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[릴리즈] CLCbio, Announcing CLC Cancer Research Workbench 조회 1172 CLCbio사에서는 CLC Cancer Research Workbench를 출시 할 예정입니다. Announcing CLC Cancer Research Workbench새롭게 출시될 CLC Cancer Research Workbench는 암 관련 분석에 초점을 맞춘 사용자 편의적 informatics solution입니다. 사용하기 편리하도록 암 관련 분석 workflows 제공할 뿐 아니라, 기존의 workflows를 사용자의 필요성에 따라 변경하여 사용이 가능합니다. Intuitive and user-friendly진보된 resequencing tools과 직관적인 그래픽 사용자 인터페이스가 결합된 CLC Cancer Research Workbench는 빠르고 정확한 NGS데이터 분석 능력을 제공합니다. The new workbench provides you with the tools to • discover prognostic markers • identify subclonal somatic mutations • detect inherited traits • find biomarkers for drug response • determine new oncogenes 또한, 모든 결과값은 filtering, visualization, 관련 데이터베이스와의 비교 분석이 가능합니다. > More information about CLC Cancer Research Workbench
[뉴스레터] CLCbio, CLC Genomics Workbench 7.0 is here - Announcing cancer specific workbench 조회 1186 CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 2월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. News CLC Genomics Workbench 7.0 is here2014년 2월 12일, CLC Genomics Workbench 7.0버전이 릴리즈 되었습니다. 새로운 버전이 출시되면서 multi-sample RNA-Seq visualization등 다양한 기능들이 향상되고 추가되었습니다. 자세한 내용은 아래의 링크로 이동하시면 확인할 수 있으며, 관련 내용을 게시판에도 올릴 예정입니다. > More info here New cancer-focused workbenchAGBT에서 CLCbio사는 4월에 출시할 예정인 CLC Cancer Research Workbench를 발표할 예정입니다. CLC Cancer Research Workbench는 사용자편의적인 분석을 진행할 수 있도록 구성된 cancer-focused informatics solution입니다. > Read more and register for our workshop Automated scaffolding with PacBio readsCLC Microbial Genome Finishing Module의 새로운 버전이 릴리즈 되면서 uncorrected PacBio reads와 같은 long reads를 사용하여 자동으로 contigs를 scaffolding하는 기능을 지원합니다. 또한, PacBio의 HDF5 포맷의 reads도 지원합니다. > More about the release ScienceWhole-Genome Sequencing of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Cubana Strains Isolated from Agricultural SourcesGenomeAnnounc. 2(1):e01184-13. doi:10.1128/genomeA.01184-13 Benahmed FH, et al. Salmonella enterica의 아종인 enterica serovar Cubana strain CVM42234와 strain 76814을 병아리와 돼지에서 각각 분리하였습니다. Strain CVM42234 DNA는 QIAcube를 통해 추출하였고, CLCGenomics Workbench를 이용하여 paired-end sequencing reads의 trimming 및 de novo assembly를 진행하였습니다. > Read the interesting paper TutorialJoin Contigs in CLC Microbial Genome Finishing ModuleJoin Contigs tool의 long reads scaffolding 옵션에 관한 튜토리얼 동영상입니다. > Wathch the video Last Improvements New release> CLC Genomics Workbench 7.0 > CLC Genomics Server 6.0> CLC Main Workbench 7.0> CLC Drug Discovery Workbench 1.0> CLC Microbial Genome Finishing Module 1.3> Memory efficient read mapper
[뉴스레터] CLCbio, CLC bio and Korilog release KLAST plugin 조회 1214 CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 1월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. NewsKLAST plugins accelerates sequence similarity searchKLAST 플러그인은 서열 유사성 검색을 BLAST search 보다 25배 더 빠른 속도로 진행합니다. 2014년 1월에 CLC Genomics Workbench를 구매하시면 4코어 환경에서 사용하실 수 있는 KLAST 플러그인의 1년 라이선스를 제공해드립니다. > Read the press release The annual 2013 NGS survey results are in...NGS 시장에 관한 2013년도 설문조사를 진행한 결과, 231명의 응답자가 있었습니다. 설문조사는 NGS 시장의 주요 연구분야, application, open source 등에 관한 항목으로 진행을 하였습니다. 결과는 블로그 및 아래 링크 주소를 통해 확인하실 수 있습니다. > Read more Beta release of significantly improved read mapperCLC read mapper의 새로운 버전이 릴리즈 되어, 베타버전을 이용하실 수 있습니다. 새로운 버전으로 업데이트 되면서, 메모리 소비량이 줄어들어 4GB의 적은 메모리를 이용하여 human genome 대상으로 reads를 맵핑하는 것이 가능해졌습니다. 또한, read mapper의 속도가 향상되었습니다. 현재, CLC Genomics Workbench 프로그램의 7.0 베타버전을 통해 플러그인을 다운 받아 사용하실 수 있습니다. > Learn more Science Identification of genetic markers linked to anthracnose resistance in sorghum using associated analysisHari D. Upadhyaya et al., Theoretical and Applied Genetics, Volume 126, Issue 6, pp 1649-1657. 탄저병 저항성과 관련 있는 마커를 확인하기 위해 242 accessions의 수수 mini-core collection을 가지고 association mapping을 수행하였습니다. CLC Genomics Workbench를 사용하여 raw sequences를 수수 지놈에 대하여 align하고 SNPs 분석을 수행하였습니다. 확인된 유전자와 마커는 수수의 탄저병 저항성을 향상시키기 위해 사용될 수 있을 것으로 예상됩니다. > Read the interesting paper Tutorial Beta release of Genomics Workbench 7.0새롭게 릴리즈 된 CLC Genomics Workbench 7.0 베타버전의 기능들을 소개한 동영상입니다. > Watch the video
[릴리즈] CLCbio, CLCbio and Korilog release KLAST software plug-in for fast, accurate sequence similarity search in next-generation sequencing 조회 1353 CLCbio사에서는 CLC Main Workbench 및 CLC Genomics Workbench에서 사용가능한 KLAST 플러그인을 릴리즈 하였습니다. • KLAST가 CLC Workbench의 플러그인으로 릴리즈 되어 기존 BLAST와 비교하여 25배 더 빠르게 분석을 수행할 수 있습니다. • CLC Genomics Workbench를 구매하시면 KLAST(4 core) 플러그인을 무료로 제공해드립니다. CLCbio사에서는 Korilog사와의 협력을 통해 CLC Genomics Workbench와 CLC Main Workbench의 플러그인으로 KLAST를 릴리즈하였습니다. KLAST는 서열간의 유사성을 비교 검색하는 툴로써, BMC Bioinformatics에서 만든 PLAST 알고리즘의 실행속도를 최적화 하였습니다. KLAST는 현재의 standard BLAST와 유사한 정확성을 가지면서 25배 더 빠른 속도를 제공하며, 단일수행으로 sequence databanks의 두 개의 large sets 비교 분석을 지원합니다. CLCbio사의 Mikael Flensborg는 “KLAST 플러그인이 CLC Genomics Workbench로 통합되어 대용량 데이터에 대한 염기서열 유사성 비교분석을 보다 빠르게 진행 할 수 있습니다. KLAST는 사용자에게 신속성, 정확성을 가지고 그들의 연구를 수행할 수 있도록 지원할 뿐 아니라 사용자에게 친숙한 그래픽 인터페이스를 제공합니다.” 라고 말했습니다. Korilog사의 Patrick Durand는 “CLCbio사의 시장을 주도하는 bioinformatics platform과 함께 하게 되어 매우 기쁩니다. KLAST가 매우 짧은 기간동안 사용가능 했음에도 불구하고, 많은 연구자들이 NGS applications에 대한 새로운 tool(KLAST)를 사용을 했습니다. 사용자들이 더 많은 옵션을 이용할 수 있도록 지원할 수 있기를 기대하고 있습니다.” KLAST의 logic은 BLAST와 다르며, multi-threading과 SSE instructions를 이용한 비교분석법을 통해 BLAST보다 더욱 높은 분석력을 지원합니다. > KLAST 소개 및 다운로드
[업그레이드] CLCbio, Beta releases of Genomics Workbench 7.0 and Genomics Server 6.0 조회 1108 CLCbio에서는 아래와 같은 내용으로 베타버전을 릴리즈 하였습니다. CLC Genomics Workbench 7.0 New features and improvements • RNA-Seq on tracks : 많이 사용되고 있는 RNA-Seq Analysis tool이 새로운 differential expression analysis를 위한 statistical tools과 함께 업데이트되어 RNA-Seq을 연구하는 사람들에게 유용하게 사용될 것입니다. RNA-Seq Analysis의 결과값은 tracks을 기본으로 하여 tracks, expression values, fusion genes을 포함하고 있습니다. 다른 샘플의 tracks을 하나의 track list에 나타낼 수 있으며, 샘플간의 비교를 비주얼하게 확인할 수 있음Gene-level과 transcript-level의 expression results는 각각 다른 tracks에 결과값으로 나타나며, visualization을 위해 함께 사용이 가능“Relative RPKM'이라고 하는 새로운 column이 transcript-level expression track에 추가되어 gene에 대한 alternative transcripts의 relative expression을 확인하는데 사용할 수 있음새로운 expressions tracks을 기본으로 하는 experiments는 read mappings, annotations과 함께 track list 브라우징 지원gene regions 뿐 아니라 전체 genome에 대하여 reads를 mapping하는 것이 가능함CLC Genomics Workbench 6.5 버전에서 포함되었던 read mapping 알고리즘이 RNA-Seq에서도 지원. 이를 통해 보다 빠르게 mapping을 진행할 수 있음. 최신의 annotation sets을 이용한 human 데이터 분석의 경우, 최소 16GB의 RAM을 필요로 하며, 24GB의 RAM을 사용할 것을 추천. 만약 문제가 발생할 경우, 플러그인을 통해 구 버전의 RNA-Seq Analysis tool을 사용할 것을 추천.Tracks을 사용하고 reference annotations를 조절하는데 편리하도록 wizard를 새롭게 구성Fusion genes table이 annotation track으로 변경되어 track list에서 read mappings을 브라우징 하는데 사용될 수 있음Expression tracks의 expression values로 variant tracks을 annotation 할 수 있음● New statistical testbased on EdgeR:Differential expression의 statistical analysis를 위한 tool이 확장되어 ‘Exact Test'을 포함. 테스트는 그룹을 pair로 비교하는 곳에 적용하여 사용이 가능하며 TMM normalizationdmf 수행함. ● New functionality for phylogenetic treesPhylogenetic trees를 이용한 분석을 위해 강화된 뷰어기능. 뷰어를 통해 사용자는 빠르게 high-quality, publication-ready figures를 확인할 수 있음Trees의 크기가 큰 경우에는, 다른 줌 기능을 이용하여 확인이 가능하며 전체 tree 구조를 미니맵을 통해 확인할 수 있음. 2가지의 tree layout 지원(circular layouts, radial layouts)Phylogenetic trees에서 nodes와 관련된 메타데이터의 importing, editing, visualization 지원K-mers를 기본으로 phylogenetic trees를 reconstruct하기 위한 tool. 입력 서열의 multiple alignment를 구성하기 위한 복잡한 과정을 피할 수 있음. K-mer based reconstruction tool은 특히 whole genome phylogenetic reconstruction에 매우 유용함Different substitution models의 statistic evaluation을 수행하기 위한 tool은 maximum likelihood tree construction이 사용됨. 이 tool의 결과값은 phylogenetic trees를 구성할 때, 추천하는 세팅을 나타냄.Distance based methods를 이용하여 trees를 생성할 때, Kimura 80 substitution model을 이용할 수 있는 옵션이 추가됨Distance-based tree reconstruction methods는 Jukes-Cantor substitution model 또는 Kimura protein ML distance estimate를 이용하여 trees를 그릴 수 있음Defined start tree를 ML inference tool을 통해 지원 가능● Complete redesign of the graphical user interface including :새로운 tool bar 사용법새로운 로고, 색, splash screen새로운 background graphics새롭게 구성된 tool bar새로운 tab 디자인● New concept for Side Panels and Views:Support for multiple screens : 화면의 탭을 드래그 하여 다른 스크린으로 이동가능Side Panels의 구성과 순서를 변경하여 사용가능Palettes를 화면에서 제거 및 위치 변경 가능Navigation Area와 Toolbox 축소 가능● Zoom tools redesign:Zoom tool이 재구성됨Zoom slider가 화면 확대 상태를 나타냄 가. Detailed zoom은 화면 확대 및 축소를 zoom slider를 드래그 하거나 커서를 움직여서 사용가능 나. Track views에서 zoom to selection button 지원 ● Navigation Area에서 데이터를 복사하는 속도가 빨라지고 더 적은 메모리를 사용함. ● Tracks:dbSNP와 같은 큰 reference database를 사용할 때, Annotate with known variants와 Filter against Known Variants tool의 속도가 향상됨Table filtering of tracks : Region column에서 filtering을 할 때, "Overlap"과 "doesn't overlap" 사용이 불가능함.Track lists에서 variant tracks에 대한 tooltips에서 track의 variant number 정보 제공Identify Graph Threshold Areas tool에서 평균보다 높은 reads에서 intervals 확인이 가능함. "Identify Graph Threshold Areas" wizard의 "window-size" parameter 설정을 통해 가능.이전에는 VCF 파일과 UCSC에서 variants를 importing 할 때, 작은 수의 variants가 무시되는 경향이 있었지만 이번 업그레이드를 통해 variants가 trimming 되고 올바르게 importing 됨. Download Reference Genome Data tool에서도 동일하게 적용됨 ● Workflows :동일한 reference 데이터를 multiple elements에 한번에 적용 가능Workflows 안에 workflow를 포함할 수 있음. Inner workflow는 단일 elements로 unfolded 됨.Elements를 확인하는 동안 creator를 이용하여 parameters 이름을 다시 설정할 수 있음Invalid/unknown elements가 포함되어 있는 workflows가 보다 명확해짐Workflow의 크기를 정확하게 나타내기 위해 editor 안에 rulers를 넣을 수 있는 옵션을 Sidepanel에 추가 함.Workflow의 Fit Width 화면 보기 설정 지원Sidepanel에 "Minimap" section이 추가되어 전체 workflow를 한눈에 확인 가능함.Sidepanel을 통해 workflow의 디자인 변경 가능Workflows의 parameters를 확인 할 때 향상된 validation최소 2개 이상의 tools에서 입력값을 받을 경우, target element의 입력값 또는 connections의 context 메뉴를 통해 정렬 됨Workflow에서 결과값의 이름을 설정할 수 있음.Workflow의 parameters는 wizard를 통해 다양한 포맷으로 export 가능이전에는 전체 element를 삭제하고 다시 추가하여야 Reference parameter를 다시 설정 할 수 있었지만 지금은 바로 변경 가능설치된 workflows의 알파벳 배열 지원Workflow의 graphics export시 전체 화면 또는 현재 화면으로 가능.cpw 파일을 workflow manager로 드래그하여 설치 가능Editor에서 larger workflows에 대한 속도가 향상됨New tools that are now workflow-enabled : 가. Create Track List 나. Annotate with Flaking Sequences 다. Convert from Tracks 라. All tools in Statistical Tests 마. RNA-Seq Analysis ● 3D structure viewers :Property viewer : Side panel에 추가된 새로운 tab. 마우스포인터에서 atom에 대한 상세한 정보를 나타냄. 여러 개의 atom이 선택될 경우 거리, 각도, 이면각에 대한 정보를 제공. Project Tree에서 molecule이 선택 된 경우, molecule과 연관된 meta-data 정보를 제공.Issues List : Molecule structures 및 chemistry representation과 연관된 issues는 Molecule Projects의 Issue List view에 나열됨. Split-view with 3D viewer의 화면으로 확인할 때, 선택된 issue는 3D view에서 확대되어 나타남.General improvements to the PDB importerProject Tree에서 entry를 더블클릭하면 molecule 또는 atom group을 zoom-to-fit 되어 화면에 나타남.Atoms을 선택하면, atom context는 3D view에 나타나며, 선택된 부분에 대한 atom group을 생성할 수 있음.● Amino acid changes:Longest transcript에 대한 아미노산 변화를 reporting 하는 두 개의 새로운 columns가 추가됨.Transcript가 안쪽에 위치하고 있으면, coding regions의 variants up-and downstream이 DNA position으로 annotation 됨. 이러한 내용이 report 되려면, amino acid changes tool이 mRNA track으로 제공되어야 함.● Extract consensus sequence가 consensus sequence와 reference sequence에서 annotation을 copy하는 것이 가능함 ● Mapping에서 consensus sequence를 뽑아낼 때, conflict 및 low coverage annotations가 reference의 position에 포함됨 ● Read mappings을 coverage, nucleotide insertions/deletions와 같은 상세한 per-base information을 포함하여 tabular file로 export 가능 ● fasta 포맷으로 export할 때, trimming 된 영역 삭제 옵션 지원 ● Secondary peak calling 기능이 향상됨 : Distinct peak shape이 나타나는 peaks와 동일한 간격에서 나타나는 peaks만을 검색. 또한, trim annotations를 고려하여 trimming이 된 영역에서는 peaks를 검색하지 않음 ● Advanced table filter에 "starts with"와 "contains" 옵션이 추가됨 ● Excel 2010 files로 exporting시 발생했던 한계점 제거됨여러 개의 tables가 하나의 엑셀 파일로 exportingReports가 엑셀 파일로 exportingHyperlinks가 엑셀 파일에서도 유지됨● SignalP prediction가 업데이트되어 server-, batch-, workflow에서 지원 ● Folder contents view : Subfolders에 아이템의 개수 표시 ● Policy settings을 통해 "Download Reference Genome" tool의 사용을 컨트롤 할 수 있음 ● Assemble Sequences tool에서 입력값으로 sequence lists 지원 ● REBASE restriction enzyme list가 310버전으로 업데이트 됨 Bug fixes● Workflows :Editor에서 "FitWidth" 대신 "100%" zooming이 활성화 됨추가되거나 연결된 elements는 연결하고 추가된 곳 근처에 배치됨Workflow output을 추가하는 것은 불가능함화면 하단에 위치한 화면확대 아이콘에서 마우스 우클릭을 통해 마우스 커서 설정 변경Server에서 실행하는 경우와 workbench에서 실행하는 경우의 workflow log information이 동일하게 지원됨Editor에서 elements를 확인할 때, "Reset to CLC Standards" 버튼이 지원되며 parameters의 default values가 다시 재설정 됨.서버의 로그가 실행되어 workflow가 언제 취소 되었는지 상태를 나타냄.추가 입력값을 제공하는 workflow의 elements의 경우에는 batch 기능 지원 안됨● 데이터를 experiments에 추가할 때, 발생했던 오류를 수정 ● Track visualization : 다양한 오류를 수정 ● Extract consensus sequence tool의 다양한 오류를 수정 ● 많은 chromosomes을 포함하는 tracks의 경우 extra dis space를 차지했던 오류를 수정 ● Detailed mapping report를 생성하라 때 발생했던 오류를 수정 ● Ambiguous nucleotides 올바르게 translation 되지 않았던 오류를 수정하여, 아미노산으로 translation 되는 부분만 protein으로 나타냄. Stop codon은 proteion sequence에서 X로 나타남. Changes● Multiplexing"Process Tagged Sequence"가 “Demultiplex Reads"로 이름이 변경되었으며, NGS Core Tools 폴더 아래에 위치하고 있음"Sort Sequences by Name"이 Sequencing Data Analysis 폴더 아래로 이동함● De novo assembly legacy 플러그인 지원이 중단 됨 ● Motif search : Motif search를 통해 만들어진 annotation은 "Region"이 아닌 "Motif" type으로 지정됨 ● Toolbar의 "Download" 아래에 위치한 "Download Genome" tool이 “Download Reference Genome" tool로 이름이 변경됨 ● "Import" 툴바의 "Fasta" importer가 "Fasta Read Files"로 이름이 변경됨. "Fasta Read Files"는 옵션을 통해 read name까지 포함하여 import 할 수 있음 CLC Main Workbench 7.0 New features and improvements● New functionality for phylogenetic treesPhylogenetic trees를 이용한 분석을 위해 강화된 뷰어기능. 뷰어를 통해 사용자는 빠르게 high-quality, publication-ready figures를 확인할 수 있음Trees의 크기가 큰 경우에는, 다른 줌 기능을 이용하여 확인이 가능하며 전체 tree 구조를 미니맵을 통해 확인할 수 있음. 2가지의 tree layout 지원(circular layouts, radial layouts)Phylogenetic trees에서 nodes와 관련된 메타데이터의 importing, editing, visualization 지원K-mers를 기본으로 phylogenetic trees를 reconstruct하기 위한 tool. 입력 서열의 multiple alignment를 구성하기 위한 복잡한 과정을 피할 수 있음. K-mer based reconstruction tool은 특히 whole genome phylogenetic reconstruction에 매우 유용함Different substitution models의 statistic evaluation을 수행하기 위한 tool은 maximum likelihood tree construction이 사용됨. 이 tool의 결과값은 phylogenetic trees를 구성할 때, 추천하는 세팅을 나타냄.Distance based methods를 이용하여 trees를 생성할 때, Kimura 80 substitution model을 이용할 수 있는 옵션이 추가됨Distance-based tree reconstruction methods는 Jukes-Cantor substitution model 또는 Kimura protein ML distance estimate를 이용하여 trees를 그릴 수 있음Defined start tree를 ML inference tool을 통해 지원 가능● Complete redesign of the graphical user interface including :새로운 tool bar 사용법새로운 로고, 색, splash screen새로운 background graphics새롭게 구성된 tool bar새로운 tab 디자인.● New concept for Side Panels and Views:Support for multiple screens : 화면의 탭을 드래그 하여 다른 스크린으로 이동가능Side Panels의 구성과 순서를 변경하여 사용가능Palettes를 화면에서 제거 및 위치 변경 가능Navigation Area와 Toolbox 축소 가능● Zoom tools redesign:Zoom tool이 재구성됨Zoom slider가 화면 확대 상태를 나타냄 가. Detailed zoom은 화면 확대 및 축소를 zoom slider를 드래그 하거나 커서를 움직여서 사용가능 ● Navigation Area에서 데이터를 복사하는 속도가 빨라지고 더 적은 메모리를 사용함. ● Workflows :동일한 reference 데이터를 multiple elements에 한번에 적용 가능Workflows 안에 workflow를 포함할 수 있음. Inner workflow는 단일 elements로 unfolded 됨.Elements를 확인하는 동안 creator를 이용하여 parameters 이름을 다시 설정할 수 있음Invalid/unknown elements가 포함되어 있는 workflows가 보다 명확해짐Workflow의 크기를 정확하게 나타내기 위해 editor 안에 rulers를 넣을 수 있는 옵션을 Sidepanel에 추가 함.Workflow의 Fit Width 화면 보기 설정 지원Sidepanel에 "Minimap" section이 추가되어 전체 workflow를 한눈에 확인 가능함.Sidepanel을 통해 workflow의 디자인 변경 가능Workflows의 parameters를 확인 할 때 향상된 validation최소 2개 이상의 tools에서 입력값을 받을 경우, target element의 입력값 또는 connections의 context 메뉴를 통해 정렬 됨Workflow에서 결과값의 이름을 설정할 수 있음.Workflow의 parameters는 wizard를 통해 다양한 포맷으로 export 가능이전에는 전체 element를 삭제하고 다시 추가하여야 Reference parameter를 다시 설정 할 수 있었지만 지금은 바로 변경 가능설치된 workflows의 알파벳 배열 지원Workflow의 graphics export시 전체 화면 또는 현재 화면으로 가능.cpw 파일을 workflow manager로 드래그하여 설치 가능Editor에서 larger workflows에 대한 속도가 향상됨New tools that are now workflow-enabled : 가. All tools in Statistical Tests ● 3D structure viewers :Property viewer : Side panel에 추가된 새로운 tab. 마우스포인터에서 atom에 대한 상세한 정보를 나타냄. 여러 개의 atom이 선택될 경우 거리, 각도, 이면각에 대한 정보를 제공. Project Tree에서 molecule이 선택 된 경우, molecule과 연관된 meta-data 정보를 제공Issues List : Molecule structures 및 chemistry representation과 연관된 issues는 Molecule Projects의 Issue List view에 나열됨. Split-view with 3D viewer의 화면으로 확인할 때, 선택된 issue는 3D view에서 확대되어 나타남General improvements to the PDB importerProject Tree에서 entry를 더블클릭하면 molecule 또는 atom group을 zoom-to-fit 되어 화면에 나타남Atoms을 선택하면, atom context는 3D view에 나타나며, 선택된 부분에 대한 atom group을 생성할 수 있음● Extract consensus sequence가 consensus sequence와 reference sequence에서 annotation을 copy하는 것이 가능함 ● Mapping에서 consensus sequence를 뽑아낼 때, conflict 및 low coverage annotations가 reference의 position에 포함됨 ● Read mappings을 coverage, nucleotide insertions/deletions와 같은 상세한 per-base information을 포함하여 tabular file로 export 가능 ● fasta 포맷으로 export할 때, trimming 된 영역 삭제 옵션 지원 ● Secondary peak calling 기능이 향상됨 : Distinct peak shape이 나타나는 peaks와 동일한 간격에서 나타나는 peaks만을 검색. 또한, trim annotations를 고려하여 trimming이 된 영역에서는 peaks를 검색하지 않음 ● Advanced table filter에 "starts with"와 "contains" 옵션이 추가됨 ● Excel 2010 files로 exporting시 발생했던 한계점 제거됨여러 개의 tables가 하나의 엑셀 파일로 exportingReports가 엑셀 파일로 exportingHyperlinks가 엑셀 파일에서도 유지됨● SignalP prediction가 업데이트되어 server-, batch-, workflow에서 지원 ● Folder contents view : Subfolders에 아이템의 개수 표시 ● Assemble Sequences tool에서 입력값으로 sequence lists 지원 ● REBASE restriction enzyme list가 310버전으로 업데이트 됨 Bug fixes● Workflows :Editor에서 "FitWidth" 대신 "100%" zooming이 활성화 됨추가되거나 연결된 elements는 연결하고 추가된 곳 근처에 배치됨Workflow output을 추가하는 것은 불가능함화면 하단에 위치한 화면확대 아이콘에서 마우스 우클릭을 통해 마우스 커서 설정 변경Server에서 실행하는 경우와 workbench에서 실행하는 경우의 workflow log information이 동일하게 지원됨Editor에서 elements를 확인할 때, "Reset to CLC Standards" 버튼이 지원되며 parameters의 default values가 다시 재설정 됨.서버의 로그가 실행되어 workflow가 언제 취소 되었는지 상태를 나타냄.추가 입력값을 제공하는 workflow의 elements의 경우에는 batch 기능 지원 안됨● 데이터를 experiments에 추가할 때, 발생했던 오류를 수정 ● Extract consensus sequence tool의 다양한 오류를 수정 ● Ambiguous nucleotides 올바르게 translation 되지 않았던 오류를 수정하여, 아미노산으로 translation 되는 부분만 protein으로 나타냄. Stop codon은 proteion sequence에서 X로 나타남 Changes● Multiplexing"Process Tagged Sequence"가 “Demultiplex Reads"로 이름이 변경되었으며, NGS Core Tools 폴더 아래에 위치하고 있음"Sort Sequences by Name"이 Sequencing Data Analysis 폴더 아래로 이동함● Motif search : Motif search를 통해 만들어진 annotation은 "Region"이 아닌 "Motif" type으로 지정됨 CLC Genomics Server 6.0 New server-specific features and improvements● New recycle binconcept with individual recycle bins and automatic clean-up각각의 사용자에게 individual recycle bin을 제공하여 데이터 삭제와 관련한 문제를 해결서버 관리자를 제외하고 다른 사람은 recycle bin에 접근권한이 없음서버 관리자는 모든 recycle bins을 제거할 수 있는 권한이 있음서버의 모든 recycle bins은 오래된 순서대로 100개를 초과하면 자동으로 삭제됨. User interface에서 서버 관리자가 확인 가능함Special note for customers with database locations : 새로운 서버 버전을 실행할 때, data location을 새로운 recycle bin concept data location의 automatic upgrade를 새로운 recycle bin concept으로 수행하기 위해서 user connecting to the database가 tables과 indexes를 만들기 위해 권한이 있어야함. 권한은 제일 처음 서버를 실행할 때만 필요함● Gateway cloning tools 서버에서 사용가능 ● Statistical analysis tools 서버에서 사용가능 ● Create track list 서버에서 사용가능 ● Motif search 서버에서 사용가능 ● Signal Peptide prediction 서버에서 사용가능 ● Node setupAdministration interface의 job distributions 부분에서 fields를 populating하는 것이 쉬워짐서버의 display name이 administration interface의 top graphics에 나타남Resync Job Nodes의 옵션이 help에 추가됨● Queue management with job nodes가 단순화되고 실행하기 쉽도록 구성이 변경됨Workflow jobs가 서버에서 job nodes를 사용하여 특별한 방법으로 다루어 졌었음. Workflow가 실행되면, sub-process workflow의 부분이 자동으로 queue의 윗부분에 위치하게 됨.Queue 안에서 jobs를 위아래로 움직이기 위한 버튼이 workflow를 다루는 방법과 충돌하여 없어짐● 폴더의 권한 설정 능력이 향상됨 Improvements shared with CLC Genomics Workbench● Navigation Area에서 데이터를 복사하는 속도가 빨라지고 더 적은 메모리를 사용함.● RNA-Seq on tracks : 많이 사용되고 있는 RNA-Seq Analysis tool이 새로운 differential expression analysis를 위한 statistical tools과 함께 업데이트되어 RNA-Seq을 연구하는 사람들에게 유용하게 사용될 것입니다.RNA-Seq Anlaysis의 결과값은 tracks을 기본으로 하여 tracks, expression values, fusion genes을 포함하고 있습니다. 다른 샘플의 tracks을 하나의 track list에 나타낼 수 있으며, 샘플간의 비교를 비주얼하게 확인할 수 있음Gene-level과 transcript-level의 expression results는 각각 다른 tracks에 결과값으로 나타나며, visualization을 위해 함께 사용이 가능“Relative RPKM'이라고 하는 새로운 column이 transcript-level expression track에 추가되어 gene에 대한 alternative transcripts의 relative expression을 확인하는데 사용할 수 있음새로운 expressions tracks을 기본으로 하는 experiments는 read mappings, annotations과 함께 track list 브라우징 지원gene regions 뿐 아니라 전체 genome에 대하여 reads를 mapping하는 것이 가능함CLC Genomics Workbench 6.5 버전에서 포함되었던 read mapping 알고리즘이 RNA-Seq에서도 지원. 이를 통해 보다 빠르게 mapping을 진행할 수 있음. 최신의 annotation sets을 이용한 human 데이터 분석의 경우, 최소 16GB의 RAM을 필요로 하며, 24GB의 RAM을 사용할 것을 추천. 만약 문제가 발생할 경우, 플러그인을 통해 구 버전의 RNA-Seq Analysis tool을 사용할 것을 추천.Tracks을 사용하고 reference annotations를 조절하는데 편리하도록 wizard를 새롭게 구성Fusion genes table이 annotation track으로 변경되어 track list에서 read mappings을 브라우징 하는데 사용될 수 있음Expression tracks의 expression values로 variant tracks을 annotation 할 수 있음● New statistical testbased on EdgeR:Differential expression의 statistical analysis를 위한 tool이 확장되어 ‘Exact Test'을 포함. 테스트는 그룹을 pair로 비교하는 곳에 적용하여 사용이 가능하며 TMM normalizationdmf 수행함● New functionality for phylogenetic treesK-mers를 기본으로 phylogenetic trees를 reconstruct하기 위한 tool. 입력 서열의 multiple alignment를 구성하기 위한 복잡한 과정을 피할 수 있음. K-mer based reconstruction tool은 특히 whole genome phylogenetic reconstruction에 매우 유용함Different substitution models의 statistic evaluation을 수행하기 위한 tool은 maximum likelihood tree construction이 사용됨. 이 tool의 결과값은 phylogenetic trees를 구성할 때, 추천하는 세팅을 나타냄.Distance based methods를 이용하여 trees를 생성할 때, Kimura 80 substitution model을 이용할 수 있는 옵션이 추가됨Distance-based tree reconstruction methods는 Jukes-Cantor substitution model 또는 Kimura protein ML distance estimate를 이용하여 trees를 그릴 수 있음Defined start tree를 ML inference tool을 통해 지원 가능● Tracks:dbSNP와 같은 큰 reference database를 사용할 때, Annotate with known variants와 Filter against Known Variants tool의 속도가 향상됨Table filtering of tracks : Regin column에서 filtering을 할 때, "Overlap"과 "doesn't overlap" 사용이 불가능함.Track lists에서 variant tracks에 대한 tooltips에서 track의 variant number 정보 제공Identify Graph Threshold Areas tool에서 평균보다 높은 reads에서 intervals 확인이 가능함. "Identify Graph Threshold Areas" wizard의 "window-size" parameter 설정을 통해 가능.이전에는 VCF 파일과 UCSC에서 variants를 importing 할 때, 작은 수의 variants가 무시되는 경향이 있었지만 이번 업그레이드를 통해 variants가 trimming 되고 올바르게 importing 됨. Download Reference Genome Data tool에서도 동일하게 적용됨● Workflows :동일한 reference 데이터를 multiple elements에 한번에 적용 가능Workflows 안에 workflow를 포함할 수 있음. Inner workflow는 단일 elements로 unfolded 됨.Elements를 확인하는 동안 creator를 이용하여 parameters 이름을 다시 설정할 수 있음Invalid/unknown elements가 포함되어 있는 workflows가 보다 명확해짐Workflow의 크기를 정확하게 나타내기 위해 editor 안에 rulers를 넣을 수 있는 옵션을 Sidepanel에 추가 함.Workflow의 Fit Width 화면 보기 설정 지원Sidepanel에 "Minimap" section이 추가되어 전체 workflow를 한눈에 확인 가능함.Sidepanel을 통해 workflow의 디자인 변경 가능Workflows의 parameters를 확인 할 때 향상된 validation최소 2개 이상의 tools에서 입력값을 받을 경우, target element의 입력값 또는 connections의 context 메뉴를 통해 정렬 됨Workflow에서 결과값의 이름을 설정할 수 있음.Workflow의 parameters는 wizard를 통해 다양한 포맷으로 export 가능이전에는 전체 element를 삭제하고 다시 추가하여야 Reference parameter를 다시 설정 할 수 있었지만 지금은 바로 변경 가능설치된 workflows의 알파벳 배열 지원Workflow의 graphics export시 전체 화면 또는 현재 화면으로 가능.cpw 파일을 workflow manager로 드래그하여 설치 가능Editor에서 larger workflows에 대한 속도가 향상됨New tools that are now workflow-enabled : 가. Create Track List 나. Annotate with Flaking Sequences 다. Convert from Tracks 라. All tools in Statistical Tests ● Amino acid changes:Longest transcript에 대한 아미노산 변화를 reporting 하는 두 개의 새로운 columns가 추가됨Transcript가 안쪽에 위치하고 있으면, coding regions의 variants up-and downstream이 DNA position으로 annotation 됨. 이러한 내용이 report 되려면, amino acid changes tool이 mRNA track으로 제공되어야 함● Extract consensus sequence가 consensus sequence와 reference sequence에서 annotation을 copy하는 것이 가능함 ● Mapping에서 consensus sequence를 뽑아낼 때, conflict 및 low coverage annotations가 reference의 position에 포함됨 ● Read mappings을 coverage, nucleotide insertions/deletions와 같은 상세한 per-base information을 포함하여 tabular file로 export 가능 ● fasta 포맷으로 export할 때, trimming 된 영역 삭제 옵션 지원 ● Secondary peak calling 기능이 향상됨 : Distinct peak shape이 나타나는 peaks와 동일한 간격에서 나타나는 peaks만을 검색. 또한, trim annotations를 고려하여 trimming이 된 영역에서는 peaks를 검색하지 않음 ● Excel 2010 files로 exporting시 발생했던 한계점 제거됨여러 개의 tables가 하나의 엑셀 파일로 exportingReports가 엑셀 파일로 exportingHyperlinks가 엑셀 파일에서도 유지됨● SignalP prediction가 업데이트되어 server-, batch-, workflow에서 지원 ● Assemble Sequences tool에서 입력값으로 sequence lists 지원 ● REBASE restriction enzyme list가 310버전으로 업데이트 됨 Bug fixes● 서버의 로그가 실행되어 workflow가 언제 취소되었지는지에 대한 정보를 제공함추가의 입력값을 제공하는 elements가 있는 workflow의 경우에는 batch 기능을 지원하지 않음● Extract consensus sequence tool의 다양한 오류가 수정됨 ● 많은 "Chromosomes"를 포함하는 tracks의 경우 extra disk space를 차지함 ● Creating detailed mapping report를 실행할 때 발생하는 오류가 수정됨 ● Ambiguous nucleotides 올바르게 translation 되지 않았던 오류를 수정하여, 아미노산으로 translation 되는 부분만 protein으로 나타냄. Stop codon은 proteion sequence에서 X로 나타남 Changes● De novo assembly legacy 플러그인이 더 이상 지원이 되지 않음 CLC Server command line toolsCLC Genomics Server 6.0과 CLC Server Command Line Tools 2.1이 호환됨 New tools● add_att_b_sites● bp_reaction● create_track_list● empirical_analysis_dge● gaussian_statistical_analysis● kmer_tree_construction● lr_reaction● model_testing● motif_search● proportion_based_statistical_analysis Tools that have added parameters● amino_acid_changes● --mrna-track● consensus_sequence_extraction● --keep-consensus-annotations● --transfer-reference-annotations● graph_threshold● --window-size Tools that have changed parameters● rna_seq: parameters removed● --colorspace● --downstream● --exon-discovery● --exon-discovery-min-coverage● --exon-discovery-min-length● --exon-discovery-min-reads● --expression-level● --len-fraction● --max-distance● --min-distance● --min-similarity● --mismatch● --organism● --strand-specific● --upstream● --use-annotations● rna_seq: parameters added● --auto-detect-paired-distances● --color-error-cost● --color-space● --deletion-cost● --genes● --global-alignment● --insertion-cost● --length-fraction● --mapping-type● --mismatch-cost● --mrna● --reference-type● --similarity-fraction

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