FAQ
게시판 리스트
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HGMD Download 버전은 어떻게 활용할 수 있나요? 조회 1424 HGMD download version을 이용하여 대용량 분석 및 다른 variant annotation tool에 적용하여 진행하실 수 있습니다. 관련 자료 (링크:https://digitalinsights.qiagen.com/hgmd-resources/) -> HGMD online version 라이선스에서는 데이터 다운로드는 불가능합니다. HGMD 다운로드 버전은 Online 버전으로 보는 모든 정보들을 텍스트 파일로 제공해서 대용량의 variant 정보를 검색할 수 있는 시스템을 내부적으로 만드실 때 유용한 버전입니다.
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Sequencing 결과에서 Total base와 Total reads가 의미하는 것이 무엇인지요? 조회 1285 Total bases : 총 염기 개수 (nucleotide 개수) Total reads : 총 read 개수 아래 서열로 reads와 bases 개수를 구해보면, >read1 agctagctgagctagc >read2 cgatcgatcgtaggcatgc >read3 tagtgctagctagctagctg Total bases : 56 Total reads : 3
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De novo assembly long reads (beta)의 option에서 minimum coverage, word size, minimum anchor length는 정확하게 무엇을 의미하는 지 알 수 있을까요? 조회 949 * minimum coverage -> Contig가 생성될 때 고려할 overlap을 위한 최소 지원의 reads 수 * word size -> 데이터베이스 빌드에 사용되며, query sequence의 중복을 찾는데도 사용되는 k-mer 크기 * minimum achor length -> Contig 형태로 연결되기 위해 2개의 reads 사이의 최소 overlap 길이
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Trim Reads 툴 사용 시, quality limit이 뜻하는 것은 무엇인가요? 조회 1509 해당 항목은 filtering 값을 지정하는 과정입니다. Figure1. Q(Phred Score) 계산 방법, picture by BROAD Institute 위의 공식을 봤을 때, quality limit의 값은 E에 해당합니다. Figure2. Phred Score와 Error 값의 관계, picture by BROAD Institute quality limit 0.01 = Error 1% = Phred Score 20이며, quality limit 0.05는 약 Phred Score 13 정도입니다. 해당 비율을 참조하셔서 원하시는 filtering 값으로 분석을 진행하시면 됩니다.
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CLC Workbench에서 primer design 기능 활용 시, side panel에서 detail 버튼 활성화 시 프로그램이 멈춥니다. 조회 955 해당 오류는 2021년 5월 7일 기준으로 본사에서 수정 중인 버그로, 21버전에서는 아직 사용하실 수 없습니다. 20버전으로 다운그레이드를 통해 해당 기능을 사용하실 수 있습니다.
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