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2018.08.10 10:44111 Variant track과 annotation을 함께 export하고 싶어요. 공유
2018.08.10 10:44 Variant track과 annotation을 함께 export하고 싶어요.

Variant 와 annotation을 함께 보고싶으실 때에는 레퍼런스 서열에 맞는 annotation 서열을 가지고 있어야 합니다.

Referene를 CLC Genomics Workbench로 가지고 올때는 두 가지의 경우가 있습니다.

  • 대표적인 model organism은 프로그램 내에서 다운로드 받을 수 있고, 이때 서열과 annotation은 각각의 track형태로 다운로드가 된 경우, 

        

  • 프로그램 내에서 다운로드 받을 수 없는 경우, 인터넷에서 서열과 annotation 파일을 다운로드 받아 프로그램에 import하여 레퍼런스 파일 내에 annotaiton파일이 포함되어 있는 경우

        

첫번째의 경우에는 annotation track이 준비되어 있기 때문에 아래 2번부터 시작하시고, 두번째의 경우에는 1번부터 시작하시면 됩니다.

  1.  Reference에서 annotation 파일 track을 추출해야 합니다.
    Track Tools | Convert to Track 을 이용하여 파일을 넣으시고 필요한 annotation파일을 선택하여 annotation track파일을 생성합니다. 그렇다면 아래와 같은 노란색 화살표에 파란색 바차트 모양의 아이콘이 표시된 파일이 생성됩니다.

     
  2. Variant track과 annotation 사이에 공통 annotation을 variant track에 추가합니다.
    Track Tools | Annotate and filter 에서 variant track을 선택하도 Next를 눌러 보고자 하는 정보가 담긴 annotation track을 추가하여 저장합니다.
     
  3. Variant track파일을 열어  두번째 아이콘을 클릭하시면, annotation 파일에 있던 정보가 담긴 컬럼이 추가되고 이 파일을 export 하시면 됩니다.

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