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[뉴스레터] CLCbio, CLC bio acquired by QIAGEN 조회 1536 CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 11월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. NewsCLCbio acquired by QIAGEN얼마전, CLCbio사가 QIAGEN에 합병되어 biological sample에서 molecular insights까지의 workflow를 만들어 나가려고 합니다. QIAGEN 은 GeneReader benchtop NGS Sequencer workflow를 위한 automated solutions 뿐 아니라 NGS sequencer와 함께 사용될 수 있는 “universal" product의 목록을 빠르게 만들어내고 있습니다. > More info here Recap from User Group Meeting in the U.S.10월에 6번째 User Group Meeting이 Intel과 함께 미국전역에서 열렸습니다. 많은 사용자들이 함께 지식을 공유하고 CLCbio사 소프트웨어에 대해 더 많은 정보를 얻을 수 있었던 시간이었습니다. 이에 대한 비디오를 아래에 게재 해놓았습니다. > User Group Meeting Video Pubertal onset researsch"우리는 이번 프로젝트를 통해서 2개의 새로운 SNPs를 확인하였습니다.“라고 Rigshospitalet의 Kristian Almstrup가 말했습니다. Almstrup과 그의 동료들은 longitudinal clinical measurements를 sequence data과의 상호비교를 통해 pubertal 분야에서 새로운 발견을 하였습니다. > Watch the video ScienceGene expression in the deep biosphereNature (2013) doi:10.1038/nature12230 Orsi WD, Edgcomb VP, Christman GD and Biddle JF 해수면의 microbial metabolism은 global biogeochemical cycles에 대하여 매우 중요하지만 deep biosphere activities에 대해서는 아직 많이 알려져있지 않습니다. 해 저 159미터까지의 anaerobic Peru Margin sediment에서의 첫 번째 sub-seafloor metatranscriptomes분석을 수행하기 위하여 10억개가 넘는 수많은 reads를 CLC Genomcis Workbench를 이용하여 assembly와 mapping 작업을 수행하였습니다. > Read the interesting paper TutorialWebinar recording : Introduction to Molegro Virtual DockerMolegro Virtual Docker에 관한 튜토리얼 동영상입니다. > Watch it here

[업그레이드] GeneCodes, The new Sequencher 5.2 is Available Now! 조회 1321 GeneCodes Corp. The new Sequencher 5.2 is Available Now! GeneCodes사에서 Sequencher 5.2 버전을 릴리즈 하였습니다. 지금 여기를 통하여 바로 다운 받으실 수 있습니다. Sequencher 5.2버전은 기존에 라이선스 방식이었던 Dongle key를 이용하지 않는 Dongle-free option을 제공합니다. Stand alone user의 경우에는 Dongle key를 계속 사용하도록 선택할 수도 있습니다. 이와 같이 새로운 라이선스 방식 외에도 다양한 기능들이 추가되어 Sequencher를 이용한 데이터 분석 능력이 더욱 더 향상되었습니다. NGS analysis의 경우에는, BWA-MEM 알고리즘이 GSNAP, Maq, de novo assembly tool Velvet에 추가되었습니다. 이와 같은 각각의 tool은 복잡한 커맨드라인이 아닌 직관적인 인터페이스를 Sequencher를 통해 제공하고 있습니다. 또 한 Sequencher 5.2버전에는 Sequencher Connections라고 하는 새로운 tool이 추가되었습니다. 이는 Sanger 또는 NGS의 DNA Sequence 데이터 분석을 위한 tool로써 Sequencher와 이외의 website, commmand-line executables, javascript 기반의 분석 툴을 통합하고 여러 개의 분석을 동시에 실행할 수 있어 Sequencher Connections를 통해 분석의 유연성을 높일 수 있습니다. 그리고 Sequencher Connections는 웹상에서 NCBI에 접속하여 여러 개의 다른 sequences를 BLAST할 수 있도록 지원합니다. 또한, Robert Edgar's MUSCLE multiple sequence alignment 알고리즘을 실행할 수 있습니다. 이는 Sequencher를 통해 생성된 alignment data를 JavaScript와 SVG code를 이용하여 phylogram을 생성합니다. 더 자세한 내용은 아래의 링크된 동영상을 참고하세요. > 관련 동영상 보러가기

[뉴스레터] CLCbio, Assembling the ash tree genome with UK scientists 조회 1590 CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 9월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. NewsAssembling the ash tree genome with UK scientists CLC bio사와 Queen Mary University of London의 공동연구자들은 CLC bio사의 de novo assembler를 이용한 European ash tree (Fraxinus excelsior) 의 genome assembly 결과를 발표했습니다.해당 연구자들이 구축한 reference genome은 ash dieback 질병연구의 기초자료가 될 것입니다. > More info in the official press release Integrated workflow in collaboration with BioBam 새 롭게 선보이는 통합 워크플로우는 신규 시퀀스 데이터의 기능정보 맵핑을 가능하게 하며, CLC Genomics Workbench의 Blast2GO PRO 플러그인을 이용하면 NGS 생물정보학 데이터 분석을 하나의 플랫폼에서 실시할 수 있습니다. > Read the official press release ScienceAnaerobic oxidation of methane coupled to nitrate reduction in a novel archael lineageNature 500, 567–570 (2013) doi:10.1038/nature12375 Haroon MF et al. single-cell genomic, metatranscriptomic 통합 분석 및 bioreactor 수행, 13C- 와 15N- 라벨링 실험결과는 신규 무산소 메탄친화성 계통의 ANME-2d가 독립적인 메탄의 무산소 호흡이 가능함을 밝혔습니다.이 연구에 CLC Genomics Workbench의 필터링과 어셈블리, 맵핑 기능이 사용되었습니다. 해당 결과는 ANME-2d 계통의 멤버들이 무산소 환경에서 전체 탄소 및 질소 사이클에 중요한 연결자임을 예측했습니다. > Read the interesting paper TutorialNew data modelling features in Molegro Data Modeller 이번 튜토리얼에서는 Molegro Data Modeller를 이용하여 고차원 데이터 시각화와 아웃라이어 탐지를 어떻게 하는지 확인할 수 있습니다. > Wath it here

[뉴스레터] CLCbio, Final release of Genomics Workbench 6.5 조회 1538 CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 9월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. NewsUser group meetings in October10월에 전 세계적으로 User group meetings을 개최할 예정입니다. 이를 통해 CLC Genomics Workbench 6.5에 대한 소개를 들을 수 있으며, bioinformatics community의 전문가들과 네트워크를 형성할 수 있는 기회입니다. 더 자세한 내용은 여기로 이동하시고 아래의 링크를 통하여 등록하세요. > Oct 7, Boston, MA> Oct 9, New York, NY> Oct 10, Bethesda, MD> Oct 15, Houston, Texas> Oct 16, San Diego, CA> Oct 21, Munich, Germany Final release of Genomics Workbench 6.58월 21일, CLCbio사는 CLC Genomcis Workbench 6.5 버전을 릴리즈 하였습니다. 이번 릴리즈에서는 local realignment와 detecting structural variants read mappings을 이용하여 read mappings을 조절하는 새로운 툴이 추가되었습니다. > For more information Molecular docking in Molegro Virtual Docker9월 25일에 진행 될 Molegro Virtual Docker 소개에 관한 Webinar에 참여하세요.Molegro Virtual Docker는 protein ligand interactions를 예측하기 위해 통합된 플랫폼입니다. 이번 Webinar에서는 molecules의 preparation에서부터 target protein의 potential binding sites의 determination과 ligands의 binding modes의 prediction에 대한 내용을 집중적으로 다룰 예정입니다. > Read more and sign up ScienceGenome sequences of rare, uncultured bacteria obtained by differential coverage binning of multiple metagenomesNature Biotechnology 31, 533-538 (2013) doi:10.1038/nbt.2579Albertsen et al.Deeply sequenced metagenomes에서 high-quality microbial genomes를 복구하기 위한 sequence composition-independent 접근법이 새로 소개되었습니다. 이 새로운 접근법은 uncultured microorganism의 genomes에 대한 접근성을 증대시켰으며 이는 metagenomics에 중요한 기여를 할 것입니다. 여 기서 trimming, de novo metagenome assembly, mapping reads to scaffolds, re-assembly, finishing을 수행하기 위하여 CLC Genomics Workbench와 Plugins를 사용하였습니다. > Read the interesting paper TutorialWebinar : Introduction to CLC Genomics Workbench 6.5Product Development의 director인 Søren Mønsted의 최근 webinar가 업데이트 되었습니다. > Watch it here Scientific papersCLCbio사 소프트웨어를 인용한 논문들의 리스트입니다. > Find them here Last improvementsNew releases > CLC Assembly 4.2> CLC Genomics Workbench 6.5> CLC Genomics Server> CLC Main Workbench 6.9

[뉴스레터] BIOBASE, Introducing PGMD: The PharmacoGenomic Mutation Database 조회 1569 BIOBASE NewsletterFall 2013 In this Issue • Introducing PGMD: The PharmacoGenomic Mutation Database • Online Training in September • HGMD: An Independent Comparison vs. Other Variant Resources • Presentation: Enriching protein interaction networks with transcription factor-gene interactions Introducing PGMD: The PharmacoGenomic Mutation Database맞춤의학 시대에 따른 약물유전체 돌연변이 데이터베이스(PGMD)가 완성되었습니다.BIOBASE사의 전문적인 큐레이터들은 직접 논문에서 유전형과 약물 반응 상의 유의한 상관관계가 있는 in vivo 환자연구들을 모았습니다.PGMD는 유전적 변이들이 약물에 대한 환자의 반응에 미치는 영향과 그러한 반응의 원인이 되는 변이들을 보다 정확하게 규명, 예측할 수 있도록 도와줍니다. PGMD는 연구자들이 직접 PubMed를 검색하면서 소모되는 시간과 어려움을 덜어드립니다.Linkage disequilibrium 위치, 집단 기반의 allele frequency 등의 유전형-표현형 관계 정보를 HGMD mutation과 함께 제공합니다.PGMD는 세부적인 변이정보 리포트를 쉽게 확인가능한 온라인 형태로 제공하며 개별 분석 파이프라인과 통합을 위한 다운로드 및 GenomeTrax 의 일부분으로 제공되어 직접적으로 관심 유전체에 주석정보로 활용가능합니다. PGMD는 오는 10월 보스턴(메사추세츠주)에서 열리는 ASHG 학술대회에서 공식적으로 출시될 예정입니다.BIOBASE사의 약물유전체 팀장이 현장 발표 및 시현을 보여드릴 예정입니다. 이곳을 클릭하면 ASHG 관련된 추가 정보를 얻으실 수 있습니다. Register for Online Trainings!• PROTEOME™ 9월 20일 오전 12시 > 등록하기 • TRANSFAC® 9월 27일 오전 12시 > 등록하기 HGMD: An Independent Comparison vs. Other Variant Resources 대용량 parallel 시퀀싱 기술은 정보가 넘쳐흐르게 하였습니다. 따라서 이러한 대용량 데이터를 분석하는데 있어서 보다 정확하게 유전변이-질병 사이의 관계를 정리하는 것이 중요한 이슈입니다.최근 두 개의 리뷰논문에서 이용가능한 유전변이 자료들을 비교했습니다.Peterson 외 연구진, Johnston 외 연구진들(아래 링크 참조)은 각각 HGMD와 다른 유전변이 데이터베이스들(OMIM, ClinVar, LSDB, UniProt/SwissProt)을 비교했습니다. 그들은 만장일치로 인간질병변이에 있어서 HGMD를 현존하는 가장 완성도가 높은 자료라고 결정했습니다. 추 가적으로 Johnston 외 연구진은 HGMD 보다 띄어난 변이분석에 특화된 종합적인 자료원을 만들기 위해서는 질병특화 전문성의 LSDBs, 외부데이터의 적극적인 큐레이션 역량을 지닌 ClinVar, 1000 Genomes, ESP, dbSNP 를 HGMD 에 추가 통합해야할 것이라고 언급했습니다. 이는 BIOBASE사가 Genome Trax를 만든 이유인, HGMD와 여러 종합적인 질병변이 데이터를 통합하여 유전체 분석에 있어서 보다 빠르고 효과적인 정보를 제공하려는 방향과 정확히 일치합니다. HGMD를 포함한 위 리뷰는 PubMed를 통해서 보다 자세한 내용을 확인할 수 있습니다. • Databases of genomic variation and phenotypes: existing resources and future needs, Johnston et al. Hum Mol Genet, 2013 Aug 23 • Towards Precision Medicine: Advances in Computational Approaches for the Analysis of Human Variants, Peterson et al. J Mol Biol, 2013 Aug 17 Enriching protein interaction networks with transcription factor-gene interactions using TRANSFAC®최근 독일에서 열린 ISMB 학술대회에서 막스 플랑크 노화생물학연구소의 Bianca Habermann 박사는 아래와 같은 내용으로 발표하였습니다.단백질 상호작용 또는 유전적 네트워크는 대규모 연구들로부터 데이터를 통합하는 효과적인 도구입니다.단 백질 상호작용 네트워크에 발현 값을 즉각적으로 추가하면 차등적으로 조절받는 유전자(Differentially regulated genes)를 관련 신호전달경로 등의 추가적인 연결고리를 통해서 '질병' 또는 '상태'에 특화된 네트워크를 정의할 수 있습니다.단백질 상호작용, 유전적 상호작용, 대사반응 네트워크 등의 생물 네트워크는 기본적으로 유전자 발현조절에 대한 정보가 부재합니다.따라서 이러한 네트워크를 기반한 결과들은 한계를 가질 수밖에 없습니다. BIOBASE 사는 이러한 문제점을 해결하기 위해 TRANSFAC 의 전사인자-유전자 상호작용 데이터를 단백질 상호작용 네트워크와 통합하는 방법을 제안합니다. Pathway Explorer을 통해 본 연구소에서 개발한 viPEr을 이용하면, 대용량 데이터분석에서 신호전달경로를 통합하기 위한 특정 네트워크를 찾고 그에 따른 핵심 네트워크를 동정해낼 수 있습니다. New! Video Tutorials • Creating Custom Profiles • Network Analysis • Pathfinder Visualization Tool