FAQ
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System clock 관련 에러가 발생했을 때, 어떻게 해야 하나요? 조회 1221 이와 같은 에러가 발생하였을 때, 아래와 같이 진행해주세요. * Windows 1. 다음 링크에서 .zip 파일 다운로드 (http://download.clcbio.com/lic/fixsystem-windows.zip) 2. 다운로드 받은 파일을 실제 workbench가 설치 되어 있는 경로로 옮기기 (ex. C:\Program Files\CLC Genomics Workbench 21) 3. zip 파일 압축해제 4. fixsystem.exe와 fixsystem.bat 2 개의 파일 생성 5. fixsystem.bat 파일 더블클릭 후, 순서대로 진행 6. Workbench 실행 * Linux 1. 다음 링크에서 .zip 파일 다운로드 (http://download.clcbio.com/lic/fixsystem-linux.zip) 2. 다운로드 받은 파일을 실제 workbench가 설치 되어 있는 경로로 옮기기 (ex. /opt/CLCGenomicsWorkbench21) 3. zip 파일 압축해제 4. resetsystemclock_linux64와 resetsystemclock_linux32 2 개의 파일 생성 5. 사양에 맞는 파일 실행 (sudo로 진행) 6. Workbench 실행 * Mac 1. 다음 링크에서 .zip 파일 다운로드 (http://download.clcbio.com/lic/fixsystem_macosx.zip) 2. 다운로드 받은 파일을 실제 workbench가 설치 되어 있는 경로로 옮기기 3. zip 파일 압축해제 4. resetsystemclock_macosx. 파일 생성 5. 파일 실행 (sudo로 진행) (ex. sudo ~/Downloads/fixsystem_macosx/resetsystemclock_macosx) 6. Workbench 실행
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Count table이 완료되었는데, gene 정보 등이 table에 안나옵니다. 조회 1062 우선 Reference 파일에 annotation을 진행해주셔야 합니다. 그 다음, annotation된 reference 파일을 이용하여 count table 작업을 수행하시면 원하는 결과를 얻으실 수 있습니다.
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매 년 업데이트되는 변이 수 및 문헌 수 확인은 어디서 하나요? 조회 1048 상단 메뉴에 Statistic에서 모든 업데이트 정보를 확인하실 수 있습니다 ( Data type. Mutation type, Variant class, 연간 논문 별로 확인 가능).
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Batch 로 검색이 가능한가요? 조회 914 HGMD Professional은 최대 500개의 리스트(list)를 한 번에 검색하실 수 있습니다. 리스트는 변이 기반(Variant-based)으로 dbSNP, hg19 coordinate, VCF format, HGMD accession, PubMed ID를 이용해서 검색하실 수 있으며, Gene-based인 gene symbol 및 gene ID로 검색하실 수 있습니다. 추가로 variant-based filtering 옵션을 사용하면 질병 관련 변이 위주로 검색하실 수 있습니다. (새로 업데이트된 기능).
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OmicsBox에서 count table (transcript-level)만들때 gene level estimation을 추가하면 "transcript to gene map file"이 있어야하는데 이건 무슨파일로 어떻게 만드나요? 조회 1387 "Transcript to Gene Mapping File"을 OmicsBox에서 얻으시려면 RNA-Seq De Novo Assembly tool을 이용하시면 됩니다. 하지만 De Novo 분석이 아니신 경우에는 NCBI나 Ensembl에서 reference DB 중 GFF 파일을 이용하여 파일을 만드셔서 이용하시면 됩니다.
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