순화하고 값비싼 하드웨어, 추가 IT 리소스 및 고급 생물정보학 기술의 필요성을 최소화하는 방법 보러가기 HGMD® Professional의 2021.2 릴리스를 발표합니다. 이제 HGMD Professional의 여름 릴리스를 사용할 수 있습니다. 323,661개 이상의 전문가가 선별한 질병 유발 돌연변이를 포함하는 HGMD는 생식계열 돌연변이의 가장 크고 가장 신뢰할 수 있는 출처로 남아 있습니다. 이 새 릴리스에는 이전 릴리스보다 8,954개 더 많은 돌연변이 항목이 있습니다. 신경 장애에 대한 새로운 HGMD 애플리케이션 노트 보러가기 새로운 COSMIC 솔루션 개요 보러가기 새로운 QCI 해석 빠른 시작 안내서 보러가기

[릴리즈] What's new in the QIAGEN OmicSoft 2021R1 release 조회 2130 2021. 04. 28 - 새로운 QIAGEN OmicSoft 2021R1 릴리즈 R1 릴리즈의 핵심 사항 이번 콘텐츠 릴리즈에서, QIAGEN OncoLand와 QIAGEN DiseaseLand는 수백 개의 새로운 프로젝트를 추가하였습니다. Select Land의 리스트에서 관심있는 Land가 보이지 않는다면, QIAGEN OmicSoft Server 관리자에게 “Cloud Land Publishing function”을 체크하여 사용가능한 데이터 체크를 요청하세요. 모든 QIAGEN OmicSoft human Land들은 Human.B38 유전체와 OmicsoftGenCode.V33 모델로 재생산되었습니다. 이렇게 재생산된 Land들은 human Land의 최신 업데이트 버전이며, B38_GC33 접미사를 통해 식별할 수 있습니다. QIAGEN OncoLand 2021R1 업데이트 핵심 사항 이제 TCGA는 GenCodeV33에 대한 alignment를 기반으로 사용할 수 있습니다. 이 Land에서 CCLE, GTEx, TCGA VirtualLands와 같은 최신 VirtualLand를 구축할 수 있습니다. 올해 말 OmicSoft는 광범위한 TCGA 메타데이터를 TCGA_B38_GC33으로 확장하고, 종양 샘플 중 oncogene 및 종양 억제 유전자에 핵심 돌연변이가 있는 샘플 vs 없는 샘플의 비교에 대한 업데이트를 진행할 예정입니다. 그림 1. 최신 Human.B38/GenCode.V33 릴리즈를 이용한 CCLE, GTEx 및 TCGA의 조직 샘플에서 BMP2 발현량. Y축은 조직 범주, SourceLand 및 종양 혹은 정상에서 프로파일링됩니다. OncoGEO: 이번 릴리즈에서는 위장관, 생식계 및 남성 비뇨기의 암에 중점을 두고, 99개의 프로젝트에서 6,591개의 샘플과 618개의 비교를 추가하였습니다. 여기에는 전이성 병변의 유전자 발현 특성화(일부는 primary tumor과 짝을 이루는 경우), 시술 전/후의 샘플 쌍, 특정 gene signature의 예측 값 탐색, 기존 약물의 효과, 대체 치료 전략과 약물 내성의 비교 등의 연구에 대한 샘플들이 포함됩니다. 그림 2. 새로운 종양 중심의 샘플 분포, Y축은 조직으로 그룹화되었고, DiseaseState에 따라 색을 입힘. Hematology(혈액학): 이번 릴리즈에서는 호지킨 및 비호지킨 림프종, 백혈병민 골수종 샘플이 추가되며, 특정 약물의 작용 메커니즘, 잠재적인 바이오 마커 발견 및 환자 결과를 예측할 수 있는 gene signatures를 탐구하는 실험과 함께 54개의 프로젝트, 1,303개의 샘플, 250개의 비교가 추가되었습니다. 그림 3. Hematology 2021R1에서 새로운 혈액암 중심의 샘플 분포, Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고, CellType에 따라 색을 입힘. QIAGEN DiseaseLand 2021R1 업데이트 핵심 사항 다음 예시를 탐색하는 새로운 데이터 세트: 비만, 당뇨병, 면역 매개 질환, 백신 및 백신 보조제(vaccine adjuvants), 바이러스 및 박테리아 질환, 세포 스트레스 반응 및 화합물 프로파일링 눈에 대한 새로운 프로파일링 연구 HumanDisease: 지카바이러스에 대한 연구 모음과 eye expression에 대한 상세한 프로파일링, 심혈관, 근골격계 및 신경계 질환에 대한 새로운 연구를 포함하여 108개 프로젝트에서 3,969개의 새로운 샘플과 949개의 비교가 추가되었습니다. 그림 4. HumanDisease 2021R1에서 새로운 질병 초점의 샘플 분포, Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고, 조직에 따라 색을 입힘. Normal Control 및 Disease Control 샘플은 숨겨짐. MouseDisease: 정상 조직과 세포에서의 세포 스트레스에 중점을 둔 52개 프로젝트에서 1,559개의 새로운 샘플과 543개의 비교가 추가되었습니다. (GSE118660, GSE35681, GSE49598, GSE700, GSE84450, GSE90070, GSE54581, GSE29929, GSE11496, GSE11684, GSE122507) 그림 5. MouseDisease 2021R1에서 새로운 질병 모델 샘플의 분포, Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고, 조직에 따라 색을 입힘. Normal Control 및 Disease Control 샘플은 숨겨짐. RatDisease: 이번 릴리즈에서는 in vivo 및 in compound 프로파일링과 독성 연구에 초점을 맞춘 14개 프로젝트에서 2,617개의 새로운 샘플과 2,329개의 비교가 추가되었습니다. 그림 6. 새로운 In vivo compound 프로파일링 또는 독성 샘플 분포의 하위 집합, Y축은 SubjectTreatment로 그룹화됨. 여기에서 2021R1 릴리즈의 전체 세부 정보를 확인하세요.

[릴리즈] OmicSoft 2020R4 릴리즈 조회 2045 2021. 03. 16 - 새로운 QIAGEN OmicSoft 2020R4 릴리즈 R4 릴리즈의 핵심 사항 OncoLand와 DiseaseLand는 새로운 수백 개의 새로운 프로젝트를 추가하였습니다. Select Land의 리스트에서 관심있는 Land가 보이지 않는다면, OmicSoft Server 관리자에게 “Cloud Land Publishing function”을 체크하여 사용가능한 데이터 체크를 요청하세요. OmicSoft GTEx, Blueprint 및 CCLE Land의 최신 버전이 릴리즈되었고, Human.B38과 OmicsoftGenCode.V33에 맵핑되었습니다. 이 Land들을 사용하여 가장 최신 데이터를 얻으세요. 추가적으로 최신 gene model에서는 TRACERx_B38_GC33(멀티오믹스 비소세포폐암, non-small cell lung cancer) 및 DLBCL_NCI_B38_GC33 (미만성 거대 B세포 림프종, diffuse large cell B cell lymphoma)을 사용하실 수 있습니다. OncoLand 2020R4 업데이트 핵심 사항 OncoGEO와 OncoMouse에 수백 개의 새로운 프로젝트 추가 출시 예정: OmicSoftGenCode.V33으로 재처리 된 TCGA_B38 OncoGEO: 이번 릴리즈에서는 추가된 102개의 프로젝트에서 4,110개의 새로운 샘플과 1245개의 새로운 비교를 사용하실 수 있습니다. 이는 신장 투명세포암(renal clear cell carcinoma), 간세포암(hepatocellular carcinoma), 교모세포종(glioblastoma), 결장암 및 대장암(colon and colorectal cancers), 자궁경부암(cervix carcinoma), 그리고 유방암(breast carcinoma)에 초점이 맞춰져 있습니다. Figure 1. OncoGEO 2020R4에서 새로운 종양학-초점의 샘플들에 대한 분포. Y축은 조직으로 그룹화되었고, DiseaseState에 따라 색을 입힘. Hematology(혈액학): 이번 릴리즈에서는 다발성 골수종(multiple myeloma), 급성 골수성 백혈병(acute myeloid leukemia), 미만성 거대 B세포 림프종(diffuse large cell B cell lymphoma), 만성 림프구 백혈병(chronic lymphocytic leukemia) 등 새로운 연구와 함께 55개의 프로젝트와 함께 1922개의 샘플, 557개의 비교가 추가되었습니다. Figure 2. Hematology 2020R4에서 새로운 혈액암-초점의 샘플들에 대한 분포. Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고 CellType에 따라 색을 입힘. OncoMouse: 이번 릴리즈에서는 OncoMouse_B38에 만성 림프구 백혈병(chronic lymphocytic leukemia), 골수형성이상증후군(myelodysplastic syndrome), 다발성 골수종(multiple myeloma), 맨틀세포 림프종(mantle cell lymphoma)과 관련된 새로운 연구를 통해 19개의 프로젝트에서 361개의 샘플과 121개의 비교를 추가하였습니다. DiseaseLand 2020R4 업데이트 핵심 사항 HIV와 COVID-19가 포함된 바이러스 감염에 대한 새로운 연구 정신병적 질환, 신경퇴행 질환, 셀리악병 등에 대한 새로운 연구 출시 예정: 인간 유전체 B38, OmicSoftGenCode.V33의 HumanDisease HumanDisease: 이번 릴리즈에서는 137개의 프로젝트로부터 7,579개의 샘플과 3,234개의 비교를 HumanDisease_B37에 추가하였습니다. 새로운 프로젝트에서 다루는 많은 질병들 중 조현병(schizophrenia), 자폐 스펙트럼 장애(autism spectrum), 조울증(bipolar), 셀리악 병(celiac disease), 당뇨병(diabetes) 등에 대한 연구를 포함하여, 특히 바이러스 감염인 COVID-19, MERS와 HIV에 대한 추가 연구에 중점을 두었습니다. Figure 3. HumanDisease 2020R4의 새로운 질병-초점 샘플 분포. Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고 조직에 따라 색을 입힘. 정상 및 질병 대조군은 숨긴 상태. MouseDisease: 97개의 프로젝트로부터 4,364개의 샘플과 994개의 비교를 MouseDisease_B38에 추가하였습니다. 새로운 콘텐츠로는 알러지(allergy), 알츠하이머병(Alzheimer’s disease), 자폐 스펙트럼 장애(autism spectrum), 만성신장질환(chronic kidney disease), 이식편대숙주질환(graft-vs-host disease), 헌팅턴병(Huntington's disease), 톡소플라스마증(toxoplasmosis) 및 당뇨병(diabetes)이 있습니다. Figure 4. MouseDisease2020R4의 새로운 질병 모델 샘플에 대한 분포. Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고 조직에 따라 색을 입힘. 정상 및 질병 대조군은 숨긴 상태.