FAQ
게시판 리스트
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Workbench의 오래된 버전에서 BLAST Database를 다운로드 받을 수는 없나요? 조회 1104 아래의 FTP 사이트에서 BLAST database(version 4)를 다운로드 받을 수 있습니다. 해당 DB를 다운로드 받으신 후 CLCdatabases 폴더에 넣어주시면 됩니다. ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/v4/
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CLC Genomics Workbench에서 UMI barcode 분석을 할 수 있나요? 조회 1674 네, CLC Genomics Workbench에서 UMI barcode 분석이 가능합니다. Tool 네이밍이 QIAseq panel로 되어있지만, QIAseq panel을 사용하지 않더라도 분석을 진행할 수 있습니다. 위에 보이시는 workflow를 customize하셔서 분석하실 수 있고, 아래 tool들을 이용해서 개별 분석하실수도 있습니다. UMI에 대해 더 알아보시고 싶으신 분들은 아래 링크를 참조해주시면 감사하겠습니다. (마우스 우클릭 "새 탭에서 링크 열기"로 실행하십시오.) 링크1 / 링크2
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CLC Genomics Workbench를 이용하여 RNA-Seq을 진행하였을 때, Total gene reads / Total exon reads를 통해서 무엇을 알 수 있을까요? 조회 1265 Total gene reads를 통해서는 gene 또는 transcript의 mapped reads를 알 수 있고, Total exon reads를 통해서는 gene의 exon이나 exon-exon junction에 assign된 reads를 알 수 있습니다.
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CLC Genomics Workbench에서 Temp 및 Reference 폴더 변경 방법을 알고싶습니다. 조회 1392 따로 Temp 폴더를 설정하지 않으면, Help > About CLC Genomics Workbench > File location에서 C 드라이브 아래에 자동적으로 폴더가 생성됩니다. 이를 다른 드라이브로 옮기려면 크게 2가지 과정이 필요합니다. 아래 예시는 각 폴더를 D 드라이브에 옮기고자 할 때이므로, 필요하신 드라이브에 적용하시면 됩니다. 1. 사용하고자 하는 드라이브 바로 아래에 폴더를 생성해주세요. Temp 폴더 > CLC_TMP | Reference 폴더 > CLC_References 폴더를 생성하실 때, 꼭 드라이브 바로 아래에서 진행해주세요. 예를 들어 D 드라이브 내의 A 폴더 안에 CLC_TMP 폴더를 만들고 이를 인식시키고자 하면, Genomics Workbench 프로그램이 원하는 설정과 다르게 강제로 다른 이름의 폴더를 해당 드라이브 바로 아래에 만들어 오류가 생깁니다. 2. 사용하시는 CLC Genomics Workbench 버전에 해당하는 폴더로 들어가세요. settings 폴더가 없으신 사용자 분들은 폴더를 만들어주세요. 텍스트 편집 프로그램을 이용하여 path.properties라는 파일을 해당 경로에 만들어주세요. path.properties 내부에 들어갈 내용은 다음과 같습니다. tmpdir = D:\\CLC_TMP datadir = $home/clcdata refdir = D:\\CLC_References 여기까지 완료하셨으면, CLC Genomics Workbench를 실행합니다. 다음과 같이 2번째 항목이 바뀐 것을 확인하세요. 그리고 D 드라이브 내의 CLC_TMP와 CLC_References 폴더에 데이터가 저장되는지 확인하시면 폴더 변경과정이 모두 완료된 것입니다.
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CLC Genomics Workbench에서 PCR bias로 인한 중복 서열을 제거할 수 있나요? 조회 1287 네 가능합니다. Reseqeuncing Analysis | Remove Duplicate Mapped Reads tool을 이용하시면 PCR bias로 인한 중복 서열을 제거하실 수 있습니다. 사용하시면서 중복 서열을 더 많이 detect하여 제거하고 싶으신 경우에는 "Maximum representation of minority sequence (percent)" 옵션 값을 높여서 분석을 진행하시면 됩니다.
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