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[뉴스레터] Elsevier, Pathway Studio, 3월 Webinar 소식 조회 865 Biomarkers, Brain Regions, & Data Reproducibility웹세미나 일정안내본 강의는 Chris Cheadle 박사가 Pathway Studio를 이용하여 바이오마커 & 브레인 영역을 탐색하는 방법에 대해 설명합니다. 정교한 가시화툴을 이용하여 질병을 일으킬 수 있는 factors와 광범위하게 연결시켜 줍니다. 또한 뇌영역 식별에 근거한 혁신적인 새로운 분류법에 대해 발표합니다. 이런 혁신은 보고된 근거논문을 기반으로 질병 지식을 빠르게 습득하게 만들 것입니다. 주제_ Biomarkers, Brain Regions, & Data Reproducibility 일시_ 2016.03.24 (목) PM 11:00 (1시간 동안 진행) 등록방법_ 하단 등록하기 버튼 클릭 시 등록페이지로 이동다른 웨비나 시청
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[뉴스레터] QIAGEN, Bioinformatics and disease - Microbial inhabitants of New York City 조회 1247 Latest News Metagenomes, leukemia & NASA twins AGBT의 워크샵에서 Chrison Mason가 metagenome과 우주비행사들의 유전체와 질병 그리고 QIAGEN의 솔루션에 대한 경험을 공유하는 세미나를 발표했습니다. 그는 CLC Genomics Workbench를 이용하여 환자에게서 얻은 난배양성 미생물들의 군집을 분석하는데 성공했습니다. >Read about the interesting research Bioinformatics and diseaseNGS는 의학분야와 고성능의 해석과 분석의 조합등에 대한 접근을 크게 바꾸었습니다. 그리고 이제 진단과 치료분야에서도 발전할 것입니다. >Accelerate your insights with QCI How secure is your bioinformatics data?genomic data가 증가되고 해석 정보들이 계속적으로 생성되면서 이러한 데이터의 저장, 보호및 관리에 대한 문제점이 생겼습니다. 큰 데이터에는 보안에 대한 큰 걱정도 함께 따라오는데 우리의 소중한 데이터를 지키는 방법은 어떤 것이 있을까요?>How do we secure your data? Unique solution for RNA sequencing혁신적인기술과 세계적인 RNA 분리와 library 만드는 기술과 IPA 소프트웨어를 통해 RNA시퀀싱의 특별한 솔루션을 제공합니다. >Read about QIAseq Targeted RNA Panels Insight Comparative analysis of grapebine microbiomes Microbiome 분석에서 16S rRNA를 사용해서 CLC Microbial Genomics Module의 워크플로우를 사용하여 분석한 결과를 확인 할 수 있습니다. >Find the application note here
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[뉴스레터] Ingenuity, Ingenuity Pathway Analysis (IPA®), 3월 Webinar Series 소식 조회 1041 Register for our Upcoming IPA Webinar Series Starting Early March!웹세미나 일정안내안녕하세요. 생물정보 컨설팅 전문기업 ㈜인실리코젠입니다.Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 이용고객 여러분께 IPA webinar 일정 안내 드립니다.3월 한달동안 QIAGEN 전문가인 Dr. Lynne Mullen 과 Dr. Jasmin Droege가 IPA (Ingenuity Pathway Analysis)를 소개하는 웨비나 시리즈를 미국과 유럽에서 진행합니다. 이 웨비나는 실험데이터를 업로드하고 결과를 해석하고 RNA-Seq 분석을 할때 유용한 팁과 방법들을 소개합니다.
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[뉴스레터] Elsevier, Pathway Studio, 2월 뉴스레터 조회 941 Pathway Studio 의 2월 소식을 전해드립니다. Webinar - Immunology & Cancer Research에 대한 Cell-Centered Database 웨비나Product news - 새로운 Pathway User Interface (UI)는 연구자들이 갖는 생물학적 질문의 답을 빨리 찾아 연구 진행을 도와줍니다. Use Case - 샌프란시스코에서 열리는 Molecular Med TRI-CON 2016에 대한 뉴스 > WebinarsImmunology와 Cancer Research에 대한 Cell-Centered Dabase 소개 Dr.Maria Skrob는 Immunology와 Cancer Research (CellEffect™)에 대한 Pathway Studio의 Cell-Centered Database를 공개했습니다. 질병에 의한 세포 메커니즘을 결정하는 것은 질병 원인과 진행, 결과를 예측, 새로운 치료법을 개발하고 이해하는데 매우 중요합니다. 2016년 2월26일, 금요일 12:00 AM - 1:00 AM (한국시간)>>> 등록 바로 가기 > Product News새로운 Pathway Studio 사용자 인터페이스(UI)는 생물학적 질문의 답을 빠르게 탐색할 수 있도록 도와줍니다. 업데이트된 사용자 인터페이스는 패스웨이를 그리는 워크플로우가 특히 간소화 됐습니다. 특이적이고 생물학적 의미를 띄는 결과를 더 빠르게 도출할 수 있습니다.사용자 테스트에 기반하여, 새로운 Patwhay Studio Web은 통상적인 분석이 30배 이상 빨라졌습니다. 새로운 Network Builder는 필터링 기능과 short cuts 기능을 매우 쉽게 이용할 수 있게 합니다.초보 사용자가 만족할 수 있을만큼 쉽게 디자인하였고, 파워 사용자들을 위해 고급 필터 옵셥을 제공합니다.게다가 쉽게 사용할 수 있는 Basic 기능과 고급 필터 옵션은 대용량 네트워크와 in-product pathway network building instructions로부터 더 상세한 결과를 빠르게 도출할 수 있게 되었습니다. 그리고 선택된 관심 연구분야에 대해 단계적으로 network building instructions을 제공합니다. 새롭게 추가된 기능 : 확장된 테이블을 선택적으로 내보내기개선된 레퍼런스는 summary와 ontology browser 등을 지원 더 자세히 알고 싶다면?>>> Presentation 바로 가기 > Events샌프란시스코에서 열리는 Molecular Med TRI-CON 2016 소개>>> 자세히 보기
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[뉴스레터] The Power of RNA-Seq and Sequencher 조회 1002 Sequencher 5.4.1은 간편함과 함께 강력합니다. RNA-Seq 기술의 발전은 더 디테일한 전사 발현 분석 결과를 생산할 수 있습니다. 작은 RNA도 유전자 발현과 조절에 큰 영향을 끼칠 수 있기 때문에 새로운 준비과정은 기존의 방법과 세포에서 총 RNA가 차지하고 있는 비율이 적도록 RNA에 Pol(A) tail이 있다면 고려하지 않습니다.전사체 데이터 양의 증가가 다량의 전사체들을 통계 분석을 통해 정확한 RNA-seq 분석을 제공할 수 있는 소프트웨어의 필요성을 증가시키고 있습니다. Cufflink는 광범위하고 다양한 통계 및 분석방법을 가지고 있어 가장 명성있는 RNA-Seq분석 프로그램 중 하나입니다. Broad Institute에서는 Plasmodium falciparum 말라리아 기생충의 생활사에서 조절인자와 연결되는 몇몇의 긴 non-coding RNA를 확인하는데 Cufflinks를 사용하였습니다. 연구자들은 cufflinks의 옵션들을 활용하여 52시간 성장주기를 통해서 조절되는 인자의 흔적들을 찾아 분석할 수 있도록 하였습니다. 모든 강력한 기능들은 Cufflinks가 Gene Codes사의 Sequencher DNA 분석 소프트웨어에 통합되면서 만들어졌습니다. Sequencher의 가장 큰 강점으로 Command line의 툴들을 사용자가 쉽게 사용할 수 있도록 GUI Interface를 제공하여 연구자들이 직접 몇번의 클릭만으로 좋은 퀄리티의 결과를 빠르게 얻을 수 있습니다. 적절한 예는 Cuffdiff 메뉴에 있는 ‘Conditions’와 ‘Replicates editor’입니다. 이 편집기는 Cufflinks workflow에 있어 하나의 가장 도전적인 점입니다. 이것은 쉽게 메뉴바를 하나의 단락의 명령어들 대신의 가치를 대신하여 사용할 수 있습니다. 사용자는 이러한 간단한 오류로 분석을 망치는 것에 대한 걱정을 하지 않고 replicates와 conditions을 조정할 수 있습니다. Sequencher은 거기서 멈추지 않습니다. Workflow의 끝으로 데이터 테이블을 보여주고 사용자에게 분류 및 필터링 할수 있게 원하는 결과만 선택한 후 이들을 출판물로 사용할 수 있는 퀄리티의 그래픽을 몇분만에 제공합니다. 보통은 이러한 결과를 얻기 위해서는 R 프로그래밍언어에 대한 정확한 이해와 시간이 필요합니다. 그러나 Sequencher는 간단하게 고객의 요구에 맞춘 bar chart, Volcano plot, scatter plot들을 만들 수 있습니다. 이러한 시각적인 데이터는 관심있는 유전자에 대한 데이터의 표에 접근이 빨라지고 쉬워집니다.
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