[뉴스레터] GeneCodes, Sequencher 5월 Newsletter
조회 1350
2016. 12. 29 - Sequencher Connections를 이용하여 더 빠른 분석 결과를 얻을 수 있습니다.Sequencher Connections는 Sequencher sequence 분석 소프트웨어에 통합 웹 확장 툴이며, 이 분석툴은 결과를 더 쉽고 빠르게 제공하도록 도와줍니다. 관심 있는 유전자 서열이 있을 때, 가장 쉽게 알아내는 방법은 BLAST를 진행하는 것입니다. 하나의 Database에서 하나의 fragment를 BLAST를 진행하는 것은 큰 문제가 아니지만 10개에서 20개의 다른 sequence를 3~4개의 다른 Database에 BLAST를 진행한다고 했을 때는 어떠하다고 생각하십니까? 50개 이상의 BLAST search를 Sequencher로 수행하지 않을 때는 상당한 시간이 걸립니다. Sequencher Connection은 다중 BLAST 분석을 가능하게 함으로써 같은 시간에 모든 BLAST를 진행할 수 있어 fasta file을 업로드하고 export 하는 시간낭비를 하지 않도록 도와줍니다. Sequencher에서 관심 유전자만을 highlight 하고, Windows에서 Add to Connections을 선택하여 각각의 sequence들을 추가합니다. Session 이름을 원하는 대로 지정함으로써 다음 프로젝트 때 찾기 쉽습니다. Connections interface는 데이터 테이블이 위의 절반, 아래 result 탭이 아래 절반 정도 차지합니다. 여러분의 데이터를 조정하여 더 나은 결과로 만들어 줍니다. 데이터 테이블에서 컬럼들은 channel을 의미합니다. Channel을 알고리즘과 옵션값을 지정해줌으로써 설계가 가능하며, 기호대로 추가나 삭제가 가능합니다. NCBI 또는 Local Database 를 사용한 BLAST 또는 Primer BLAST를 진행 후 시각화로 보여지는 탭의 결과들이 있는데, 그 중 첫번째는 NCBI Blast의 결과 웹페이지이며, 두번째는 텍스트 버전입니다. 이러한 텍스트 버전은 NCBI server에서 더 이상 search를 못하여도 결과가 그대로 남아있다는 점입니다. 또한 XML 탭은 로컬 데이터베이스로 추가시킵니다. Sequencher Connection의 가장 최신 버전으로 업데이트 된 시간절약 기능은 Primer Picker입니다. Primer Picker tab은 Primer BLAST에서 primer를 찾아 선택하고 Sequencher project로 가져오는 기능을 합니다. 그들은 자동적으로 GenBank Primer 기능으로 라벨링을 하고 방향성에 따라서 컬러가 부여됩니다. Primer 서열의 이름은 원래 서열에서부터 생성됩니다. 따라서 서열이 어디에 속하는지 헷갈리지 않을 수 있습니다. 만약 여러 개의 그룹 서열로 분석을 하고 있다면, Connections는 다수채널인 MUSCLE alignment를 제공합니다. MUSCLE은 MSA(다중서열정렬) 알고리즘 중 가장 빠른 방법 중 하나입니다. Sequencher Connections에서는 MUSCLE 후 phylogenetic tree도 생성할 수 있습니다. 또한 MUSCLE alignment를 다양한 옵션값으로 진행할 수 있으며, tree로 특정 서열이 추가되었을 때 차이를 볼 수 있습니다. Tree 탭은 줌 인/아웃, 가장 좋은 이미지를 주기 위하여 사각과 원 사이의 토글로 고정할 수 있습니다.