게시판 리스트

[뉴스레터] Elsevier, Pathway Studio 2월 웹세미나 소식을 전해드립니다. 조회 1065 웹세미나 일정안내Zika 바이러스 감염 연구를 위한 데이터 기반 접근법2017년 2월 17일에 진행되는 웹세미나에서 바이러스 감염 연구를 통합 빅 데이터 솔루션으로 접근하는 새로운 연구 방법에 대해서 알려드립니다. Chris Cheadle (Elsevier) 박사와 Joseph Delaney (Illumina) 박사는 바이러스 감염 연구에 대하여 유전체정보와 문헌정보 데이터를 결합하는 워크플로우를 보여줄 것입니다. 방법은 아래와 같습니다.- Illumina Correlation Engine을 사용하여 Zika 바이러스 감염에 대한 특정 유전자 세트를 식별함- Pathway Studio 분자 상호 작용 데이터베이스를 사용하여 감염과 관련인자를 밝힘- 추가 분석 및 가설을 뒷받침 할 수 있는 새로운 문헌 정보에 대한 모니터링 한국시간으로 새벽에 진행되는 웹세미나이므로 시청이 어려운 고객분들은 등록을 하시면 추후에 녹화본을 받아보실 수 있습니다. 웹세미나 등록2017년 2월 17일 금요일한국시간 오전 2:00 (1시간 진행) >> 등록하기 클릭모든 웹세미나 살펴보기Pathway Studio를 사용하는 방법을 비롯한 모든 웹세미나를 확인하세요.>> 웹세미나 살펴보기 클릭라이브 웹세미나에 참여하실수 없나요?등록을 마치면 웹세미나 개최시 자동으로 녹화된 것을 받을 수 있습니다.>> 녹화본 시청하기

[뉴스레터] geneXplain, Release announcement January 2017 조회 958 geneXplain사에서 2017년 1월 뉴스레터를 발행하였습니다.TRANSFAC 릴리즈 2017.1- 242개의 ENCODE ChIP-Seq experiments, 196개의 다른 transcription factors에 대한 4,532,674개의 bindong fragments가 포함되어 있으며, 이 factors 중 139개는 이전에 ChIP-Seq 데이터로는 다루지 않음- SMiLI-Seq(Selective Microfluidics-based Ligand Enrichment followsed by sequencing)을 기반으로 한 105개의 positional weight matrices가 포함- Human, mouse, rat, macaque, Arabidopsis의 gene, promoter, ChIP fragment의 genomics 정보는 Ensembl release 86 정보를 기반으로 함HumanPSD+TRANSPATH(PROTEOME) 릴리즈 2017.1- 109,738 (human) gene-disease assignments- 2,551 human disease- 1,308 disease models in mice- 14,237 drug-protein 상호작용- 146,605 clinical trials이 데이터는 Locus, Disease and Drug Reports로 구성되어 있으며 Ontology Search 툴을 사용하여 복잡한 생물학적 질문에 응답 가능geneXplain 플랫폼 릴리즈 4.4- Search for self-regulating transcription factors : * 전사인자에 포커싱을 맞춘 upstream 분석 워크플로우 * 차등발현된 전사인자 리스트는 상이하게 발현되는 유전자의 프로모터에 과발현되는 사이트 확인- Upstream analysis with feedback loop * Upstream 분석 워크플로우의 차등발현된 master regulator 분석을 위한 추가 옵션- Identify enriched motifs in tissue specific promoters * 세포 특이적인 또는 조직 특이적인 유전자 프로모터 내에 과발현 전사조절인자 바인딩 사이트 검색 설계New integrated databases : - HMR2 : 8,000가지 이상의 reaction과 3,000가지 이상의 독특한 대사 산물과 관련된 3,765개의 유전자를 포함함 - Fantom5 : 조직 특이적인, 세포 특이적인 전사 시작 사이트들은 Functional annotation mammalian genome 5 (FANTOM5) 프로젝트를 기반으로 수집되고 있음. 171 가지 세포 유형과 121 가지 조직 유형이 포함BRENDA 출시 2017.1Data addition & update - 108 개의 새로운 효소 종류가 통합되어 현재 BRENDA는 7095 개의 EC 번호를 다루고 있음Update of the organism-specific pathways - Pathway 카테고리가 아래와 리스트와 같이 7개로 개정됨 * Central and energy metabolism * Lipid metabolism * Amino acid metabolism * Nucleotide and cofactor metabolism * Carbohydrate metabolism * Fermentation and other cataabolism * Xenobiotics and secondary metabolismUpdate of Ligand Summary Pages - 리간드 요약 페이지는 경로에 직접 연결되는 아이콘을 제공New search option - PDB 구조 정보는 구조 기반 쿼리 영역을 통해 검색 가능 - 결과는 DoGSiteScorer 링크를 함께 제공Highlights : - 대사 산물 및 대사 경로 분석을 위한 새로운 모듈 추가 - 자가 조절 전사 인자의 동정 - 피드백 루프 조절 검출 - 조직 특이적인 프로모터 연구 - 새로운 대사체 데이터베이스(HMR2 및 Recon2) 통합 - TRANSFAC 및 TRANSPATH, Reactome, Gene Ontology, Ensembl 데이터베이스 업데이트New workflows : - Flux Balance Analysis : Flux 데이터의 효소 반응 및 대사 산물의 동정을 포함한 클러스터링과 맵핑 분석

[뉴스레터] Elsevier, Pathway Studio 웹세미나 소식을 전해드립니다. 조회 969 지카 바이러스, 소두증 및 포도당 대사 장애2017년 1월 25일 오전 12:00에 Elsevier R & D 솔루션의 연구 생물학제품 파트에 Chris Cheadle 박사의 무료 웹 세미나가 진행됩니다. Zika 바이러스는 작년 한 해 동안 중요한 공중 보건 위협 및 소두증의 원인으로 뉴스의 헤드라인이었습니다. 임신 중 산모가 감염되었을 때 신생아에게 치명적인 질병입니다. 통합 Genome 및 문헌 기반 분석 워크플로우를 사용하여 Zika 바이러스 감염을 전체적으로 살펴보고 포도당 대사 장애를 검사합니다. 또한 승인된 임상 시험 및 임상 시험의 잠재적인 치료법을 알아봅니다. 이는 생물학적 통찰력 측면에서 가치가 있으며 질병 모델을 만드는 것이 얼마나 간단한지 알 수 있습니다. 잠재적인 약물표적 및 약물을 특정 표적에 대해 확인하는데 도움이 될 것입니다. 연사소개Chris Cheadle 박사는 Elsevier R & D 솔루션의 연구 생물학제품 파트에 감독입니다. Chris는 정부, 학계 및 민간 업계에서 광범위하게 근무한 전산 생물학자입니다. 지난 15년 동안 그의 전문 분야는 유전자 발현 프로파일링 분야였으며, 80개 이상의 저널에서 peer-reviewed 기사를 실었습니다. Chris는 현재 Elsevier사에 연구 생물학 부분 이사로 있습니다.웹 세미나 등록2017년 1월 25일 수요일한국 오전 12:00>> 등록하기 클릭모든 웹세미나 살펴보기Pathway Studio를 사용하는 방법을 비롯한 모든 웹 세미나를 확인하세요>> 웹세미나 살펴보기 클릭라이브 웹 세미나에 참여하실수 없나요?등록을 마치면 웹세미나 개최시 자동으로 녹화된 것을 받을 수 있습니다.>> 녹화본 시청하기

[뉴스레터] QIAGEN, OmicSoft acquisition - Driving discoveries 조회 1419 OmicSoft 환영합니다. QIAGEN사는 biomarker 데이터 관리, 시각화 및 분석 제품 등 업계 최고의 공급 업체인 OmicSoft를 인수하였습니다. >> 좀 더 자세히 살펴보세요. Driving discoveries 독일 드레스덴의 임상 병리학 연구소의 Rump 박사와 그의 연구 팀은 variant와 annotation 데이터의 양이 증가함에 따라 생물 정보 분석 툴과 기술이 필수 불가결한 도구라고 하였습니다. >> 어떻게 우리의 솔루션이 도움이 될 수 있을까요? 희귀한 병의 해결 QIAGEN사는 Rare Genomics Institute 과학자들과 협력하여 전체엑솜(Exome)과 genome 데이터를 해석할 수 있는 유전 질환 솔루션을 제공하였습니다. >> 그들의 말이 무슨 의미인지 알아볼까요? 유방암 저해 기술 Cologne 대학병원을 이끄는 Margarete Odenthal 박사는 진단 실험실의 역량과 워크 플로우의 최적화를 위해 새로운 기술을 선보이기로 결정했습니다. Insights 유전자 발현 데이터를 이해하고 싶다면 IPA는 ‘Omics’ 실험에 데이터를 분석, 통합, 해석하는데 있어서 과학자들에게 가장 인기 있는 선택입니다. 어떻게 IPA가 유전자 발현 데이터와 새로운 타겟이나 알려진 Biomarker를 생물학적 시스템 내에서 식별하는지 알아봅니다. >> 논문들에 대해 더 자세히 알아보세요

[뉴스레터] GeneCodes, Hybrid Sequencing with Sequencher 조회 1563 Sanger 및 NGS data가 포함된 Hybrid Sequencing Projects에 Sequencher 사용Sequencher DNA 분석 소프트웨어의 가장 큰 장점은 제공하는 기능이 많다는 것입니다. NGS와 RNA-Seq을 구분한 패키지 제품은 없습니다. 연구자들이 필요한 모든 툴을 제공하기 위해 모든 것이 포함되어있습니다. 연구 프로젝트에서는 Sanger 시퀀싱의 정확성과 Next Gen Sequencing의 스피드를 결합하여 데이터를 수집하는 것이 일반적입니다. 보통 이런 혼합 sequencing 프로젝트들은 데이터를 처리하기 위한 큰 툴셋을 요구합니다. Sequencher 5.4.6이 이와 같은 프로젝트를 어떻게 다루는지 살펴보겠습니다.최근 서아프리카에서 발생한 Ebola epidemic은 혼합 sequencing 프로젝트의 한 예입니다. 연구자들은 Ebola 감염에 대한 빠른 DNA 확인이 필요했습니다. 또한 그들은 바이러스의 돌연변이를 추적하고, 어떤 종이 더욱 치명적인지 확인하기 위해 유전체에 대한 정확한 기록이 필요했습니다. 이 두 과제의 공통된 맥락은 reference sequence 입니다.Reference sequence의 가장 일반적인 출처 중 하나는 GenBank입니다. 이런 GenBank reference에는 보통 모든 종류의 유전 정보가 사전에 주석으로 달려 있습니다. Sequencher는 GenBank reference를 사용할 때 자동으로 모든 특징들을 import하므로, 연구자들이 수동으로 reference에 주석을 달지 않아도 됩니다.GenBank reference는 훌륭한 시작점이지만, 특정 프로젝트들은 발견이 이루어질 때 추가 주석이 필요합니다. Sequencher를 사용하면 원하는 reference sequence에 주석달기가 매우 쉽습니다. 당신은 contig viewer 또는 sequence viewer에서 어떤 범위의 염기든 강조 표시할 수 있고, 기능으로 표시할 수 있습니다. 당신은 미리 구성된 GenBank 기능 중 하나를 선택하거나 현재 프로젝트에 특성화된 사용자 정의 항목을 만들 수 있습니다. 이 새로운 기능을 Sequencher의 다양한 메뉴에 표시하는 방법에 대한 몇 가지 사용자 정의 옵션이 있습니다.완전히 주석이 달린 reference를 얻은 후에는 NGS alignment를 시작할 수 있습니다. Sequencher에는 몇 가지 독특한 기능이 있습니다. BWA-MEM 또는 GSNAP을 사용한 각 후속 alignment의 시간을 줄이기 위해 reference의 데이터베이스/색인을 작성할 수 있습니다. Sequencher는 색인을 파일에 보관하므로 시간을 절약할 수 있을 뿐 아니라 많은 하드 드라이브 공간도 절약 할 수 있습니다.대부분의 next gen sequencer는 한번에 많은 작업(batch)을 처리할 수 있습니다. 각 샘플에는 그들을 관리할 수 있는 DNA 바코드가 붙어 있습니다. 이것을 멀티플렉싱이라고 하며, Sequencher는 이러한 바코드들을 사용하여 모든 NGS 데이터를 샘플 특정 저장소로 정리하고 연속적으로 각각에 대해 alignment를 수행할 수 있습니다.멀티플렉싱은 Ebola 균주를 식별하는 데 관련된 수많은 작은 샘플들에 적합합니다. Sequencher는 시퀀싱 결과로 얻은 샘플 데이터 파일을 몇 번의 마우스 클릭으로 분리하여 모든 데이터를 선택한 reference sequence에 align시킬 수 있습니다. Reference 기준 alignment가 완료되면, SAMtools를 사용하여 variant 분석을 할 수 있습니다. 결과적으로 Tablet NGS viewer에서 볼 수 있는 VCF (variant calling file)이 생성되어 alignment에서 발생한 variant 위치를 클로즈업 하여 볼 수 있습니다.이런 variant들은 Ebola 바이러스의 새로운 종을 확인하는데 사용될 수 있습니다. Alignment에서 발견된 variant를 새로운 reference에 주석을 달려면 몇 분이 걸립니다. 이렇게 생성된 다양한 reference sequence는 Sequencher에서 템플릿으로 저장할 수 있으므로 올바른 파일을 검색하지 않고 중단한 부분부터 바로 백업할 수 있습니다. 또한 템플릿은 사용자가 선택한 alignment 설정이나 기타 기본 설정을 저장하여 언제든지 불러올 수 있는 사용자 정의 프로젝트에 템플릿을 저장합니다.이러한 모든 기능들은 Sequencher가 사용자에게 제공하는 것 중 일부에 지나지 않습니다. 최신 버전의 Sequencher로 어떤 것을 할 수 있는지 무료로 사용해보세요! 평가판 라이선스는 여러분의 데이터를 가져오기, 저장 및 내보내기 하는 것을 포함하여 15일 동안 완전한 액세스 권한을 제공합니다.

News