• Biomedical Genomics Analysis 플러그인을 이용한 publication 목록 조회 2,363 2019. 03. 28 - 현재 (구)Biomedical Genomics Workbench는 CLC Genomics Workbench의 플러그인으로 들어가게 되었습니다. CLC Genomics Workbench에서 Biomedical Genomics Analysis 라는 플러그인을 이용하여 분석하는 것이 (구)Biomedical Genomics Workbench와 동일 혹은 더 나은 기능을 가지고 있다고 보시면 됩니다. 이전에 (구)Biomedical Genomics Workbench로 publish 된 논문 목록은 아래와 같습니다. New gain-of-function mutation shows CACNA1D as recurrently mutated gene in autism spectrum disorders and epilepsy. Hum. Mol. Genet. 2017 Aug 01;26(15):2923-2932. PMID: 28472301. Pinggera A, Mackenroth L, Rump A, Schallner J, Beleggia F, Wollnik B, Striessnig J   Isolated congenital hepatic fibrosis associated with TMEM67 mutations: report of a new genotype-phenotype relationship. Clin Case Rep 2017 Jul 01;5(7):1098-1102. PMID: 28680603. Vogel I, Ott P, Lildballe D, Hamilton-Dutoit S, Vilstrup H, Grønbæk H   HOXA7, HOXA9, and HOXA10 are differentially expressed in clival and sacral chordomas. Sci Rep 2017 May 17;7(1):2032. PMID: 28515451. Jäger D, Barth TFE, Brüderlein S, Scheuerle A, Rinner B, von Witzleben A, Lechel A, Meyer P, Mayer-Steinacker R, Baer AV, Schultheiss M, Wirtz CR, Mölle… More Identification of potential immune targets in controlling Endometrioid Endometrial Carcinoma metastatic progression. The Journal of Immunology. _. Jean-Noel Billaud, Stuart Tugendreich and Debra Toburen. A SNP panel for identity and kinship testing using massive parallel sequencing. Int. J. Legal Med. 2016 Jul 01;130(4):905-14. PMID: 26932869. Grandell I, Samara R, Tillmar AO   CLC Genomics Workbench를 이용하여 publish 된 논문은 수천편이 되고, 아래 링크를 통해 검색하시면 해당 논문들 목록을 확인하실 수 있습니다. >>>CLC Genomics Workbench publications  
  • CLC Genomics Server 의 tmp 폴더를 바꾸는 방법 조회 1,959 2019. 02. 21 - 리눅스 터미널을 열어 아래 명령어를 참고하여 진행해주시기 바랍니다. 이 때, CLC GWB에서 분석하는 job이 없는지 확인 후 진행합니다. # CLCGenomicsServer stop  service CLCGenomicsServer stop # 여유공간 있는 쪽에 tmp 폴더를 만듭니다. mkdir tmp폴더path #예시 : mkdir /tier2/Codes/CLCGenomicsServer/tmp # CLCGenomicsServer폴더 있는 쪽에서 CLCGenomicsServer.vmoptions 파일을 찾고 열어봅니다. vi CLCGenomicsServer.vmoptions # path를 설정해줍니다. # -Xmx16384m # -XX:+UseCompressedOops 밑에 아래 추가  -Djava.io.tmpdir=tmp폴더path # 예시 : -Djava.io.tmpdir=/tier2/Codes/CLCGenomicsServer/tmp # 서버를 재시작합니다. service CLCGenomicsServer start
  • CLC read mapper와 variant caller에 대한 white paper를 얻고싶습니다. 조회 1,882 2019. 02. 20 - CLC 만의 mapper와 variant caller에 대해 분석 혹은 다른 툴과의 비교 자료가 담긴 white paper입니다.   clc read mapper clc variant caller
  • 윈도우에서 HGMD Download 파일을 CLC Workbench로 import하여 분석에 이용하는 방법 조회 2,256 2019. 01. 25 - 1. HGMD 홈페이지에서 로그인 후 파일 다운로드 (파일명.tar.gz 형식) 및 압축풀기 이 파일 형식은 리눅스 계열의 압축 파일로,  리눅스에서 압축을 풀거나, 윈도우에서 압축을 풀 때는 전용 프로그램을 사용하여야 하는데 일반적으로 반디집을 이용하시는 것이 가장 편리할 것입니다.   2. CLC Genomics Workbench 열어서 Import 왼쪽 상단 Import > Tracks >  - 2.1. Type of files to import : VCF 또는 GFF3 선택  - 2.2. Import 할 파일 선택  - 2.3. Reference track : hg19 또는 hg38 sequence 선택 (CLC_References > homo_sapiens > sequence > hg19 또는 hg38 > Homo_sapiens_sequence_hg19 또는 Homo_sapiens_sequence_hg38  )  - 2.4. 파일 저장 위치 선택 > Finish  * 이 때, 파일 저장위치는 CLC_References 폴더를 제외한 폴더(Ex: External_DB)에 저장하시면 됩니다. (CLC_References 폴더는 Read only) 3. Annotation - VCF 파일로 annotation : Toolbox | Resequencing Analysis | Variant Annotation | Annotate from Known Variants 툴을 이용 - GFF3 파일로 annotation : Toolbox | Track Tools | Annotate and Filter | Annotate with Overlap Information 툴을 이용해주세요.
  • IPA에서 FoldChange와 RPKM을 동시에 업로드 후 각각 분석이 가능한가요? 조회 2,064 2019. 01. 23 - Q : IPA에 업로드하는 data set에 fold change뿐만 아니라 RPKM 값도 올릴 수 있는 걸로 알고 있는데, 그러면 처음 업로드하는 file에 fold change와 RPKM을 모두 올린 후 각각을 나눠서 분석이 가능한지 문의드립니다.   A : 업로드 데이터 셋에서 fold change 뿐만아니라 RPKM 값도 함께 올리실 수 있습니다. 엑셀파일을 올려주신 후 첨부해주신 컬럼에서 무슨 데이터인지를 선택할 때, Observation 1 -> Fold change | Expression intensity/RPKM으로 각각 선택해주시면 됩니다(샘플별로). 하지만 core analysis 분석을 할 때는 두 가지 값 중에 어떤 데이터로 기준을 할지에 대해 선택하게 되어서 두 가지 값을 모두 고려하지는 않습니다. 즉 필요하신 경우 input 데이터에는 2가지 값을 모두 넣어서 업로드하시고, core analysis 돌리실 때 기준을 선택하여 각각 돌려보실 수 있습니다.
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