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2018.02.28 10:16111 IPA 분석 이후, canonical pathway에서 회색 bar (z-score=NA)는 어떻게 계산되어 나오는 것인가요? 공유
2018.02.28 10:16 IPA 분석 이후, canonical pathway에서 회색 bar (z-score=NA)는 어떻게 계산되어 나오는 것인가요?
canonical pathway 바그래프에서 각각의 bar를 클릭해서 나오는 아래패널을 보겠습니다. 



Blue Bar (z-score = -1) : 위 그림의 아래쪽 테이블에서 Expression Value 컬럼과 Expected 컬럼이 down - up 으로 일치하지 않는 genes이 다수 보입니다. 
기존에 보고된 논문에서는 Up으로 예상이 되나 실제 데이터에서 반대경향을 보이므로 해당 패스웨이가 상대적으로 억제된 상태라고 판단을 합니다. 





Orange Bar (z-score = 1) : 위 그림에서 아래 테이블의 Expression Value 컬럼과 Expected 컬럼이 down-down으로 다수 일치하는 것이 보입니다. 기존 논문들에서 각각의 gene들이 억제될 것이라는 보고가 있었고 그 사실과 일치하므로 해당 패스웨이는 활성화 되는 것으로 판단을 합니다. 






Gray Bar (z-score = NaN) : 아래 패널의 테이블에 보면 Expected 컬럼이 비어있는 것을 확인할 수 있습니다. 기존에 genes의 활성방향에 대해 밝혀진게 없기 때문에 계산 또는 예측이 불가합니다. 






White Bar (z-score = 0) : 위 그림의 아래 테이블에서 Expression Value와 Expected를 대조했을때 아래 계산 방법에 의해 각 유전자의 계산값의 합이 0이 되면 해당 패스웨이의 발현 활성의 변화가 없다고 예측됩니다. 

  • down-down -> +1
  • up-up -> +1
  • down-up -> -1
  • up-down -> -1 

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