FAQ
게시판 리스트
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PetaSuite에서 압축 파일에 대한 링크가 없습니다. 조회 1631 PetaSuite 설치 시, petalink라는 소프트웨어가 내장되어 있습니다. 해당 프로그램을 통해 원본 fastq.gz 파일이나 bam 파일 압축 후, petaSuite 압축 파일을 지원하는 tool에서 그대로 사용하실 수 있습니다. Quick Guide에서 「 LD_PRELOAD=/usr/lib/petalink.so bash 」 라는 부분이 있습니다. 해당 명령어는 일회성이기 때문에, ~/.bashrc 에 「 export LD_PRELOAD=/usr/lib/petalink.so 」 를 추가해주세요. 이후 source ~/.bashrc 를 입력하시면 계속 링크를 적용 시키실 수 있습니다.
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OmicSoft는 IPA와 호환되나요? 조회 1572 IPA 라이선스를 보유하고 계신 경우, OmicSoft에서 분석한 결과 중 IPA에 input으로 사용할 수 있는 분석 결과는 바로 업로드가 가능합니다. Integration > IPA > Upload Data를 통해서 수행하실 수 있습니다.
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Taxonomic Profiling을 진행했는데, taxonomic 분석에서 나온 균주의 sequence를 얻을 수 있는 방법을 알 수 있을까요? 조회 1349 "Taxonomic Profiling" tool Output options에서 'Reads matching the reference database' 옵션을 선택하고 돌리시면 원하시는 결과를 얻으실 수 있습니다.
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Reference에 mapping한 뒤, Variant Detection을 수행하여 나온 파일에서 gene정보가 안보여요. 조회 1418 결과 테이블 Overlapping annotation 컬럼에서 gene 정보를 확인하실 수 있습니다.
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OmicSoft에서 SRA를 바로 다운로드 하고 싶습니다. 조회 1536 상단의 Tools > Data > Download SRA Data (NGS)를 클릭하세요. 먼저 위의 Output folder에서 저장할 경로를 선택해주시고, 아래에 SRA ID를 적어주세요. 구분자는 엔터로 1줄에 하나의 SRA ID를 적으시면 됩니다.
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