지난 4월 22일~23일, 생물정보팀은 한국과학기술연구원(KIST) 국제협력관에서 열린 2009 대한 환경 위해성 보건 과학회 춘계 워크샵에 다녀왔습니다.

비바람이 그치고 청명하게 개인 날씨의 KIST 국제협력관을 찾아가는 길은 파릇파릇한 봄내음으로 가득하여 발걸음이 가벼웠습니다. 아침 일찍부터 멀리서 찾아오신 많은 분들을 위하여 준비된 다과들은 주최 측의 세심한 배려가 돋보였습니다. 이번 워크샵과 교육프로그램에는 정말 많은 연구자들의 학문에 대한 열정으로 진행되었고, 발표가 끝나고서도 학회장 밖의 플로어에서의 개별 질문공세와 답변을 듣는 모습을 보면서 이 분야의 관심이 새삼 대단함을 느꼈습니다.

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첫째 날 열린 워크샵은 환경 위해성과 환경 보건 분야의 차세대 미래 기술을 위하여 '나노물질의 최신 위해성 평가기법'과 '환경독성물질의 검출에서 signal transduction 및 omics까지'라는 두 가지 큰 테마로 진행되었습니다. 나노물질에 대한 물리화학적 특성을 이용한 기작, 환경에 미치는 영향 및 나노기술의 전망까지 전반적인 나노 물질의 위해성 평가 기법에 대한 내용을 바탕으로 구성된 첫 번째 테마의 오전 워크샵이 진행되었고, 이어서 각 환경에서의 환경독성물질의 검출과 이를 이용한 genomics, proteomics 전략 기법을 다루는 내용으로 구성된 오후의 두 번째 테마를 통해 나노물질의 위해성과 환경독성물질 검출에 대한 기본 개념과 평가 기법을 습득할 수 있었습니다.

이튿 날, 교육 프로그램에서는 최신 환경 보건 위해성 평가기법이라는 주제로 환경 위해성 노출평가 개론은 물론 여러 환경(미생물, 환경생태, 해양 생물, 독성유전체 등) 위해성 평가에 대한 최신 실험 기법들의 소개되었고, 전날의 워크샵과 연관되어 기초적인 내용에서부터 관련분야에 응용하여 연구되어야 할 것들도 많음을 다시 한번 깨닫는 시간이 되었습니다. 또한 교육을 끝마치고 수여된 교육 수료증은 이틀간의 학문 교류에 대한 시간을 더욱 뜻깊게 만들어 주었습니다.

이제 시작에 불과한 나노물질의 위해성 평가 및 차세대 환경 위해성 평가 기법은 앞으로 꾸준한 관심 대상이 될 것은 확실한 사실이며, 이제 시작하는만큼 결과에 대한 시행착오도 많이 겪을 것입니다. 이렇게 분석된 쏟아지는 데이터들과 정보들은 합당한 솔루션들이 제공되어야만 할 것이고, 그 주축에는 우리 (주)인실리코젠이 항상 자리할 수 있도록 준비하고 노력해야 할 것이라 말씀드리며, 이틀 간에 걸친 학회 참석의 후기를 마칩니다.

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2009/05/19 14:58 2009/05/19 14:58
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고색 사거리까지 오는 길은 Contact 페이지와 온라인 지도를 참고하시고, 아래는 많은 분들이 혼동하는 고색사거리에서 수원첨단벤처벨리까지의 길을 동영상으로 만들었습니다.  (지하차도를 막 나왔을 때, 오른쪽에 보이는 높은 건물이 수원첨단벤처벨리 입니다.)


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2008/10/16 07:43 2008/10/16 07:43
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양평에서 열리는 대한독성유전/단백체학회도 참석하는 동시에 하계 단합대회를 가게 되었답니다.
8월 22일부터 23일까지 1박 2일이란 짧은 시간이였지만 긴 여운을 남겨준 여행 후기를 간추려 보았습니다.

산좋고 물좋은 양평의 어느 골짜기 안에 마치 동화책 속에서 막 튀어나온 것 같은 유럽풍의 펜션들이 옹기 종기 모여 있었답니다. 우리의 숙소도 역시나 예쁘고 아담한 집이였답니다.( 기상 악화로 인해 사진 촬영이 예쁘게 나오지 못한 관계로 홍보용 사진에서 발췌하였습니다.)

전 원적인 풍경과 여유로움, 평화로움만이 가득할것 같은 이 곳에 우리를 경악하게 하는 것이 있었으니 그것은 바로 난간 없는 다리!. 글자 그대로 난감하기 이를데 없는 다리였답니다. 양쪽에 난간이 없이 계곡위에 덩그러니 놓여진 다리는 운전대를 잡으신 팀장님들의 손에 땀을 쥐게 했었지요. 자칫 계곡으로 입수할 수도 있는 위험 속에서 차안에 있던 모든 사람들 학회를 마치고 숙소로 돌아가는 길에도 여지없이 다리를 건너가야 했으니 어두운 밤이라는 옵션까지 덧붙여져 스릴 만점의 경험을 하게 되었답니다.

단 합대회에서 가장 인상 깊었던 순간은 김팀장님이 주도하신 일명 ‘자기소개’ 발표 시간이였습니다. 자신의 사진들과 해왔던 일들, 인상깊게 본 영화나 책, 앞으로 하고 싶은 꿈과 일등을 위키에 올리고 빔 프로젝터로 함께 보면서 자신에 대하여 알리는 의미있는 자리였습니다. 늘 업무적인 상황이 업데이트되는 위키에서 개인적인 이야기들이 꼬리를 물고 이어져 있어서 진풍경을 자아내기도 했습니다. 정말 하고 싶은 말과 하고 싶은 일들이 많으신 김팀장님, 그분과 정면에 앉아있다가 단박에 다음 타자로 걸려 곤혹을 치룬(?) K양, 바다사나이 규선임님, 요리와 책을 좋아하시는 현모양처형 강대리님, 남자답고 까칠해 보여도 마음은 부드러운 박대리님, 몽환적인 영화를 좋아하시는 ‘커피프린스’ 태선임님, 음악 취향이 조숙해서 모두를 놀라게 했던 영훈씨, 정치적 성향까지 적어주신 철저함이 보이는 전선임님, 사랑스러운 아기 자랑에 여념이 없으셨던 신선임님, 사진의 반쪽은 어디로 갔을까 호기심을 불러일으키신 신주임님, 최고의 사진을 띄우셔서 빛나보이셨던 정팀장님, 달콤한 연애 중이셔서 부러움과 질투를 한몸에 받으셨던 박박사님, 라이브 카페에 대한 멋진 계획을 갖고 계신 조팀장님, 야구를 좋아하셔서 야구선수와 함께 찍은 사진을 자랑스럽게 보여주신 이팀장님, 가족 사랑이 넘치시는 훈남 사장님까지... 한 분씩 이야기를 풀어나가는 모습 속에 조금 더 웃게 되고 조금 더 인간적으로 가까워지게 된 느낌은 모두가 공감했으리라 생각됩니다.

또 다른 특별했던 시간.. 서로에 대한 느낌이나 하고 싶었던 말을 솔직하게 적는 롤링페이퍼는 학창시절 종종 해봤던 이벤트였었지요. 자기소개 발표가 다른 사람에 대해 알아 볼 수 있었던 기회였다면, 롤링페이퍼에서는 다른 사람의 눈을 통해 바라본 자신에 대해 배울 수 있었습니다. 익명으로 진행된 시간이였기 때문에 조금 더 자유롭고 진솔하게 느낀 점들을 털어놓을 수 있었는데요. 덕분에 부작용이 있었다면 까칠하다는 글을 받은 한분이 충격을 받으셔서 조금더 철저한 익명속에 이루어져야겠다는 생각이 들었습니다.

돌아가는 날에는 하늘이 얄미울 정도로 화창했습니다.
아름다웠던 전원 풍경들을 뒤로 남겨두고 돌아서는 길에서 아쉬움이 남았지만 그보다도 야 외활동에 대한 미련도 컸었습니다. 덕분에 진솔한 시간을 갖기도 했지만 다음 기회에는 활동적이고 신체 단련을 도모할 수 있는 프로그램도 함께 할 수 있었으면 하는 바람도 가져봅니다. 겨울에 있는 워크샵 때는 더욱 즐거운 사건들이 펑펑 터지길 기대하며...

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2008/10/08 11:29 2008/10/08 11:29
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지난 9월 8일 ~ 9일 양일 간 2008 추계 한국유전체학회(http://www.kogo.or.kr )가 카톨릭대학교 강남성모병원 의과학연구원에서 열렸습니다. 인실리코젠은 2층 대강당 앞에 홍보부스를 마련하여 회사소개 및 제품설명을 하는 자리를 가졌습니다. 부스를 방문하여 주신 많은 연구자 분들에게 감사하다는 인사를 드립니다.

학회 둘째날인 9월 9일에는 Lunch Workshop을 국가생물자원정보관리센터(KOBIC, http://www.kobic.re.kr )과 공동으로 주관하여 진행하였습니다. Lunch Workshop 발표는 Bioinformatics Applications for Next Generation Sequencing Technologies 라는 주제로 박준형 생물정보팀 팀장이 발표하였습니다. 주된 내용은 요즘 이슈가 되고 있는 NGS(Next Generation Sequencing) 데이터를 효과적으로 분석할 수 있는 기술에 대한 내용이었고, CLC bio사의 Genomics Workbench 라는 소프트웨어를 함께 소개하였습니다.

Lunch Workshop에 참석해 주신 분들께 점심식사와 함께 생물정보 연구지원에 대한 설문조사가 있었습니다(설문지 보기). 아래에 설문조사결과를 공개합니다.

설문에 참여한 기관은 8개 대학, 2개 연구소, 2개 기업이 참여하였으며, 설문에 참여하신 분들의 실명이나 실제 기관은 거론하지 않았음을 알려 드립니다.

설문 결과

설문조사결과, 대학에서 많이 참여해 주셨고, 직급별는 대학원생과 연구원이 가장 많았습니다. 실질적인 연구하시는 분들이 주로 참석해 주신 것 같습니다.

연 구 분야를 보면 여러 분야의 일을 하시는 분들이 참여해 주셨는데 SNP 분석, Expression 분석 쪽의 일을 하시는 분들이 많았습니다. 소프트웨어의 필요성 부분을 보면 필요하다 와 필요하지 않다가 거의 비슷한데, 이는 아직 소프트웨어를 접해 보지 못하신 분들이 있거나, 소프트웨어를 사용할 만큼의 데이터가 마련되어 있지 않아서 필요성을 느끼지 못한다는 생각이 듭니다. 컨설팅이 필요한 부분을 살펴보면, 여러가지 내용이 있는데 현재 연구자 분들이 고민하고 계시는 부분을 언급된 것 같습니다.

성심성의껏 설문을 작성해 주신 모든 분들께 다시 한번 감사하다는 말씀 드리고, 설문조사 결과를 바탕으로 더욱 더 발전해 나가는 인실리코젠이 되고자 노력하겠습니다.

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2008/09/22 08:14 2008/09/22 08:14
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차세대 염기서열 분석기기 비교

차세대 염기서열 분석법(NGS; Next Genertation Sequencing)은 분석속도와 비용에 있어 생명과학 분야에 혁신을 가져올 것으로 예상된다. 아래 표는 현재까지 출시된 NGS 기술을 간략하게 비교해 보았다. Roche사의 454 기술은 새로운 종의 유전체 분석에 더 적합하고, Illumina나 ABI사의 기술은 알려진 유전체에서 variation을 연구하는데 더 적합할 것으로 생각된다.

기술

Roche 454 GS FLX

Illumina Genome Analyzer

ABI SOLiD Platform

응용분야

새로운 유전체 분석, resequencing, 발현체분석, 유전자조절연구, epigentic changes, 메타지놈 및 미생물다양성 연구, paleogenomics analysis

Resequencing, 발현체 분석, 유전자 조절 연구, ChIP, 작은 유전체에 대한 새로운 시퀀싱(paired-end 방법), epigenetic changes

Targeted resequencing, 유전자 발현, microRNA 발굴, ChIP, 전체 유전체 재분석(resequencing)

가시화

Light from chemical reaction

형광 표지에 의한 색상

4가지 형광 표지

Read length (한번에 읽을 수 있는 bp)

200 ~ 300

25 ~ 40

35

1회 분석시 생성 서열

80 million 이상

1 billion 이상

3 billion 이상

1회 분석 시간 (Run time)

7.5 hr

3 days, 6 days (paired-end 분석의 경우)

fragment lib: 4 days
Mate pairs lib. : 8 days

샘플 수

1회 분석시 2, 4, 13 샘플처리 가능

8 샘플

1 ~ 16 샘플

Single-read 정확도

99.5%

99.9%

97%

오류의 종류

Homopolymer errors, phase errors, chimaeras, duplicated fragments

리드 말단에서 정확도가 떨어지는 경향이 있음

Mis-incorporated bases

Multiplexing

최대 16 samples/plate, bar-coding tag 개발중

8 samples/slid, bar-coding tag 개발중

4 samples/slide, bar-coding tag 개발중

Paried-end reads

가능; 리드 사이즈 250 bp, 인서트 크기는 가변

가능; 리드 사이즈 25bp, 인서트 사이즈 250bp, 500bp contiguous fragments, 1~15kb pairs library pairsings

가능; 리드 사이즈 25bp, 인서트 사이즈 3kb~8kb

생물정보학에서의 도전

생물정보학적인 입장에서 NGS는 과거의 이슈를 새롭게 부각켰다. 한동안 생물정보 분야에서 정보 처리 속도와 염기서열 데이터 통합은 이미 해결된 문제처럼 보였으나, NGS가 등장하면서 새로운 도전에 직면한다. 즉, NGS 기기를 1회 작동시키면 8천만에서 30억 bp의 염기서열이 쏟아지는데, 이를 한 주에 1~2회만 운용해도 그 자료랑은 엄청난 분량이된다. 이러한 상황에서 대규모의 서버를 구성해서 처리하는 것은 당연한 접근법이지만, 국내 실정에서 이를 위해 필요한 인력과 고정 비용을 생각하면 결코 만만치 않은 것이다.

대표적인 어셈블리 소프트웨어인 phred/phrap/consed도 NGS 데이터를 다룰 수 있도록 개정되 고 있다고 한다. 워싱턴 대학에서 제공되고 있는 phred/phrap은 2000년 이후로 알고리즘 측면에서는 이렇다할 업데이트가 없는 실정이지만, consed는 꾸준한 업데이트로 기능이 향상되고 있다. 하지만 consed를 사용해본 독자라면 윈도와 다른 그래픽 유저 인터페이스에 조금 실망하고 그 메뉴얼의 방대함에 질려본 적이 있을 것이다.

최근 서버가 아닌 노트북이나 데스크탑에서 NGS 데이터를 믿을 수 없느 속도로 처리할 수 있는 소프트웨어가 소개되었다. 덴마크의 CLC Bio사에서 제공하는 CLC Genomics Workbench라 는 제품으로대형 서버에서 병렬처리형 phred/pharp에서 수 일이 걸리던 어셈블리를 몇 가지 제약은 있지만, 단 수 시간만에 처리한다. 비교 성능이 믿기 어려울 만큼 빨라 과연 지금 소개해야 할지 의문이 들 정도이다. 포화상태인 것 처럼 보이던 어셈블리 분야에서 혁명을 이끌어 냈다는 생각이 든다. 현재 덴마크 NGS 연구 그룹에서 소프트웨어 플랫폼으로 활용되고 있다고 한다(기사읽기).

또한 FGENESH FGENESH+라는 유전자 예측 소프트웨어로 유명한 Softberry Inc에서도 NGS를 OligoZip를 출시하였다. 미생물 유전체 분석을 실제로 수행한 결과는 기존의 어셈블리 프로그램보다 우수한 clustering 결과를 얻었다고 한다1. Solexa sequencing을 통해서 얻어진 작은 서열들을 모아서 reference가 없는 새로운 genomic 서열 구성하거나, 동일종 또는 비슷한 종의 서열을 참고로 genomic 서열 구성할 수 있다. 그리고, 주어진 유전자에 대하여 돌연변이 검출이나 SNP discovery에도 효과적이라고 한다.

인간유전체 발표후에 기대에 비해서 체감할 수 있는 변화가 미비했었지만, NGS의 출현으로 생물정보학의 역할에 대해서 환기되는 새로운 전기가 될 것으로 기대하며 NGS와 관련 프로그램에 대해서 간략히 살펴보았다.

  • 1 Bioinofrmatics, 2007, 23(4):500-501

Posted by 人Co

2008/09/18 16:15 2008/09/18 16:15
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