FAQ
게시판 리스트
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제가 가지고 있는 유전자를 어떻게 추가할 수 있나요? 조회 964 1. Build 버튼을 클릭하고, pull-down 메뉴에서 Add Molecules/Relationships을 선택하세요. 선택할 molecule type을 캔버스에서 클릭하세요. Molecule type을 모르면 Other를 선택하세요. 2. 분자를 정의하려면 해당 molecule을 우클릭해서 Edit node를 선택하세요. 3. Node의 이름을 입력하세요. 노드는 유전자 이외의 분자, 단백질 등을 입력할 수 있습니다. Search를 클릭하여 Ingenuity knowledge base에 검색을 하거나 우측에 정보를 입력할 수 있습니다.
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IPA에서 파일 업로드가 안됩니다. 조회 831 1. 데이터가 포맷에 맞게 작성되었는지 확인하세요. - IPA 분석을 사용하려면 하나의 열은 Identifier가 들어가야 합니다. - Header는 1줄이여야 합니다. 2. replicate sample의 경우 IPA에 각 샘플 값을 업로드 하는 것이 아니라, 업로드 전에 평균값과 p-value값으로 대체하세요. 3. 데이터 업로드 전에 fold change나 ratio 값을 계산하세요. 4. 한 파일에는 최대 20개의 관측치(관측 조건당 최대 3개의 표현식 값 유형이 있는 실험 조건)를 기입할 수 있습니다. 5. 분석을 만들 때, 사용한 각 발현값에 cutoff 값을 설정하세요. 큰 dataset에는 p-value와 다른 발현값 타입을 모두 사용하기를 권장합니다. 6. Molecules Eligible for Network Generation 숫자를 체크하세요. 최상의 결과는 약 800개 미만입니다. 이것보다 많을 경우, cutoff 값을 조절하거나 다른 필터를 추가하세요. Recalculate 버튼을 통해서 화면을 새로고침 합니다.
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CLC Workbench의 라이선스 파일은 어디에 있나요? 조회 1028 각 운영체제마다 라이선스 파일의 기본 위치는 다음과 같습니다. Windows C:/Program Files/CLC Genomics Workbench 24/licenses/ Linux /opt/CLC Genomics Workbench 24/licenses/ Mac /Applications/CLC Genomics Workbench 24/licenses/ Network 라이선스는 CLC Network License Manager software를 설치한 위치에서 'licenses'라는 폴더를 찾으시면 됩니다.
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Plugins Manager의 Download plugins 탭에 플러그인이 없는 이유는 무엇인가요? 조회 1010 Plugin Manager를 통한 다운로드는 인터넷 연결이 필수입니다. CLC Workbench가 외부 네트워크에 연결할 수 없거나, 이전에 모든 plugin을 다운로드 받았을 때의 증상입니다.CLC Workbench의 Plugin manager는 네트워크를 통해 서버에 연결하여 다운로드 및 설치가 가능한 플러그인 목록을 검색합니다. 따라서, CLC Workbench가 설치된 시스템에서 외부 네트워크에 연결할 수 없는 경우에는 다른 네트워크가 되는 컴퓨터를 사용하여 다음을 수행할 수 있습니다. 1. 외부 네트워크에 액세스 할 수 있는 컴퓨터를 사용하여 플러그인 다운로드 링크 에서 플러그인 파일을 저장합니다. 2. CLC Workbench를 사용하고 있는 컴퓨터에 해당 파일을 복사합니다. 3. CLC Workbench를 관리자 권한으로 실행한 후, 우측 상단의 toolbar에서 plugin 버튼을 클릭해 Plugin manager를 시작합니다. 4. Plugin manager에서 "Install from File" 버튼을 클릭하고 플러그인 파일이 있는 경로에서 .cpa 파일을 선택하고 설치를 진행합니다. 5. 다운로드가 완료되면 프로그램을 재시작해야 플러그인이 정상적으로 적용됩니다.
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CDS annotation시 HGVS에서 protein 부분이 비어서 나옵니다. 조회 969 변이가 synonymous mutation일 때, codon change가 amino acid change를 만들지 않을 수 있습니다. 그렇기 때문에 amino acid change 컬럼이 빈 부분이 있을 수 있을 것입니다. [ SNP 타입 ] * Non coding region * Coding region : Synonymous : 같은 폴리펩타이드 시퀀스를 만드는 SNP Nonsynonymous : 다른 폴리펩타이드 시퀀스를 만드는 SNP : Missense : 다른 아미노산을 만듦 Nonsense : 스탑 코돈(premature stop codon)을 만듦 만약 synonymous variant를 제거하려면 Amino acid changes 단계에서 Filter away synonymous variants를 체크하시면 됩니다.
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