게시판 리스트 | (주)인실리코젠-생물정보 전문기업

[뉴스레터] QIAGEN, Shedding light on flaviviruses and improving metagenomics analysis 조회 1455 Latest NewsFlavivirus를 규명한 IPAQIAGEN의 책임과학자인 Dr. Jean-Noel Billaud는 Blood Systems Research Institute (BSRI), 캘리포니아 주립대학교, 샌프란시스코 그리고 다른 기관들의 훌륭한 과학자들과 함께 모기 매개 바이러스 데이터 분석을 해왔습니다. Zika 바이러스부터 West Nile 바이러스까지 종적 샘플 수집과 IPA를 이용한 심층 분석으로 모기 매개 바이러스를 규명하였습니다.>> 좀 더 자세히 살펴보세요 향상된 metagenomicsCosmosID와 함께, QIAGEN은 Microbial Genomics Pro Suite와 CLC Genomics Workbench에 적용할 새로운 미생물 분석 플러그인을 개발하였습니다. CosmosID 플러그인은 샷건 metagenomics도 지원하며, 감염질환, 음식 안전, 동물 건강, 농업, 환경분석 등 다양한 분야에서 미생물체의 프로파일링에 사용 될 수 있습니다. 미생물 군집을 분석하는 연구자들이 군주를 종(species) 단위로 빠르고, 정확하게 파악할 수 있도록 합니다. 비교분석 결과는 heat map과 PCA plot으로 볼 수 있습니다.>> Press release를 살펴보세요 Insights QIAGEN solution에 대해 더 알아보고 싶으시다면.. 진보된 유전체 지식CLC Genomics Workbench는 genomics, transcriptomics, epigenomics 그리고 metagenomics를 위한 맞춤 생물정보학 솔루션을 제공합니다. 수의학 연구부터 폐수처리까지, QIAGEN은 NGS 생물정보학의 다양한 범위에서 응용됨을 보여주는 최근 몇몇 논문을 살펴보았습니다.>> 논문들에 대해 더 자세히 알아보세요 Webinars2016년의 끝자락에서, 올 한해 QIAGEN의 인기 webinar를 소개합니다! Clinical whole genome sequencing – Yes, we are there!Whole genome sequencing for outbreak analysis and pathogen typingReference architectures for the QIAGEN Biomedical Genomics SolutionInterpreting the biological meaning of your RNA-seq data in IPA>>더 많은 webinar를 TV site에서 찾아보세요!

[뉴스레터] QIAGEN, Podcast with Chr. Hansen - Enhanced ccfDNA and TRIO analysis 조회 1395 Latest News 가성비가 훌륭한 생물정보학 솔루션 연구기관에서 NGS 수요가 늘어남에 따라, NGS 데이터를 저장, 관리 그리고 분석의 필요성 또한 증가했습니다. Chr. Hansen의 수석 연구원인 Mads Bennedsen는 CLC Genomics Workbench와 CLC Genomics Server를 이용해서 완벽하게 자동화된 Standard Genome Sequence 분석 파이프라인을 구축했습니다.>> podcast로 강의를 들어보세요 Metagenome Analysis Metagenomic data를 바탕으로 미생물 군집에서 유전자 기능을 찾는 것은 어렵습니다. 더욱이 다른 metagenome 샘플간의 기능적 성질의 변화를 정확하게 측정하는 것은 더 어렵습니다. 어떤 분석 단계를 통해 기능적 프로파일링이 진행될까요? 그리고 이 Microbial Genomics Pro Suite의 성능이 얼마나 신뢰도가 있는지 많이 사용하는 다른 프로그램과 비교하였습니다..>> 분석 단계들과 기준을 살펴보세요 강화된 ccfDNA, TRIO 분석ccfDNA (circulating cell-free DNA), 유전병 그리고 희귀질병 분석을 위한 QIAGEN사의 솔루션이 강화된 워크플로우로 인해 더욱 강력해졌습니다. 유전병과 희귀질병에서 질병의 원인이 되는 변이를 훨씬 더 빠르게 찾기 위해 QIAGEN사는 one-step TRIO 분석, 결과 해석과 관련된 워크플로우를 강화했습니다. 또한 ccfDNA를 통해 이미 알려진 발병 변이나 새로운 암 유발 가능성이 있는 변이를 찾기 위해 새로운 one-step 워크플로우를 release했습니다. 훨씬 더 정확한 변이 발견으로 시간과 자원을 절약하세요.>> 이 뉴스에 대해 좀 더 자세히 살펴보세요 ASHG 2016 회고벤쿠버는 올해 ASHG의 완벽한 개최지였다고 합니다! 벤쿠버는 굉장히 아름다웠고, QIAGEN의 ASHG 일정은 연설, 포스터 발표, 미팅들로 꽉 차있었습니다. QIAGEN은 컨퍼런스 청중들에게 액체 생검과 유전병을 위해 QIAGEN의 생물정보학 전문기술이 녹아있는 Sample to Insight 솔루션을 발표했습니다.>> QIAGEN의 컨퍼런스 요약을 읽어보세요 Insights QIAGEN solution에 대해 더 알아보고 싶으시다면.. 임상 NGS 테스트에서의 도전과제임상 유전체 시험의 주요 도전과제로는 지속적으로 개선하고 새로운 것을 배우는 것뿐만 아니라 확장성과 위험성을 완화하는 방법 등이 있습니다. QIAGEN사은 이런 도전과제들과 어떻게 자동적인 해석 솔루션이 이런 문제들을 다룰 수 있는지에 대해 이야기합니다.>> QIAGEN의 white paper에서 더 자세히 알아보세요 Webinars Advanced RNA-seq analysis in CLC Genomics Workbench - 11월 14일Identify key isoforms in your RNA-seq dataset with IsoProfiler – 11월 16일Analysis and interpretation of cell free DNA – 11월 22일Whole genome sequencing for outbreak analysis and pathogen typing - 11월 29일QCI Interpret identifies targeted therapy and clinical trials in... – 12월 6일Clinical whole genome sequencing – Yes, we are there! – 12월 8일Introduction to CLC Genomics Workbench – 12월 13일

[뉴스레터] QIAGEN, Best practices for RNA-seq analysis - Digital NGS with high accuracy 조회 1485 Latest News 높은 정확도를 가지는 Digital NGS Biomedical Genomics Workbench와 Biomedical Genomics Server Solution에서 QIAseq Targeted DNA Panel 분석을 위한 플러그인이 출시되었습니다. 이 플러그인은 새로운 QIAseq Targeted DNA Panel 뿐 아니라 패널 맞춤 디자인 서비스를 통해 만들어진 맞춤형 DNA 패널에서의 분석과 시각화가 가능합니다. 새로운 플러그인을 사용하면 low frequency variants detection의 정확도를 더욱 높일 수 있습니다.>이 플러그인에 대해 자세히 알아보세요. 임상 유전체 시퀀싱임상 NGS 데이터 분석에서의 어려움이 무엇인가요? UCLA 분자 진단 실험실의 부소장인 Josh Deignan는 임상 유전체 시퀀싱에 관한 webinar를 발표했습니다. 그는 임상 유전체 분석이 어떻게 연구가 되어왔는지, 현재 분자 진단 분야가 어디에 있는지 그리고 앞으로 나아갈 방향은 어디인지에 대해 설명해줍니다.>Josh Deignan의 webinar를 시청하세요. 데이터 분석 경험 강화최근 IPA, IVA, QCI-I 및 workbench에 이르기까지 기존의 다양한 QIAGEN 제품 라인에 새로운 기능들이 추가되고 기능들이 개선되었습니다. 그 중 연구자분들을 위해 주요 뉴스를 정리하였으며 각 제품마다 최근 업데이트 소식을 살펴볼 수 있습니다.>이번 release의 주요 뉴스에 대해 좀 더 자세히 살펴보세요. RNA-seq 분석을 위한 가장 좋은 파이프라인 (Best practices) 그 동안 RNA-seq 도구는 빠르게 그리고 지속적으로 개선되어 왔습니다. 그리고 RNA-seq의 빠른 발전의 결과로 연구자들은 그들의 분석 파이프라인이 최신 기준에 맞는지 지속적으로 확인해야 합니다. 즉, 늘어나는 분석 솔루션들 중 가장 좋은 것들을 통합하고 테스트해야 합니다. CLC Genomics Workbench와 Biomedical Genomics Workbench 사용자들을 위해서 QIAGEN의 RNA-seq 솔루션의 최근 개선 사항이나 방법 등에 관련한 내용을 자세히 알려 드립니다.>새로운 기술에 대해 알아보세요. Insights QIAGEN solution에 대해 더 알아보고 싶으시다면.. 문헌 속의 Ingenuity Variant AnalysisIngenuity Variant Analysis는 희귀 질병 돌연변이 발견부터 약리유전체학까지 연구의 다양한 부분에서 효율적으로 사용되고 있습니다. Ingenuity Variant Analysis가 어떻게 사용되었는지 가장 최근의 논문을 보며 확인할 수 있습니다.>최근 논문들을 살펴보세요. Webinars Formatting and uploading your RNA-seq data into IPA – 10월 12일Analysis of hereditary diseases in Biomedical Genomics Workbench... – 10월 17일Introduction to CLC Genomics Workbench – 10월 18일Interpreting the results of your Core Analysis in IPA – 10월 19일Use of QCI Interpret to elucidate precision in breast cancer targeted therapy – 10월 20일Analyze your RNA-seq data in Biomedical Genomics Workbench – 10월 26일Interpreting the results of your Comparison Analyses in IPA – 10월 26일Analysis and interpretation of cell free DNA – 10월 27일Integrate the analysis & interpretation of your RNA-seq data... – 11월 2일Fast and easy identification of disease causing variants... – 11월 2일Use of QIAGEN Clinical Insight Interpret to elucidate precision... – 11월 3일Analysis of cancer panel data in Biomedical Genomics Workbench... – 11월 7일Interpreting the biological meaning of your RNA-seq data in IPA – 11월 9일Advanced RNA-seq analysis in CLC Genomics Workbench – 11월 14일

[뉴스레터] NEBION, Genevestigator의 인기있는 3개 tool이 무료! 조회 1097 Free tools for October 2016 2016년 10월 31일까지, GENEVESTIGATOR Professional의 3가지 인기 tool을 무료로 이용할 수 있습니다! 이 3가지 tool을 이용하여 관심있는 유전자와 함께 조절되는 유전자들을 찾습니다.워크플로우는 아래와 같습니다. Perturbations tool 관심있는 유전자가 조절되는 특정 조건 검색 Co-Expression tool 특정 조건에서 유사한 발현 패턴을 갖는 유전자 탐색Hierarchical Clustering tool 조직, 세포타입에 따라 동시에 발현되는 유전자들 그룹핑새로운 비디오 튜토리얼을 보시면서 관심 유전자와 같은 "Perturbations"에 반응하는 유전자들, 또는 같은 조직에서 발현되는 유전자들을 찾아보세요. Video Tutorial 보러가기

[릴리즈] BIOBAM, Blast2GO: Major Release Version 4.0 조회 1158 Blast2GO가 4.0버전으로 업그레이드 되면서 유용한 몇 가지의 기능들이 추가되어 여러분께 소개해드리고자 합니다. Blast2GO 4.0Pairwise와 시간대별로 차등발현분석이 가능Eukaryote와 prokaryote에서 gene prediction이 가능(Glimmer와 Augustus 알고리즘 이용)Gene Set Enrichment Analysis 분석 기능 추가Blast와 Blast을 통해 시퀀스와 ID를 서로 변환해주는 기능Blast2GO의 새로운 앱이 App Manager에 추가 (COG.EggNOG)Load/Export 기능 추가 : GFF2, ID-Value List, Generic Table새로운 그래프 레이아웃 추가메뉴바 하단의 메인 아이콘추가 QBlast와 local blast 기능 개선ORF prediction 결과 이용한 InterProScan 사용에 관련된 버그 수정눈 여겨 보아야 할 추가기능은 차등발현분석, GSEA분석, gene prediction 기능이 추가되었다는 점 입니다. - 차등발현분석차등발현 분석은 두 가지의 옵션이 제공됩니다. Pairwise comparison은 EdgeR이라는 bioconductor를 기반으로 하여 만들어진 통계분석기능이며 그룹간의 시간대별 발현 분석을 하는 time course analysis는 maSigPro라는 bioconductor를 이용한 분석 방법입니다. Pairwise comparison은 그룹간의 비교하여 upregulation/downregulation이 된 유전자가 몇 개인지 time coursed analysis는 발현 정도를 보고 서열끼리 클러스터링을 해줍니다.- Enrichment AnalysisGO functional annotation을 가지고 Gene Set Enrichment Analysis를 해주는 기능이 추가되었습니다. 이 분석툴은 유전자와 통계 값이 있는 데이터로 진행되며, MIT/Broad Institute에서 개발한 툴입니다. - Gene Prediction박테리아, 고세균, 바이러스는 Glimmer를 통해 진핵생물들은 Augustus를 통해 유전자 부위를 예측해줍니다. RNA-seq 맵핑이 완료된 bam파일도 지원하며, prediction 후에는 GFF파일이 생성되어 다른 분석을 하실 때 annotation으로 활용할 수 있습니다.- 그 외 추가기능 · App 추가App manager의 app이 하나 추가되었습니다. Orthology group을 찾아주는 app인데 EggNOG 데이터베이스를 이용하여 orthologous group annotation을 수행합니다. · RfamRNA family 데이터베이스인 Rfam을 이용하여 non-coding RNA gene, cis-regulatory elements, self-splicing RNA를 확인할 수 있습니다.