FAQ
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Somatic sample에서 Variant List의 각 변이별 tile 정보 해석은 어떻게 하나요? 조회 861 아래 그림과 같이 somatic variant QCI 결과 Variant List에서 각각의 변이 타일(tile) 오른쪽 위의 기호 의미는 다음과 같습니다. S : 암 관련 승인된 치료법의 민감성과 관련이 있는 변이를 의미 R : 암 관련 승인된 치료법의 저항성과 관련이 있는 변이를 의미 cT : 암환자 관련 임상 시도와 연관 있는 변이 혹은 유전자를 의미 P : 암환자 예후 정보(prognostic)와 관련있는 변이 D : 암환자 진단(diagnostic) 정보와 관련있는 변이 i : Pathogenic과 benign 정보 모두 증거가 있어 어느 하나로 단정 짓기 어려움
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유전자서열을 alignment 하여 여기서 한번에 다 같이 translate 하는 기능이 있을까요? 조회 1078 1. Alignment 결과 파일 open 2. 오른쪽 패널의 "Nucleotide info" 클릭 3. 2번째 항목인 "Translation" 클릭 4. "Show" 클릭 5. Frame 선택 및 top sequence 선택 (연구자 재량)
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반복수를 넣지 않고 샘플을 하나만 비교해도 p-value와 FDR값이 나오는데, 이건 유전자 내 리드 수로 값을 정한건가요? 조회 1088 맞습니다. 유전자 A를 예로 들면, A의 read 수를 한 샘플에 있는 각각의 유전자 당 read 수의 모음과 비교하게 됩니다. CLC Genomics Workbench는 p-value 계산 시 왈드 검정을 사용합니다. 왈드 검정은 최대 가능도 추정값을 대입하여 구한 표준오차를 사용하여 분산을 계산하고, 이를 바탕으로 z-score를 구하여 p-value를 산출하는 방식입니다.
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IPA trial의 정확한 limit이 궁금합니다. 조회 1150 2021년 4월 16일 업데이트 된 IPA trial의 limit 기준으로 안내드립니다. 최대 2번의 데이터 업로드 및 내보내기 (upload / export) 최대 5번의 core analysis
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CNV 및 Fusion 정보도 Test 에 넣을 수 있나요? 조회 1067 Workflow step 3, Test details 에서 Other Alteration(s) 정보를 기입할 수 있습니다. Fusion 및 CNV Gain & loss 정보를 입력할 수 있습니다.
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