게시판 리스트 | (주)인실리코젠-생물정보 전문기업

[뉴스레터] QIAGEN, Researchers Save Time with Ingenuity Variant Analysis 조회 1141 Rapidly identify and prioritize variants Preview Variant Analysis Now 지루한 문헌을 검색하며 후보 변이들의 우선순위를 지정하려고 할 때마다 시간을 절약할 수 있는 방법이 있지 않을까 하고 생각해 보셨을 것입니다.Variant Analysis를 사용하시면 연구자분들은 상당한 시간을 줄이실 수 있습니다. > Learn more about what customers think of Variant Analysis

[릴리즈] AgileBio, LabCollector version 5.02 조회 944 AgileBio사에서는 LabCollector LIMS의 5.02버전을 출시하였습니다. LabCollector 5.02 · 개발자와 모바일 어플리케이션을 위한 새로운 API/웹서비스 엔진· 프로젝트 코드 편집 및 전용 관리 페이지· 예산 평가에 대한 재청구 옵션과 내부 소모품, 시약 소비 관리 부분· 기록 업데이트를 위한 옵션버전 차별전략· 비밀번호를 잊었을 때, 되찾기 위한 페이지의 메뉴와 로그인 형식 디자인· 기본값 구성뿐만 아니라 사용자 정의 필드에 설정된 값을 CSV/텍스트 파일로 가져 오기("select", "multiselect" and "checkbox")· 용량과 고유한 바코드 관리 뿐 아니라 튜브/엘루컷에 대한 관리· 모든 튜브와 용량 변동 사항을 보고서로 내보낼 수 있는 새로운 도구· 모든 저장 박스의 목록과 페이지를 매기는 기능· 디스크에 대한 사용자 정의 필드 파일 30일간 무료로 Trial을 제공합니다. > www.labcollector.com

[릴리즈] BIOBASE, 2014.3 Product Release! 조회 1140 BIOBASE 사에서는 아래와 같은 내용으로 릴리즈를 하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. HGMD Professional2014.3버전이 출시되면서 3,100개 이상의 새로운 mutation들이 추가되었습니다. - PubMed ID로 batch검색-batch검색은 PubMed ID로도 검색이 가능하도록 업그레이드되었습니다. > View the complete HGMD® statistics Genome Trax곧 업그레이드될 예정입니다. 몇몇 중요한 트랙들의 내용들이 업데이트되고, OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man)트랙이 추가됩니다. > View the complete Genome Trax statistics PGMD이번 업그레이드에서 500개 이상의 새로운 variant와 8,500개 이상의 새로운 genotype-phenotype 관찰들이 추가 되었습니다. -고급 쿼리 검색PROTEOME 또한 사용하고 계시는 고객님들을 위해, ontology search 도구가 phenotype, 인종 등에 의해 variant를 검색하실 수 있도록 추가되었습니다. > View the complete PGMD™ statistics ANNOVARANNOVAR™의 최신버전은 7월 달에 발표되었습니다. 이 버전은 VCF파일을 입력하고 annotation된 VCF파일을 생성하기, 한 region에서 가능한 모든 SNV/indel을 위한 input 파일들을 생성하거나, 지놈의 coordinate를 위한 cDNA와 단백질의 역변환을 가능하게 하는 전사, UTR cDNA annotation생성 등 몇 가지 새로운 기능들을 추가하였습니다.VCF output파일에서 INFO 필드에 있는 무효한 문자들(공백, 세미콜론, 이퀄 기호)을 수정하는 등의 업데이트된 table_annovar는 7월 22일에 사용할 수 있도록 되었습니다. 이 파일은 다운로드해서 사용자의 설치 업데이트에 사용됩니다. 다음과 같이 데이터베이스 업데이트의 상당 부분이 이용 가능합니다. -2014년 9월 25일Annovar에 의해 색인된 dbnsfp의 ljb26데이터베이스가 다운로드 가능합니다. 이전 9월 15일자 다운로드는 열의 제목오류가 있어서 재 다운로드를 받아야 합니다. 또한 1000지놈 2014년 9월 버전은 커맨드에서 ‘-downdb-build hg19 1000h2014sep'로 다운로드 할 수 있습니다. 모든 인종와 민족특이적인파일을 포함합니다.(AFR,AMR,EAS,EUR,SAS) -2014년 9월 10일COSMIC 7.0과 CLINVAR 20140902(hg19, hg38) 다운로드 가능합니다. -2014년 7월 12일미리 생성된 FASTA파일이 hg38의 refGene과 knownGene에서 사용 가능합니다. ‘-downdb-webfrom annovar-buildver hg38'에서 다운받을 수 있습니다. TRANSFAC/PROTEOME분기업데이트와 추가 그리고 이번 업그레이드의 중요한 새로운 기능들을 소개합니다. -ExPlain의 F-match 알고리즘의 도입Match는 positional weight matrix를 이용하여 transcription factor binding site를 검색합니다. 새로운 F-match 알고리즘은 Match를 기반으로 하여 background set(동일조건하에서 혹은 무작위 시퀀스에서 발현변화가 없는 유전자의 프로모터) 비교하여 분석된 시퀀스의 set(다르게 발현되는 유전자나 ChIP-Seq fragment의 프로모터)에서 많이 나타나는 위치를 규명해줄 수 있습니다.또한 Predict binding sites tool이라는 분석옵션을 제공하여 분석하고자 하는 유전자의 리스트를 올릴 수 있는 기능을 제공합니다. 이 옵션이 선택되었을 경우는 선택된 유전자가 관련된 프로모터에 맵핑되고 이 프로모터 시퀀스는 분석을 위해 사용됩니다. 이 옵션은 다음의 종에서만 지원됩니다.Human, mouse, rat, A.thaliana, G. max, O.sativa. -비정렬 시퀀스에서 모티프 규명Create matrices tool에서 DECOD 알고리즘을 사용하여 정렬되지 않은 시퀀스 내에서의 모티프를 찾아주고(Huggins et al, 2011, Bioinformatics 27:2361), 규명된 모티프로부터 matrix를 만들어 줍니다. matrix가 생성이 되면 이것을 이용하여 transcription factor binding site의 시퀀스를 분석하는데 사용할 수 있습니다. -miRNA를 포함하는 확장된 Ontology검색Ontology 검색에서 면역시스템에서 발현되는 136 miRNA set, 심혈관 질병에 관련되어 있는 201miRNA 등과 같은 공통적인 특징을 공유하고 있는 mature miRNA set을 검색하는 기능이 추가되었습니다. -Pathfinder visualization tool에서의 발현 위치정보 보기mRNA, 단백질이나 miRNA가 발현되는 장기, 조직, 세포 혹은 종양에 관한 정보를 Pathfinder 캔버스에서 볼 수 있습니다. > View the complete PROTEOME™ statistics > View the complete TRANSFAC® statistics BRENDA이번 분기에 업데이트 내용이 없습니다.

[뉴스레터] CLCbio, Analyze RNA-Seq data in CLC Cancer Research Workbench 조회 1189 CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 9월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. NewsCLC Cancer Research Workbench에서 RNA-Seq 데이터 분석하기최근 업데이트된 Cancer Research Workbench를 이용하여 DNA-Seq과 RNA-Seq 데이터를 분석 할 수 있습니다.새로운 기능과 개선된 기능을 사용하고 싶으신 분은 아래의 링크를 통해 다운로드 받으실 수 있습니다. › For more info and download New variant detection toolsGenomics Workbench와 Cancer Research Workbench에서 variant를 탐지하는 새로운 도구 Basic, Fixed Ploidy, Low Frequency Variant Detection을 추가하였습니다.Low Frequency Detection 도구는 암샘플 같은 여러 조직이 섞여있는 샘플의 분석에 적합합니다. > Read more about the three tools Making big data accessibleAyasdi와 함께 CLC bio사는 크고 복잡한 데이터를 간단하고 작은 데이터로 바꿀 때의 문제점을 풀기 위해 한걸음 나아갔습니다.CLC bio사는 지금 Ayadi Cure 응용프로그램과 생물정보학 솔루션의 완벽한 통합을 제공합니다. > More info and video Science Rab25 Is a Tumor Suppressor Gene with Antiangiogenic and Anti-Invasive Activities in Esophageal Squamous Cell CarcinomaCancer Res November 15, 2012 72; 6024 doi: 10.1158/0008-5472.CAN-12-1269 Man Tong et al. 비암세포와 식도 편평세포 암(ESCC)의 임상샘플의 고처리용량(High-throughput) 전사체 시퀀스 프로파일링이 발현상 차이가 많이 나는 유전자들을 밝혔습니다. Sequencing reads은 CLC Genomics Workbench를 이용하여 human genome에 mapping 하였습니다. > Read the interesting paper Tutorial Introduction to CLC Genomics WorkbenchCLC Genomics Workbench 7.5 버전에 대한 소개자료입니다. > Watch the video

[뉴스레터] CLCbio, CLC Drug Discovery Workbench 1.5 beta release 조회 1323 CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 8월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. NewsCLC Drug Discovery Workbench 1.5 beta releaseCLC Drug Discovery Workbench는 Ligand Optimizer라는 새로운 기능이 추가되어 강력해졌습니다. 여러분이 리간드 그리고 결합부위에서 단백질타겟과 리간드의 상호작용에 대해 수정하고, 최적화시키고, 분석할 수 있습니다. > For more info and download CLC Cancer Research Workbench for tumor analysis8월 26일, 종양/정상 샘플에서 희귀한 subclonal 체세포 variant를 찾고 annotation하고, 순위를 매기기 위한 자동파이프라인에 대한 웹세미나가 개최됩니다.CLC Cancer Research Workbench를 이용하여 낮은 빈도의 체세포 variant를 어떻게 규명하는지 확인하시기 바랍니다. > More info and sign up GeneRead DNAseq Targeted Panels V2GeneRead DNAseq Targeted Panels V2는 최소 10ng의 DNA를 NGS에 앞서 유전자 셋에 더욱 집중할 수 있게 해줍니다. > Read more Science Next-Generation Sequencing of RNA and DNA Isolated from Paired Fresh-Frozen and Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Samples of Human Cancer and Normal TissuePLoS ONE 9(5): e98187. doi:10.1371/journal.pone.0098187 Hedegaard J.et al. 임상연구에 기초한 NGS에서 포르말린으로 고정시킨 파라핀 임베드 샘플의 사용 가능성을 확인해보고자 휴먼의 여섯 가지 조직의 시료를 가지고 냉동샘플과 포르말린 고정 파라핀 임베드 샘플과 혹은 둘다 이용하여 분석하였습니다. 이 분석은 CLC Assembly Cell과 Genomics Server, Command Line Tools 그리고 Genomics Workbench로 수행되었습니다. > Read the interesting paper Tutorial New features in CLC Drug Discovery Workbench 1.5CLC Drug Discovery Workbench 1.5 베타버전의 새로운 기능과 개선된 기능에 대한 튜토리얼입니다. > Watch the video