게시판 리스트 | (주)인실리코젠-생물정보 전문기업

CLC Workbench의 메모리 제한을 어떻게 변경합니까? 조회 2868 기본 메모리 설정 및 변경 방법CLC Workbench 에서 사용할 수 있는 메모리 양은 소프트웨어 설치 중에 처음에 설정됩니다. Workbench의 경우 권장되는 기본 메모리 양은 사용 가능한 물리적 메모리의 50% 또는 50GB 중 작은 값입니다. 설정을 기본 수준으로 두는 것이 좋습니다.Workbench에서 이 설정을 변경하는 방법은 아래에 설명되어 있습니다.Workbench JVM에 대한 메모리 설정 변경메모리 제한은 설정 후 숫자 값과 단위를 부여하여 속성 파일에서 구성됩니다 -Xmx. 예를 들어 다음과 같을 수 있습니다.-Xmx8000m 8000m은 Workbench Java 프로세스가 사용할 수 있는 최대 메모리 양이 8000Mb임을 나타냅니다.새 메모리 제한이 구성된 경우 다음에 Workbench가 시작될 때 적용됩니다.관련 속성 파일의 위치는 사용 중인 운영 체제에 따라 다릅니다.운영 체제에 따른 속성 파일의 위치는 아래 링크를 참조해주시길 바랍니다.https://resources.qiagenbioinformatics.com/manuals/workbenchdeployment/current/index.php?manual=Setting_amount_memory_available_JVM.html 왜 50%만?Workbench Java 프로세스가 사용해야 하는 최대 메모리 양을 지정하는 기본 설정은 공간이 다른 시스템 작업에 사용 가능해야 하고 특정 Workbench 도구에는 Binary 단계(즉, 일부로 실행되지 않는 단계)가 있다는 사실을 반영합니다. 이러한 도구의 이진 단계는Workbench 프로세스 자체에서 사용하는 것 이외의 메모리를 사용하므로 vmoptions 파일의 메모리 설정에 영향을 받지 않습니다. 이 프로필을 사용하는 도구에는 읽기 매핑 단계(예: Read mapping, RNA seq 분석, small RNA 분석 등) 및 로컬 BLAST 검색이 포함된 새로운 어셈블리 및 분석이 포함됩니다.왜 50GB만?50GB 제한은 Garbage Collecter(GC)로 인한 일시 중지를 방지하기 위한 것입니다. 위에서 언급한 것처럼 외부 Binary를 위한 여유 메모리를 보장하는 것 외에도 JVM이 Garbage Collecter(GC) 프로세스를 실행하는 데 너무 많은 시간을 소비하지 않도록 최대 Heap 공간에 대한 권장 제한이 있습니다. GC는 현재 사용 중인 Heap을 스캔하고 더 이상 사용하지 않는 콘텐츠를 제거하여 메모리를 확보하는 JVM의 메모리 처리 하위 시스템입니다. 최대 Heap이 클수록 Heap을 통한 각 검사가 더 오래 걸립니다. JVM은 GC를 실행하는 동안 다른 모든 활동을 일시 중단해야 합니다. 이러한 일시 중단은 밀리초 에서 몇 초 사이이며 일반적으로 눈에 띄지 않습니다.JVM의 GC 하위 시스템과 함께 CLC Workbench는 정교한 Caching 시스템을 활용하여 불필요한 데이터를 메모리에서 임시 Disk storage로 이동합니다. 이 Caching 시스템의 결과는 50GB보다 큰 Java Heap 공간에서는 눈에 띄는 성능 향상이 없지만 GC 일시 중지가 더 눈에 띄게 될 수 있음을 의미합니다.

CLC Genomics Workbench 에서 자신만의 workflow는 어떻게 만드나요? 조회 2432 1. Workflows – New Workflow 에 접속합니다. 2. Add Elements Tool을 선택하여 CLC Genomic Workbench의 Tool들을 선별합니다. Ctrl 키를 눌러 두 개 이상의 Tool을 모두 선택할 수 있습니다. 3. 추가한 후에는 마우스로 요소를 드래그 하여 요소를 이동하고 재정렬 할 수 있습니다. 4. 출력과 입력의 결합은 입력 유형 일치를 기반으로 합니다. 예를 들어 Map Reads to Reference는 Reads Track과 Report를 생성합니다. Variant Detection은 Reads Track 을 연결 할 수 있지만 Report는 연결할 수 없습니다. 5. 원하는 데이터의 Report를 보고 싶다면 use as work output을 클릭하면 자동으로 원하는 데이터들이 출력됩니다. 6.연구자가 원하는 Workflow가 완성 되었다면 Run버튼을 누르면 사용된 Tool들이 순서대로 정렬되어 parameter를 설정하게 되고, Workflow가 실행되며 자동으로 데이터가 생성됩니다.

Biomedical Genomics analysis Plug in의 Workflow는 모두 CLC Genomics Workbench 내의 Tool 들로 만 구성되어진것입니까? 조회 2190 Biomedical Genomics Analysis Module의 Workflow는 CLC Genomics Workbench Toolbox를 사용하여 대부분 구성되어있고, 특정 workflow에 적합한 Tool을 전용으로 사용 할 때도 있습니다.기본적으로 Biomedical Genomics Analysis plug in은 가장 많이 연구되는 유전 질환 및 암, SARS-CoV-2, 기타 분석을 즉시 사용 가능한 전용 Workflow입니다.

IPA 2단계 인증 시스템 관련 사항 안내 조회 3357 QIAGEN의 보안 정책이 강화되면서, 이메일을 활용한 2단계 인증(2-Factor Authentication, 2FA)이 각 제품에 추가되었습니다. 이는 미국 국립표준기술연구소(NIST, National Institute of Standards and Technology) 의 보안 지침을 준수하기 위한 것으로, 비밀번호 강제 만료 및 변경 유도를 대체하기 위한 것입니다. 개인 계정 보호를 위해 점점 더 로그인 방식을 제한하고 있는 상황으로, 라이선스 정책에 따라 1 user 사용자의 개인 계정에 대한 보안 엄격성을 높인 것으로 보입니다. IPA를 2021년 12월 11일까지 업데이트 요청 드리며, 업데이트가 필요한 이유를 안내 드립니다. 먼저, 앞서 말씀드린 미국 정부의 지침을 준수하기 위해 2단계 인증 시스템을 만들게 되었고, 이 시스템을 전세계 모든 IPA 사용자가 적용하게 된 것입니다. IPA는 설치 및 구동 시 Java 프로그램을 필요로 합니다. 일반적으로 Java를 이용하는 프로그램을 실행하기 위해 Oracle 사의 Java (JRE)를 많이 사용하는데, 2단계 인증 시스템은 오픈소스인 OpenJDK를 기반으로 하고 있습니다. JRE는 자바 실행환경을 의미하고, JDK는 자바 개발도구를 의미하며 JDK는 JRE를 포함하고 있습니다. 2단계 인증을 사용하기 위해서는 JRE에는 없고 JDK에는 있는 기능을 사용해야 합니다. 따라서, IPA 업그레이드를 진행하지 않을 시에는 2단계 인증을 위한 프로그램이 설치되지 않기 때문에, 12월 11일 이후에는 IPA 실행이 되지 않을 예정입니다. 만약 IPA 업데이트 시 문제가 발행한다면 각 기관의 전산팀에 문의를 요청드립니다. 아래는 2단계 인증 관련 FAQ이며, 부가 설명도 추가하였습니다. IPA의 2단계 인증은 QIAGEN Digital Insights 및 미국 국립표준기술연구소에서는 Email Multi Factor Authentication(MFA, 이메일 다단계 인증)으로 부르고 있습니다. Q: 지금 비밀번호를 변경해야 합니까? A: 아닙니다. 단, MFA를 적용하기 전이라면 비밀번호 만료 및 변경이 일어날 수 있습니다. Q: MFA 코드는 얼마나 빨리 전송됩니까? A: QIAGEN 시스템에서 MFA 코드는 즉시 전송됩니다. 그러나, 귀하의 메일 서버 환경에 따라 지연될 수 있습니다. 또한 귀하에 Mailbox가 활성화되어 있는지 확인 부탁드립니다. Q: MFA 코드는 얼마 동안 유효합니까? A: 현재 MFA 시스템 구축 단계에서는 MFA 코드가 로그인 페이지에 나타난 후 30분 동안 유효하며, MFA 도입 시스템이 완전히 구축되면 5분으로 단축될 예정입니다. Q: MFA 코드 이메일을 받지 못하면 어떻게 합니까? A: 로그인 페이지에서 "Resend Code" 링크를 클릭해주세요. 이메일이 보이지 않는다면 받은 편지함에서 정크 또는 스팸 폴더를 확인해주세요. 그래도 이메일을 받지 못하셨다면, IT 팀에 문의하여 QIAGEN MFA 이메일이 필터링 되지 않는지 확인해주세요. Q: MFA는 얼마 동안 유효합니까? A: 하나의 컴퓨터 및 하나의 브라우저만 사용했을 경우, MFA 코드를 올바르게 입력하면 60일 동안 유효합니다. Q: 여러 브라우저에서 MFA를 입력하라는 메시지가 표시됩니까? A: 네. MFA 코드는 브라우저마다 고유합니다. 크롬, 엣지, 익스플로러 등을 돌아가면서 쓰신다면 매번 새로 입력하셔야 합니다. 하나의 브라우저에서 사용하시는 것을 추천드립니다. Q: MFA를 한 번 입력했는데도 로그인 페이지에서 MFA 코드에 대한 요청을 계속 받는 이유는 무엇입니까? A: MFA는 컴퓨터의 브라우저에 쿠키로 저장됩니다. 귀하의 기관이 쿠키 저장, 유효성 검사 및 만료에 대한 엄격한 정책이 있을 수 있습니다. 즉, MFA 쿠키가 기본값인 60일보다 빨리 삭제될 수 있습니다. Q: 비밀번호를 기존처럼 자주 변경해야 합니까? A: 사용자 계정에서 MFA가 활성화되었으면 암호를 변경할 필요가 없습니다. NIST의 MFA에 대한 자세한 내용은 아래 링크를 참조해주세요. https://csrc.nist.gov/glossary/term/Multi_Factor_Authentication https://www.nist.gov/itl/applied-cybersecurity/tig/back-basics-multi-factor-authentication

HGMD Professional 2021.3 조회 2322 HGMD Professional 2021.3 향상된 성능, 더 빠른 데이터 다운로드, 340,000+ mutation 리스트 HGMD(Human Gene Mutation Database) Professional의 2021년 가을 릴리스가 출시되어 세계 최대의 human inherited disease mutations 컬렉션을 이전 릴리스보다 20,351개 늘어난 344,012개 항목으로 확장했습니다. 30년 이상 동안 HGMD Professional은 일상적인 임상 및 번역 연구에서 차세대 시퀀싱(NGS) 데이터 주석을 위한 필수 도구로 연구원, 임상의, 진단 실험실 및 유전 상담사에 의해 전 세계적으로 사용되었습니다. 카디프 대학의 의학 유전학 연구소(Institute of Medical Genetics)에서 설립 및 유지 관리하는 HGMD Professional은 임상 영향의 증거가 있는 동료 검토 간행물을 기반으로 전문가가 선별한 돌연변이를 포함하는 고유한 리소스를 사용자에게 제공합니다. 특정 질병과 관련된 알려진 돌연변이의 개요를 검색하거나, 임상 테스트 결과를 해석하거나, 변이 목록에서 가능한 원인 돌연변이를 찾거나, 돌연변이 콘텐츠를 맞춤형 NGS 파이프라인 또는 데이터 저장소에 통합하려는 경우 - HGMD는 사실상 -광범위한 응용 분야에 적용할 수 있는 heritable mutation에 스탠다드 저장소입니다. 새로운 기능과 개선사항 이제 HGMD 데이터 파일 다운로드를 자동화할 수 있습니다. 자세한 내용은 데이터 다운로드 페이지에서 새로운 스크립트 다운로드를 참조하십시오. HGMD Professional 2021.3은 더 빠른 데이터 다운로드를 가능하게 하는 방화벽 조정을 포함하여 새로운 성능 개선 사항을 제공합니다. 이번 릴리스에서는 통계 테이블에서 "반복 변형" 및 "총 삭제 수"가 바뀌었고 이전 릴리스 측정항목에 대한 열이 추가되었습니다. 분기별로 업데이트되는 Expert-curated content HGMD는 카디프 대학교의 전문 큐레이터 팀에 의해 운영됩니다. 데이터는 수동 및 컴퓨터 검색 절차를 조합하여 매주 수집됩니다. 250개 이상의 저널에서 human genetic disease을 유발하는 germline mutation를 설명하는 기사를 검색합니다. 필요한 데이터는 원본 기사에서 추출하고 필요한 지원 데이터로 보강됩니다. 매년 발표되는 질병 관련 germline mutation의 수는 지난 10년 동안 두 배 이상 증가했습니다(그림 1). 희귀하고 새로운 genetic mutation가 계속해서 밝혀짐에 따라 최신 과학적 증거에 접근하는 것은 차세대 염기서열분석(NGS) 데이터를 적시에 해석하는 데 매우 중요합니다. 라이브 웨비나: 2021년 10월 21일 HGMD Professional로 variant classification workflow 워크플로를 간소화하는 방법 등록 HGMD Professional의 가치를 발견하세요. 백서에서 Human disease mutation에 대한 가장 최신의 포괄적인 데이터베이스에 액세스하는 것의 중요성에 대해 자세히 읽어보십시오. HGMD Professional은 임상 시험 연구소가 신뢰할 수 있는 최신 정보로 차세대 시퀀싱(NGS) 데이터를 분석하고 주석을 달 수 있도록 도와줍니다. 다른 mutation 데이터베이스와 달리 HGMD mutation는 모두 임상 영향의 증거가 있는 peer-reviewed publication에 의해 뒷받침됩니다. mutation 항목은 일관성과 정확성을 위해 수동으로 선별되고 평가됩니다. mutation 보고서에는 완전한 투명성을 위해 원본 소스에 대한 링크가 포함되어 있습니다. 14,500개 이상의 출판물에서 HGMD를 인용하였습니다. HGMD Professional 구독을 최대한 활용하려면 사례 연구, 기술 노트 및 비디오 자습서를 보려면 Resources webpage를 방문하십시오.