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[뉴스레터] QIAGEN IPA newsletter – 2020년 11월 조회 1560 IPA로 연구하는데 도움이 되는 최신 IPA 사용 사례, 기사, 자습서 등을 살펴보세요. 이 뉴스레터에는 다음과 같은 다양한 리소스가 있습니다. 'omics 데이터 세트의 생물학적 메커니즘에 대한 백서 바이러스 전사체 분석에 대한 on-demand 웨비나 Land Explorer에서 QIAGEN IPA를 사용하는 방법을 보여주는 짧은 튜토리얼 ...등등 READ THE NEWSLETTER - 뉴스레터 상세 내용 1. White paper: QIAGEN IPA with Analysis Match QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 및 Analysis Match를 사용한 'omics 데이터 세트의 생물학적 메커니즘 이해 2. Transcriptomic analyses of in vitro flavivirus- or coronavirus-infected cell lines in vitro flavivirus- 또는 코로나 바이러스에 감염된 세포주의 전사체 분석 3. Latest Improvements | QIAGEN IPA 중요한 업데이트의 직접 다운로드를 포함한 최신 QIAGEN IPA 제품 릴리스 정보 및 제품 개선 사항에 액세스 4. Unlock the power of ‘omics datasets with QIAGEN IPA Analysis Match QIAGEN IPA가 데이터에서 새로운 인사이트를 발견하는데 어떻게 도움이 되는지 탐색 5. [Exclusive] Coronavirus Pathway available only from QIAGEN IPA QIAGEN IPA에서만 제공되는 Coronavirus Pathogenesis Pathway와 관련된 유전자 및 생물학적 메커니즘 보기 6. QIAGEN IPA with Land Explorer tutorial collection Land Explorer에서 QIAGEN IPA를 사용하는 방법을 보여주는 짧은 튜토리얼 사용 사례를 확인하세요. 7. Elevated calprotectin and abnormal myeloid cell subsets discriminate severe from mild COVID-19 8. Webinars and Events | QIAGEN Digital Insights

[웨비나] IPA 사용자를 위한 QIAGEN 웨비나 개최 및 참여 신청 조회 1485 이번 웨비나는 생물학적context and curated informatio을 강조하며 grant or publication 제출에 있어 실험 데이터가 있든지 없든지 가설과 통찰력을 얻을 수 있는 방법을 제시합니다. 2020. 11. 24(화) 오후 3시 : How to create hypotheses and insights when you have no data of your own 2020. 11. 26(목) 오후 3시 : How to quickly analyze and make sense of your experimental data 웨비나 주제 큐레이트 된 literature and 'omics data의 방대한 콜렉션에 대한 질문 분자가 표현형/기능과 관련되어 있는지에 대한 이해 결과를 내부 및 공공데이터와 비교함으로써 맥락화 유전자 발현 변화를 유발할 수 있는 regulators 예측 >> 웨비나 참여 신청하기 (Ctrl을 누르고 클릭해주세요) 지난 웨비나를 확인해보세요! 1. CLC GWB + IPA webinar recording Easy and fast RNA-seq analysis and interpretation: https://qiagen.showpad.com/share/TfXMLkqMWHKkUzxkLqM1R 2. IPA + OmicSoft Land Explorer webinar recording Utilize large datasets and results from independent studies to advance your research: https://qiagen.showpad.com/share/6LwCtSESTg2TrKM8H4qCz 3. CLC GWB + MGM webinar recording Microbial genomics – Metagenomics, typing and coronavirus research: https://qiagen.showpad.com/share/qgvhZvQeBK5KJRpPMs38R

[뉴스레터] QCI Interpret 가을 릴리스에 제공되는 새로운 기능들 조회 1279 QIAGEN Clinical Insight (QCI) Interpret의 2020 년 가을 출시되는 새 릴리스는 다음과 같은 새로운 기능을 제공합니다. QCI Interpret에 새로운 변종 분류 기능을 추가하여 sequencing 및 upstream artifacts (Confidence Filter), 모집단 빈도 (Common Variants Filter), 병원성 (Predicted Deleterious Filter) 및 생물학적 관련성 (Biological Context)을 기반으로 필터링 할 수 있습니다. 또한 QCI Interpret에 업로드 된 모든 샘플의 샘플 인벤토리를 관리하는 ‘샘플 관리 기능’을 추가했습니다. 기존 샘플에 대한 업로드 및 분석을 지원할 뿐만 아니라 샘플 인벤토리에서 테스트를 생성할 수 있도록 새로운 workflow가 도입되었습니다. 인벤토리 된 체세포 샘플은 다중 샘플 체세포 분석 (예 : time-based samples)에 사용할 수 있습니다. 관련 유전자 / 변이를 더 잘 클러스터링하고 새 보기 설정을 업데이트 / 추가하기 위해 변이 목록 페이지를 변경했습니다. 이 릴리스에는 variants table에서 필터링 된 변형과 관련된 주석을 내보내는 기능도 있습니다. 새로운 추가 사항은 미토콘드리아 변종에 더 나은 주석을 달기 위한 MITOMAP 콘텐츠입니다. 또한 이번 릴리스에서 QCI Interpret One은 이제 EU-specific content가 포함 된 유럽에서 사용할 수 있습니다. QCI Interpret 2020 가을 릴리스에 대한 자세한 내용은 릴리스 노트를 참조하거나 여기 에서 다가오는 웹 세미나에 등록하거나 ts-bioinformatics@qiagen.com으로 지원팀에 문의 하시기 바랍니다.

[릴리즈] What's new in the QIAGEN OmicSoft 2020R2 and 2020R3 Releases 조회 1673 최신 OmicSoft 릴리스에서 QIAGEN에서는 OncoLand 및 DiseaseLand에 수백 개의 새로운 프로젝트, GTEx_B38_GC33의 수천 개의 새로운 정상 조직 샘플 및 비소세포폐암(NSCLC)에 초점을 맞춘 새로운 Land에 추가했습니다. 이 새로운 데이터 세트를 탐색하여 정상 조직 및 질병 상태의 유전자 및 전사체 발현 패턴을 발견하세요. 관심 Land에 액세스할 수 없는 경우 QIAGEN OmicSoft 서버 관리자에게 Cloud Land Publishing 기능에서 사용 가능한 데이터를 확인하도록 요청하세요. - GTEx_B38_GC33 : GenCode.V33의 첫 번째 Land R2에서 정상적인 조직 발현을 프로파일링 하는 16,000개 이상의 RNA-seq 샘플을 사용하여 Human_B38/ OmicSoftGenCode.V33의 첫 번째 Land를 출시했습니다. Figure. 1. Gene FPKM of ACE2 across 16,963 samples from GTEx_B38_GC33. 2020R2 및 R3의 DiseaseLand 업데이트 코로나 바이러스 관련 연구 콘텐츠 : 코로나 바이러스를 포함한 바이러스 감염 및 급성 호흡 곤란 증후군(ARDS)을 포함한 감염 반응에 대한 연구에서 얻은 수천 개의 새로운 샘플을 추가했습니다. 다양한 장기 및 시스템의 노화와 신경 퇴행성 질환에 대한 새로운 연구 비 알코올성 지방간 질환(NAFLD), 비 알코올성 지방 간염(NASH) 및 간 섬유증을 포함한 피부 질환, 면역 매개 질환 및 간 질환에 대한 새로운 연구 HumanDisease : R2에서는 118개 프로젝트의 7812개의 새 샘플을 추가했고 R3에서는 133개 프로젝트의 7021개 샘플을 추가했습니다. 특히 뇌, 눈, 면역 체계, 간, 근육, 피부 등의 노화 관련 유전자 발현 변화에 중점을 두었습니다. MouseDisease : R2에서는 87개 프로젝트에서 1533개의 새 샘플을 추가했고 R3에서는 83개 프로젝트에서 2362개의 샘플을 추가했습니다. MouseDisease_B38은 이제 노화, 알츠하이머 및 파킨슨병 모델, 이식편대숙주질환 및 루푸스와 같은 면역 관련 질환 및 피부 질환에 대한 새로운 콘텐츠를 제공합니다. RatDisease : RatDisease_B6에서 노화, 간경변, 알츠하이머 및 파킨슨병에 초점을 맞춘 연구를 통해 21개 프로젝트의 637개 샘플을 추가했습니다. Figure 2. 코로나 바이러스 연구와 관련된 새로운 연구들이 HumanDisease (COVID-19, SARS, MERS, ARDS 및 기타 합병증) 뿐만 아니라 알츠하이머, 헌팅턴병, 파킨슨병, 관절염, 천식, 만성 폐쇄성 폐 질환 (COPD) 및 피부 질환에 추가되었습니다. OncoLand updates in 2020R2 and R3 비소세포폐암(NSCLC)을 위한 새로운 TRACERx Land : 100명의 환자로부터 얻은 447개의 샘플을 포함하며, 체세포 돌연변이, copy number, 임상 공변량(covariate) 및 분석에 사용할 수 있는 생존 데이터가 있습니다. CCLE 및 Blueprint B38 Lands를 GenCode.V33으로 업데이트 : Lands는 이번 릴리스에 업데이트된 Blueprint (정상 혈액 세포 유형 발현) 및 CCLE와 함께 Human.B38 genome의 새로운 OmicsoftGenCode.V33 gene model로 계속 업데이트됩니다. CCLE_B38_GC33은 또한 DepMap CRISPR / RNAi 유전자 의존성 데이터와 함께 새로운 RNA-seq, 돌연변이, copy number 및 단백질 데이터를 포함합니다. OncoGEO 업데이트 : R3 릴리스에서 우리는 65개 프로젝트의 3314개 샘플을 OncoGEO에 추가했습니다. OncoGEO는 anti-PD1/PD-L1 및 CTLA4 agents를 포함하여 대장암 프로젝트 및 면역 요법에 중점을 두고 있습니다. R2 릴리스에서 우리는 전립선암, 방광암, 신장 암 및 폐암에 초점을 맞춘 112개 프로젝트의 4622개의 새로운 샘플과 832개의 비교점을 추가했습니다. Hematology_B37 : Hematology_B37에 109개 프로젝트의 6781개 샘플을 추가했습니다. 또한 다양한 백혈병 및 림프종에 대한 새로운 연구를 추가했습니다. OncoMouse_B38 : 우리는 anti-PD1 / PD-L1 및 anti-CTLA4 면역 요법, 유방암 및 난소의 여성 생식 암, 폐암, 신장 암 및 방광암과 관련된 새로운 연구와 함께 24개 프로젝트의 511개 샘플을 OncoMouse_B38에 추가했습니다. Figure 3. Sample distribution of OncoGEO 2020R3 additions, filtering out disease control and normal control samples. OmicSoft 서버 관리자 참고 사항 최근에 Land 서버를 다시 시작하지 않은 경우 사용량이 적은 기간에 이 작업을 수행하는 것이 좋습니다. 몇 가지 새로운 개선 사항을 출시했으며 이를 통해 최신 파일이 동기화되었습니다. 여기에서 2020R3 릴리스의 전체 세부 정보를 확인하세요. 2020R2 릴리스를 포함한 모든 이전 릴리스에 대한 릴리스 정보는 여기에서 찾을 수 있습니다. QIAGEN IPA / OmicSoft 사용자 그룹 회의 4 월, 5 월, 9 월에 개최된 가상 QIAGEN IPA / OmicSoft 사용자 그룹 회의는 모두 큰 성공을 거두었습니다. 이 내용들을 함께 할 수 있기를 바랍니다! 여기에서 내용을 확인할 수 있습니다. QIAGEN OmicSoft 포트폴리오에 대해 자세히 확인하세요.

[릴리즈] What’s new in the QIAGEN IPA Fall 2020 Release 조회 1539 QIAGEN IPA의 가을 릴리즈가 출시되었고 새로운 기능은 다음과 같습니다. 이 IPA 릴리스의 새로운 모습에는 IPA의 주요 기능에 대한 빠른 개요를 확인하는 데 도움이 되는 새로 디자인된 빠른 시작 창과 유익한 짧은 비디오가 포함되어 있습니다. 또한 IPA에 더 선명한 그래픽, 새로운 아이콘 및 더 선명한 글꼴을 제공합니다. IPA의 새로운 모습. 거의 모든 기능이 친숙한 모습이지만 업데이트 된 모습입니다. Mac 사용자는 IPA를 사용할 때 macOS 용 기본 명령 키 수정자(native command key modifier)를 사용하여 전환해야 합니다. 예를 들어 네트워크의 모든 노드를 선택하려면 Mac의 경우 키보드에서 ⌘ - A를 누릅니다. (Windows에 사용되는 control - A대신) 최신 IPA 설치 프로그램이 이 릴리스와 호환될지라도 새 앱 아이콘을 얻으려면 최신 IPA 설치 프로그램을 다운로드하는 것을 권장합니다. : https://analysis.ingenuity.com/pa/installer/select 또한, 이 IPA를 실행하려면 Java 8 이상(설치 프로그램에 내장됨)이 필요합니다. Quick Start window으로 빠르게 방향 잡기 IPA Quick Start window은 당신이 IPA를 효과적으로 사용할 수 있도록 유용한 설명과 링크를 제공하게재구성 되어왔습니다. 이곳에서는 다양한 데이터 유형을 분석하는 방법, 상위 도움말 문서에 대한 링크, 새로운 사례 연구, IPA의 주요 기능에 대한 바로 가기, 지원에 문의하는 방법 등에 대한 섹션을 찾을 수 있습니다. 새로운 Quick Start window. Quick Start window의 왼쪽에 있는 항목은 사용 가능한 콘텐츠에 대한 개요를 제공 : 콘텐츠를 보려면 헤더를 클릭합니다. 이 창을 열려면 도움말 > 빠른 시작으로 이동하거나 Windows의 경우 키보드에서 control-9을, Mac의 경우 ⌘-9를 누릅니다. Core Analysis 및 My Pathways에 대한 새로운 짧은 비디오 핵심 분석 탭에서 새로운 짧은 비디오에 액세스 할 수 있습니다. 비디오를 보려면 비디오 재생 버튼 아이콘을 클릭하십시오. 이 아이콘은 대부분 탭의 오른쪽 모서리에 표시됩니다. 예를 들어, 다음은 IPA의 Upstream Regulators에 대한 비디오가 있습니다. 이렇게 My Pathway 창에 대한 새로운 개요 비디오도 사용할 수 있습니다. 그래픽 요약 새로운 IPA 그래픽 요약은 IPA 핵심 분석의 주요 생물학적 테마에 대한 빠른 개요를 제공하고 이러한 개념이 서로 어떻게 관련되어 있는지 보여줍니다. 이 기능은 분석에서 예측된 가장 중요한 요소들의 하위 집합을 선택하고 연결하여 일관되고 이해하기 쉬운 분석 개요를 만듭니다. 그래픽 요약에는 canonical pathways, upstream regulators, diseases and biological functions과 같은 요소들이 포함될 수 있습니다. 알고리즘은 기계 학습 기술을 사용하여 요약을 구성하고 요소들의 우선 순위를 지정하고 연결하고 QIAGEN Knowledge Graph의 결과로 아직 연결되지 않은 엔티티를 연결하는 관계를 추론합니다. 이러한 추론된 관계는 관련된 생물학적 활동을 시각화 하는데 도움이 됩니다. 그래픽 요약 탭은 핵심 분석 창에서 사용할 수 있습니다. 아래의 예는 덜 공격적인 luminal A type 유방암 세포주와 비교 된 공격적인 "claudin-low"유방암 세포주의 발현 분석에 대한 그래픽 요약 결과를 보여줍니다. PMID 20813035를 기반으로 하는 이 데이터 세트 에서 claudin-low cells의 상피-간엽 전이 (EMT)는 ZEB1, SNAI1 및 SNAI2와 같은 특정 전사 인자에 의해 활성화되었으며 세포는 조직 침습 경향을 나타냅니다. 이들은 전부 생성된 summary에 나타납니다. 새로운 그래픽 요약은 Core Analysis의 상위 결과를 소규모 네트워크로 요약한 것입니다. 이 기능의 알고리즘은 기계 학습을 포함한 여러 방법을 사용하여 가장 많이 예측되는 항목을 선택하고 연결합니다. 이 릴리스 이전에 실행된 분석은 IPA가 그래픽 요약에 표시된 네트워크를 생성하고 저장하기 때문에 처음으로 볼 때 열기에 조금 더 오래 걸립니다. 요약은 여러 요소를 고려하며 이 도움말 문서에 자세히 설명되어 있습니다 . 원하는 경우 더 많거나 더 적은 노드가 있는 새 요약을 생성할 수 있으며 이러한 변경 사항은 분석과 함께 자동으로 저장됩니다. My Pathway에 직접 "스티커"메모 추가 이 릴리스에서는 관심있는 아이디어나 세부 정보를 캡처하는 데 도움이 되도록 네트워크 또는 경로에 "sticky" 메모를 원하는 만큼 추가할 수 있습니다. 경로 또는 네트워크에 메모를 추가하고 "My Pathway"로 저장하기만 하면 됩니다. 이 도구는 다른 사용자에게 사용자 지정 경로의 구성 요소를 설명하는 데 유용합니다. 경로와 네트워크에 자신의 메모를 추가하여 보다 효과적으로 의사 소통합니다. 자신을 위해 메모하거나 다른 사람과 공유할 수 있습니다. 개별 분자 및 관계에 대한 메모를 첨부하거나 경로에 대한 일반적인 정보를 제공할 수 있습니다. 주석이 달린 경로를 저장하거나 동료와 공유하세요. 콘텐츠 업데이트 - 4 개의 새로운 Canonical Signaling Pathways 코로나 바이러스 복제 경로 종양 미세 환경 경로 암세포 경로에서 MSP-RON 신호 대식세포 경로에서 MSP-RON 신호 - 기존의 두 가지 Canonical Signaling Pathways에 활동 패턴 추가 적혈구 생성 촉진 인자 신호 경로 Stathmin1에 의한 유방암 규제 ~ 425,000개의 새로운 발견 (IPA에서 총 760 만 개 이상) 이제 Analysis Match 및 Activity Plot에서 73,000 개 이상의 OmicSoft 분석을 사용할 수 있습니다. Analysis Match 및 Activity Plot의 OmicSoft 분석 콘텐츠. 이 릴리스에는 7,700 개 이상의 새로운 분석이 추가되었습니다. 자세한 내용은 릴리스 정보 를 참조하세요.

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