FAQ
게시판 리스트
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OTU clustering을 진행한 결과에서 taxonomy정보가 없습니다. 왜 이런건가요? 조회 1552 MGM OTU clustering에는 2가지 방식이 존재합니다. 1. Reference OTU 2. De novo OTU 2번 방식인 De novo OTU로 진행하게 되면 taxonomy정보가 없이 결과가 도출됩니다. taoxnomy정보를 알고 싶으시면, 결과 sequence파일을 이용하여 BLAST를 진행하시면 됩니다.
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[CLC Genomics Workbench] Taxonomic Profiling 결과에서 A라는 종이 2개이고 B라는 종이 4개 있을 때 A라는 종의 contig 수가 많다면 A종의 비율이 더 높은건가요? 조회 1454 A 종의 contig 수가 B 종의 contig 수보다 많게 나왔다면, sequencing한 sample에서 B 종보다 A 종 contig 수가 더 많은 것으로 보여집니다. 하지만 다양성 측면에서 봤을 땐, B 종이 A 종보다 더 높다고 볼 수 있습니다.
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IPA의 network에서 neighbor만 쉽게 볼 수 있나요? 조회 1354 각 network를 열었을 때 혹은 Graphical Summary에서 복잡한 network를 형성할 수 있습니다. 화면 상단 가운데 부근에 위치한 View의 체크와 같은 이미지를 클릭해주세요. 아래 그램과 같은 팝업 창이 뜨게 되면 "Fade distant nodes"를 체크해주세요. 이후 관심있는 유전자를 클릭하시면 first neighbor를 제외한 나머지는 블러처리 됩니다.
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CLC Workbench의 Additional Alignment 플러그인에서 MUSCLE을 사용할 때, error code 2가 뜨며 진행되지 않습니다. 조회 1338 MUSCLE의 경우 서드파티에서 개발하고 있는 소프트웨어로, 현재 32bit만 지원하고 있는 상태입니다. 32bit의 경우 Windows 자체의 한계로 인해 프로그램 당 최대 4GB RAM 만 사용할 수 있고, MUSCLE은 그 중에서 2GB를 한계로 가지고 있습니다. 따라서 error code 2가 뜨는 경우에는 sequence의 길이를 줄이거나, 개수를 줄이는 방향으로 진행하셔야 합니다.
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Taxonomic Profiling과 16s rRNA abundance가 무슨 차이인가요? 조회 1714 Taxonomic Profiling은 whole shotgun metagenomic sample에서 abundance를 확인할 때 사용하는 tool이고, 16s rRNA abundance는 16s amplicon sequencing sample에서 abundance를 확인할 때 사용됩니다.
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