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[뉴스레터] Elsevier, Pathway Studio, Webinar 소식 조회 802 "Intro to Pathway Studio" 주제로 라이브 웨비나가 진행됩니다. Pathway Studio를 통해 새로운 약물의 타겟 또는 바이오마커를 확인하고, 규명할 수 있습니다. Pathway Studio는 생물학자들이 복잡한 생물학적 프로세스와 시스템(e.g. 질병 프로세스)을 이해할 수 있도록 도와줍니다. Pathway Studio는 질병에 관련된 생물학에 대한 이해를 도와주고, 아래와 같은 기능들을 제공합니다. - 단백질 상호작용에 대한 정보를 데이터베이스에서 검색- 실험적인 유전체와 프로테옴 데이터를 분석하고 import할 수 있음- 중요한 생물학적 프로세스의 시각적 다이어그램을 만들고 수정하고 검색함- 이러한 패스웨이에 대한 발현 데이터와 variation의 map effect를 봄이번 무료 라이브 웨비나에서 연구자들이 사용할 수 있는 Pathway Studio의 다양한 워크플로우에 대해 진행할 것입니다. <일정안내> ● 날짜: 2015년 5월 27일● 시간: 10:00pm - 11:00pm (KST) ● Registration: Click!

[뉴스레터] GeneCodes, Sequencher 5.3 News! 조회 1110 Sequencher의 새로운 RNA-Seq 기능 요즘 실험과학분야에서 핫한 이슈중 하나는 RNA-Seq의 빠른 확장입니다. 연구자들이 효율적으로 NGS장비를 사용하게 되는 것이 일조했고, RNA의 분리와 시퀀싱에 의해서 세포의 transcriptome의 정확한 정보들을 얻을 수 있게 되었습니다. 그와 함께 RNA를 다룰 때 생기는 유전자 조절의 복잡성, 스플라이스 변이의 존재와 기술적인 이슈 없이 command line툴을 사용하여 transcriptome을 알아내는 것은 힘든 작업입니다. 차등유전자발현을 연구하기 위한 가장 많이 쓰이는 RNA-Seq 툴중 하나인 Cufflinks suite가 Sequencher에 추가되었습니다. Cufflinks는 mRNA transcript의 상대적인 발현량 뿐만 아니라 스플라이싱과 RNA editing의 다른 형태를 통해 복잡한 유전자 발현을 관찰 할 수 있도록 같은 유전자에서 다른 isoform을 찾을 수 있도록 해줍니다. ITQB 연구진은 3개의 exoribonucleases(RNase II, RNase R, PNPase)에 의해 영향을 받은 E.coli에서 어떻게 안정상태의 RNA의 레벨을 확인할 수 있을지 조사하는데 cufflinks를 사용하였습니다. exoribonuclease중 하나를 knock down 시킨 배지에서 유전자 발현 데이터를 비교하는 것은 nuclease와 결합 가능한 transcript 사이의 연관관계를 찾을 수 있습니다.연구자들은 유전자 발현 knock down결과의 downstream과 몇 개의 중요한 특징을 결합했습니다. 두드러지게 영향을 받은 특징들은 세균의 병원성에 중요한 요소인 이동성과 세균막의 형성이었습니다.Cufflilnks는 non-conding RNA에서도 사용할 수 있습니다. European Heart Journal에 있는 논문에서 심장마비가 온 뒤 심장의 기능에서 특정한 역할을 하는 새로운 long non-coding RNA 수백개를 동정하는 연구를 했습니다. 관여하고 있는 lncRNA와 유전자 조절 사이의 관계를 찾는 것은 심근경색 환자들의 새로운 의학적 치료를 모색할 수 있는 돌파구가 되었습니다. 만약 cDNA의 raw 데이터로 시작하게 된다면, Sequencher로 여러분의 RNA-Seq분석에 모든 단계를 직접 수행할 수 있습니다. 첫 번째 단계는 NGS alignment에 어떤 알고리즘을 사용할 것인지 선택합니다. Sequencher는 BWA-MEM과 GSNAP를 사용하기 쉽도록 그래픽 인터페이스로 제공합니다. command line으로 사용을 원하시는 분은 또한 command로도 사용하실 수 있습니다. NGS alignment는 Cufflinks workflow에 input 파일인 SAM/BAM파일을 생성합니다. Cufflinks workflow는 세 단계로 있으며, 일반적으로 이 단계들은 대∙소문자에 민감하고 탭과 띄어쓰기가 헷갈릴 수도 있으며 축약형이나 옵션 기호가 있는 command line에서 수행합니다. Sequencher는 command line 대신 그래픽 인터페이스를 제공하여 사용하기 편리합니다. Cufflinks 프로그램은 SAM파일로부터 align된 read들을 가지고 GTF annotation file을 이용해 다시 align합니다. 이것은 다른 isoform과 transcript를 찾아줍니다. 만약 차등발현을 보고자 한다면 각 샘플에 대해 이 단계를 반복해야 합니다.다음 단계는 Cuffmerge라는 단계이며 이름대로 Cufflinks에서 나온 두 개의 transcript 파일을 하나의 transcript consensus 파일로 만들어 주는 단계입니다. 이 파일은 차등발현분석을 하는 Cuffdiff에 사용됩니다. Sequencher는 Cuffdiff에서 나오는 최종파일을 다루며 발현레벨에서 차이점을 그래픽으로 나타내줍니다. Sequencher는 command line뿐 아니라 통계프로그램언어 R에서의 사용자를 저장합니다. Sequencher는 volcano plot, scatter plot, bar chart로 그래픽을 제공합니다. volcano plot은 발현의 변화와 그와 관련한 통계를 그려 발현변화와 통계적 관련성 등에 따라 관심 있는 부분을 결정할 때 유용합니다. 각 그래프는 분석의 다른 양상을 보여주고 모든 그래프는 테이블 위에 있는 데이터로 연결되며, 그래프의 점을 클릭하면 자동적으로 그 지점에 해당하는 데이터 항목이 표시됩니다. 시퀀쳐의 NGS, RNA-Seq기능은 앞으로도 계속적으로 확장 될 계획입니다. Citations1. Trapnell C, Williams BA, Pertea G, Mortazavi A, Kwan G, Van Baren MJ, Salzberg SL, Wold BJ, Pachter L. Transcript assembly and abundance estimation from RNA-Seq reveals thousands of new transcripts and switching among isoforms. Nat Biotechnol. 2010 May; 28(5): 511-515.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3146043/?report=reader#!po=85.0000 2. Pobre V, Arraiano CM. Next generation sequencing analysis reveals that the ribonucleases RNase II, RNase R and PNPase affect bacterial motility and biofilm formation in E. coli. BMC Genomics (2015) 16:72 http://www.biomedcentral.com/content/pdf/s12864-015-1237-6.pdf3 Ounzain S, Micheletti R, Beckmann T, Schroen B, Alexanian M, Pezzuto I, Crippa S, Nemir M, Sarre A, Johnson R, Dauvillier J, Burdet F, Ibberson M, Guigó R, Xenarios I, Heymans S, Pedrazzini T. Genome-wide profiling of the cardiac transcriptome after myocardial infarction identifies novel heart-specific long non-coding RNAs. European Heart Journal (2015) 36, 353-368http://eurheartj.oxfordjournals.org/content/early/2014/04/30/eurheartj.ehu180

[릴리즈] NEBION, 2015.5 latest update 조회 853 최근에 새로운 발현 데이터를 제공하기 위해 큐레이션 작업이 진행되었습니다. Human과 Rat의 컨텐츠들을 새롭게 추가하였으며, 실험데이터로부터 큐레이션된 샘플들은 6,183개입니다. 희귀병 (주로 Behcet's disease, Barrett's esophagus)Oncology (주로 Ewing Sarcoma, Wilms tumor)Neurology (Autism, Asperger Syndrom, Rett Syndrom, Schizophrenia 등)Toxicogenomics (5,000개 이상의 rat 샘플) 지금 Genevestigator에 접속하여 새로운 데이터들을 확인해 보세요.

[뉴스레터] QIAGEN, Are you ready for new discoveries? 조회 941 QIAGEN에서 Biomedical Genomics Workbench라는 새로운 프로그램을 론칭합니다. 이 분석프로그램은 암이나 유전질환 NGS데이터에서 쉽고 정확하게 특정 시그널을 찾는 것을 도와줍니다.이 프로그램으로 여러분은 안질환인 녹내장의 새로운 물질의 발견이나 기저에 있는 메커니즘에 대해서 알 수 있고, 만약 여러분이 변이 탐색을 위한 다양한 데이터베이스에 관심이 있다면 이 프로그램에 관한 최근 webinar를 확인해보세요. 암과 유전질환 NGS데이터에서 시그널 찾기 QIAGEN의 ‘Sample-to-Insight’워크 플로우의 한 부분으로, Biomedical Genomics Workbench는 한 단계만으로 정확하고 신뢰할 수 있는 결과를 얻을 수 있습니다. >Read more 다양한 안구 질환의 새로운 통찰 망막의 transcriptome조사 및 RNA-Seq기술을 이용한 분자경로 조사는 치료 전략에 대한 새로운 길을 열어줄 것입니다. >Read more 인간 변이의 복잡성에 대한 이해 Exome 시퀀싱과 genome-wide CNV 변이 맵핑은 Stanford 연구팀이 복합병을 일으키는 새로운 물질을 발견하는데 도움을 주었습니다. >Read more NGS 변이 발견을 위한 다양한 데이터베이스의 sourcingNGS파이프라인에서 가장 어려운 단계가 무엇인가요? QIAGEN에서 제공하고 있는 수작업으로 큐레이션된 annotation 데이터베이스를 사용하고 있습니다. >Read more Webinar & SeminarSolve analysis bottlenecks and accelerate your discovery of disease-causing variantsIngenuity Variant AnalysisApril 16, 2015, 7:00 PM - 8:00 PM CEST[4월 17일 02:00 AM - 03:00 서울]Optimize ligand binding with CLC Drug Discovery WorkbenchCLC Drug Discovery WorkbenchMay 7, 2015, 4:00 PM - 5:00 PM CEST[5월 8일 12:00 AM - 01:00 AM 서울] RNA-Seq, a path to biological insightCLC Genomics WorkbenchOpen for pre-registration Lastest ReleaseIngenuity Variant AnalysisIngenuity Pathway AnalysisBiomedical Genomics WorkbenchCLC Genomics WorkbenchCLC Drug Discovery Workbench InsightQIAGEN 제품을 보고싶으시면 아래 사진을 클릭해주세요. Biomedical Genomics Workbench Biomedical Genomics Workbench는 암이나 유전적인 질병 희귀질병 데이터 분석을 위한 특화된 기능들과 결과의 validation을 위한 고급 visualization툴을 제공합니다.>Watch the video

[뉴스레터] Elsevier, Pathway Studio, Webinar 소식 조회 925 면역학과 암 연구를 위한 세포 중심적인 데이터베이스에 대한 Webinar가 열립니다. 이번 Webinar에서는 Maria Shkrob박사가 Elsevier에 의해 구축된 면역학과 암 연구를 위한 새로운 세포중심 데이터베이스 개요에 대해 발표할 것 입니다. 이 데이터베이스는 주로 면역학과 면역 기능의 세포적 측면에 포커스를 맞추고 있습니다. 그리고 이 데이터베이스는 논문에 기재된 연구현황 또는 실험데이터를 정리하고 가시화시켜서 보여줍니다. Elsevier는 자동화된 텍스트마이닝 기술을 이용하여 새로운 세포중심 데이터베이스를 개발했습니다. 데이터베이스는 24백만개가 PubMed 초록과 3백5십만개의 풀텍스트보다 더 많은 데이터가 추가되어 836,000개의 요소를 포함하고 있습니다.Webinar에서 Pathway Studio를 이용하여 분석할 수 있는 방법에 대한 워크플로우들과 데이터베이스의 개요를 다룰 것입니다. 시간 : 2015년 4월 30일 목요일, 오전 12시 – 오전 1시 (Korea Time) 2015년 4월 29일 수요일, 오전 11시 (New York Time) >>> Webinar 등록