FAQ
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Biomedical Genomics Analysis 플러그인을 이용한 publication 목록 조회 1257 현재 (구)Biomedical Genomics Workbench는 CLC Genomics Workbench의 플러그인으로 들어가게 되었습니다. CLC Genomics Workbench에서 Biomedical Genomics Analysis 라는 플러그인을 이용하여 분석하는 것이 (구)Biomedical Genomics Workbench와 동일 혹은 더 나은 기능을 가지고 있다고 보시면 됩니다. 이전에 (구)Biomedical Genomics Workbench로 publish 된 논문 목록은 아래와 같습니다. New gain-of-function mutation shows CACNA1D as recurrently mutated gene in autism spectrum disorders and epilepsy. Hum. Mol. Genet. 2017 Aug 01;26(15):2923-2932. PMID: 28472301. Pinggera A, Mackenroth L, Rump A, Schallner J, Beleggia F, Wollnik B, Striessnig J Isolated congenital hepatic fibrosis associated with TMEM67 mutations: report of a new genotype-phenotype relationship. Clin Case Rep 2017 Jul 01;5(7):1098-1102. PMID: 28680603. Vogel I, Ott P, Lildballe D, Hamilton-Dutoit S, Vilstrup H, Grønbæk H HOXA7, HOXA9, and HOXA10 are differentially expressed in clival and sacral chordomas. Sci Rep 2017 May 17;7(1):2032. PMID: 28515451. Jäger D, Barth TFE, Brüderlein S, Scheuerle A, Rinner B, von Witzleben A, Lechel A, Meyer P, Mayer-Steinacker R, Baer AV, Schultheiss M, Wirtz CR, Mölle… More Identification of potential immune targets in controlling Endometrioid Endometrial Carcinoma metastatic progression. The Journal of Immunology. _. Jean-Noel Billaud, Stuart Tugendreich and Debra Toburen. A SNP panel for identity and kinship testing using massive parallel sequencing. Int. J. Legal Med. 2016 Jul 01;130(4):905-14. PMID: 26932869. Grandell I, Samara R, Tillmar AO CLC Genomics Workbench를 이용하여 publish 된 논문은 수천편이 되고, 아래 링크를 통해 검색하시면 해당 논문들 목록을 확인하실 수 있습니다. >>>CLC Genomics Workbench publications
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CLC Genomics Server 의 tmp 폴더를 바꾸는 방법 조회 1115 리눅스 터미널을 열어 아래 명령어를 참고하여 진행해주시기 바랍니다. 이 때, CLC GWB에서 분석하는 job이 없는지 확인 후 진행합니다. # CLCGenomicsServer stop service CLCGenomicsServer stop # 여유공간 있는 쪽에 tmp 폴더를 만듭니다. mkdir tmp폴더path #예시 : mkdir /tier2/Codes/CLCGenomicsServer/tmp # CLCGenomicsServer폴더 있는 쪽에서 CLCGenomicsServer.vmoptions 파일을 찾고 열어봅니다. vi CLCGenomicsServer.vmoptions # path를 설정해줍니다. # -Xmx16384m # -XX:+UseCompressedOops 밑에 아래 추가 -Djava.io.tmpdir=tmp폴더path # 예시 : -Djava.io.tmpdir=/tier2/Codes/CLCGenomicsServer/tmp # 서버를 재시작합니다. service CLCGenomicsServer start
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CLC read mapper와 variant caller에 대한 white paper를 얻고싶습니다. 조회 1172 CLC 만의 mapper와 variant caller에 대해 분석 혹은 다른 툴과의 비교 자료가 담긴 white paper입니다. clc read mapper clc variant caller
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윈도우에서 HGMD Download 파일을 CLC Workbench로 import하여 분석에 이용하는 방법 조회 1386 1. HGMD 홈페이지에서 로그인 후 파일 다운로드 (파일명.tar.gz 형식) 및 압축풀기 이 파일 형식은 리눅스 계열의 압축 파일로, 리눅스에서 압축을 풀거나, 윈도우에서 압축을 풀 때는 전용 프로그램을 사용하여야 하는데 일반적으로 반디집을 이용하시는 것이 가장 편리할 것입니다. 2. CLC Genomics Workbench 열어서 Import 왼쪽 상단 Import > Tracks > - 2.1. Type of files to import : VCF 또는 GFF3 선택 - 2.2. Import 할 파일 선택 - 2.3. Reference track : hg19 또는 hg38 sequence 선택 (CLC_References > homo_sapiens > sequence > hg19 또는 hg38 > Homo_sapiens_sequence_hg19 또는 Homo_sapiens_sequence_hg38 ) - 2.4. 파일 저장 위치 선택 > Finish * 이 때, 파일 저장위치는 CLC_References 폴더를 제외한 폴더(Ex: External_DB)에 저장하시면 됩니다. (CLC_References 폴더는 Read only) 3. Annotation - VCF 파일로 annotation : Toolbox | Resequencing Analysis | Variant Annotation | Annotate from Known Variants 툴을 이용 - GFF3 파일로 annotation : Toolbox | Track Tools | Annotate and Filter | Annotate with Overlap Information 툴을 이용해주세요.
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IPA에서 FoldChange와 RPKM을 동시에 업로드 후 각각 분석이 가능한가요? 조회 1157 Q : IPA에 업로드하는 data set에 fold change뿐만 아니라 RPKM 값도 올릴 수 있는 걸로 알고 있는데, 그러면 처음 업로드하는 file에 fold change와 RPKM을 모두 올린 후 각각을 나눠서 분석이 가능한지 문의드립니다. A : 업로드 데이터 셋에서 fold change 뿐만아니라 RPKM 값도 함께 올리실 수 있습니다. 엑셀파일을 올려주신 후 첨부해주신 컬럼에서 무슨 데이터인지를 선택할 때, Observation 1 -> Fold change | Expression intensity/RPKM으로 각각 선택해주시면 됩니다(샘플별로). 하지만 core analysis 분석을 할 때는 두 가지 값 중에 어떤 데이터로 기준을 할지에 대해 선택하게 되어서 두 가지 값을 모두 고려하지는 않습니다. 즉 필요하신 경우 input 데이터에는 2가지 값을 모두 넣어서 업로드하시고, core analysis 돌리실 때 기준을 선택하여 각각 돌려보실 수 있습니다.
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