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게시판 리스트
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[릴리즈] BIOBASE, the Summer 2014.2 Product Release! 조회 1053 BIOBASE 사에서는 아래와 같은 내용으로 릴리즈를 하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. HGMD 2014.2에서 4500개 이상의 새로운 mutation을 제공합니다.그 외에 추가기능들은 아래와 같습니다. - 파일업로드를 통한 batch search 가능. Batch 검색은 현재 한 줄에 하나의 term이나 identifier를 검색하던 기존의 방법과 함께 파일을 업로드 할 수 있는 기능이 추가되었고, 탭으로 구분된 파일은 VCF 포맷으로 사용하여야 합니다. > View the complete HGMD® statistics Genome Trax몇 개의 주요한 트랙들을 업데이트 하고, 분석결과 알람을 이메일로 알려주는 기능이 추가될 예정입니다.브라우저에 자동적으로 분석결과가 나올 때 까지 기다리지 않고, 이메일로 알람을 받고 분석결과가 준비되었을 때, Genome Trax로 들어가 확인하실 수 있으며, 결과는 일시적으로 5일 동안 저장됩니다. > View the complete Genome Trax statistics PGMD추가적인 pharmacogenomic variant가 포함되었습니다. > View the complete PGMD™ statistics ANNOVAR다운로드용으로 CLINVAR DB의 수정판이 만들어졌습니다.수정내용은 아래와 같습니다.2014/04/30CLINVAR DB(clinvar_20140303 / clinvar_20140211 / clinvar_20131105)는 하나의 mutation이 여러 번 중요하게 annotation될 때 한 번만 표시되는 버그를 해결했습니다.따라서 DB를 재 다운로드 받으시길 바랍니다. TRANSFAC/PROTEOME데이터가 업데이트 되었습니다. > View the complete PROTEOME™ statistics> View the complete TRANSFAC® statistics BRENDA데이터가 업데이트 되었습니다.
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[릴리즈] LabCollector New addon WORKFLOW Manager 조회 875 AgileBio사에서는 아래와 같은 내용으로 LabCollector의 새로운 Addon 기능을 릴리즈 하였습니다. New addon of LabCollector · Workflow 그래픽 디자이너와 Workflow templates 작업의 다양한 형태로 생성· Workflow template logic 에 기반한 작업 시작· 사용자들에게 단계 할당· 사용자에 의해 Filter 가능· 유효성 검사를 적용 가능· gantt view를 통해서 작업일정 관리· 단계별로 데이터를 저장하기 위해 모든 단계는 프로젝트 작업 관리 시스템 모듈에 연결· 복합적인 branche가 가능 > LabCollector 홈페이지로 이동
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[뉴스레터] BIOBASE, Access HGMD® Data via Ingenuity® Variant Analysis™ 조회 1031 BIOBASE 사에서는 아래와 같은 내용으로 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. HGMD® is now integrated into QIAGEN's Ingenuity® Variant Analysis™Ingenuity의 Variant Analysis 어플리케이션이 BIOBASE사의 콘텐츠로 통합되었습니다. 이는 임상연구자들에게 유전자 variant와 질병의 표현형에 관련하여 매우 포괄적이고 고품질, 최신식 기술을 제공할 것입니다. HGMD users, welcome to Variant Analysis!Ingenuity Variant Analysis는 sequencing data에 대한 이해를 가능하게 해줄 종합적인 소스를 제공합니다.HGMD 사용자는 무료 Trio activation code를 등록할 수 있습니다. > Register for your free Trio activation code For Variant Analysis usersHGMD 사용자는 다음 주 일주일 동안 Variant Analysis를 사용해 볼 수 있습니다.이는 sequencing data를 이해하기 위한 통합적인 리소스를 제공합니다. > Preview Variant Analysis with HGMDHGMD users, welcome to Variant Analysis!
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[뉴스레터] Biomax Informatics AG 조회 1031 Biomax 사에서는 아래와 같은 내용으로 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. Applications Using KNIME to organize the next-generation sequencing data pipelineKNIME와 같은 워크플로우 관리시스템으로 NGS 데이터를 이용한 생물정보학 워크플로우가 가능해졌습니다. > Read more Biomax provides genome-wide sequence analysis of microbes with easy-access toolPedant™ Genome Analysis online service를 이용하여 몇 시간안에 새로운 분류, 분류학적 그룹을 식별하고 포괄적인 genome sequence 분석이 가능합니다. > Read more NewsSecond biannual Biomax symposium : Translating systems medicine into practiceCASyM과 함께 개최한 Biomax symposium의 도전과제는 'systems medicine'을 이해하고 실천하는 것입니다.2014년 9월 5일 개최되는 이 symposium에 참여하세요. > Learn more Customer KWS Saat extends software license agreement and explains whyKWS는 70개국에서 4400명 이상의 직원이 근무를 하고 있는 세계적으로 선두에 선 식물 재배 회사입니다.이들은 Pedant-Pro 소프트웨어를 사용하고 있으며, 이 소프트웨어는 cDNA sequence와 균류의 유전자, 식물의 structural annotation을 위한 생물정보 플랫폼의 중요한 요소 중 하나라고 언급했습니다. > Read the press release
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[뉴스레터] CLCbio, Successful cancer software launch 조회 1174 CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 5월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. NewsSuccessful cancer software launch at AACR지난 4월 8일, cancer에 포커싱된 CLC Cancer Research Workbench가 AACR(American Association for Cancer Research)에서 성공적으로 출시 되었습니다. > Read more and watch the video RNA-seq compared to whole exome sequencingCLC Cancer Research Workbench를 통해 transcriptome과 whole exome sequencing의 variant calling을 비교할 수 있습니다.Workbench는 mapping, variant calling, filtering, annotation을 위한 알고리즘이 포함된 유용한 workflow를 제공합니다. > Read more here ScienceComparison of three next-generation sequencing platforms for metagenomic sequencing and identification of pathogens in bloodBMC Genomics 2014, 15:96 doi:10.1186/1471-2164-15-96 Frey et al. 최근 병원균을 동정할 수 있는 능력을 가진 세 가지 sequencer를 비교하는 연구가 진행되었습니다.Reche 454 Titanium, MiSeq, Ion Torrent platforms 모두 병원균을 탐지할 수 있지만 read length, depth, speed 면에서는 서로 다른 결과를 보여주었습니다. 이 연구에서 CLC Genomics Workbench가 read mapping을 위해 사용되었습니다. > Read the interesting paper TutorialJoin Contigs in CLC Microbial Genome Finishing ModuleJoin Contigs tool에서 long reads scaffolding option에 대한 튜토리얼입니다. > Watch the video
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