게시판 리스트 | (주)인실리코젠-생물정보 전문기업

[뉴스레터] CLCbio, Real-time alignment of NGS data - Beta release of Genomics Workbench 6.5 조회 1432 CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 7월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. NewsReal-time alignment of NGS dataCLC bio사와 SciEngines사가 함께 Sequence Alignment Solution을 향상시켜 NGS데이터를 가지고 real-time exact alignment가 가능하도록 만들었습니다. 연구를 진행함에 있어 많은 과학자들이 높은 분석 퀄리티를 원했지만 대부분의 컴퓨터가 단순하고 느려서 어려움이 있었습니다. CLC bio사는 RIVYERA 아키텍쳐를 통해 새로운 가능성을 열었습니다. CLC bio사의 Smith-Waterman의 새로운 기능과 RIVYERA S6-LX150의 속도 그리고 CLC bio사의 편리한 가용성과 함께 정확한 Sequence Alignment를 실시간으로 실행할 수 있도록 만들었습니다. 이제, sequences 간의 exact matches를 찾는 것이 가능해졌으며 3.0 GHz CPU thread 보다 약 3000배가 빨라졌습니다. > Read the press release Beta release of CLC Genomics Workbench 6.5새로운 버전의 CLC Genomics Workbench의 설치파일이 다운로드가 가능합니다. 이 버전에는 variant calling과 structural variation detection과 같은 새로운 기능과 여러 보완점을 포함하고 있습니다. CLC Genomics Workbench 6.5의 최종 릴리즈 날짜는 2013년 08월로 예상하고 있습니다. 주요 업데이트 내용 요약 • Local alignment for better variant calling • InDel and structural variation detection • Cool track visualization • Workflow easier to use • New 3D protein structure view • Export can now be batched, part of workflows and run on CLC Genomics Server > More info about the release> Download thd Beta version of CLC Genomics Workbench> See a full list of improvements ScienceInterpretation, Stratification and Evidence for Sequence Variants Affecting mRNA Splicing in Complete Human Genome SequencesGenomics, Proteomics & Bioinformatics, Volume 11, Issue 2, April 2013B.C. Shirley, E.J. Mucaki, T. Whitehead, P.I. Costea, P. Akan, P.K. Rogan Shannon pipeline 소프트웨어는 genome-scale mutation analysis와 mRNA splicing에 영향을 끼치는 variants의 예측을 위한 소프트웨어입니다. 이 소프트웨어는 Information analysis를 이용하여 sequence의 변화를 평가하는 전략을 가지고 있습니다. 소프트웨어는 충분히 빠른 속도로 single nucleotide variants(SNVs)를 확인하고 putative splicing mutations에 대한 annotation을 진행합니다. > Read the interesting paper TutorialBeta release of CLC Genomics WorkbenchProduct Development의 director인 Søren Mønsted가 CLC Genomics Workbench 6.5 버전에서의 새로운 특징들을 설명하였습니다. > Watch the Video Did you know?CLC bio사에서는 새로운 Phylogeny plugin(베타버전)을 릴리즈 하였습니다. Phylogeny plugin은 CLC Workbench에서 무료로 사용해보실 수 있습니다. Phylogeny module은 phylogenetic trees에 대하여 visualizing 부분을 강화하였습니다. Viewer는 사용자가 보다 빠르게 고 퀄리티의 trees figures를 생성해 내어 논문에 사용할 수 있도록 지원해드립니다. > CLC Phylogeny module Last ImprovementsNew releases > CLC Assembly 4.2 New beta releases > CLC Genomics Workbench 6.5 > CLC Genomics Server 5.5 > CLC Main Workbench 6.9 Sequence Alignment Solution, Real-time alignment, RIVYRA, Beta version, CLC Genomics Workbench, CLC Genomics Server, CLC Main Workbench, Complete Human Genome Sequences, Shannon pipeline, Genome-scale mutation analysis, Single Nucleotides Variants(SNVs)

[뉴스레터] BIOBASE, Integration of ExPlain functionality into PROTEOME + TRANSFAC Phase I 조회 1163 BIOBASE NewsletterSummer 2013 In this Issue • TRANSFAC / PROTEOME • HGMD • Genome Trax • ANNOVAR • BRENDA TRANSFAC / PROTEOMEIntegration of ExPlain functionality into PROTEOME + TRANSFAC Phase IBIOBASE사에서는 ExPlain analysis platform의 기능을 PROTEOME + TRANSFAC으로 통합할 예정입니다. 이 프로젝트는 아래의 사항을 지원하기 위함이며 이번 릴리즈와 함께 통합을 위한 첫 번째 단계를 완료 하였습니다. • 분석 할 때 업데이트 된 데이터에 빠르게 접근 가능 • 보다 향상된 analysis capabilities This phase introduces the following features : Centralized data management system새로운 ‘my data' 메뉴는 윗부분의 'search'와 'tools'메뉴 옆에 위치하고 있으며 match analysis에 대한 genes/identifiers, FASTA sequences와 같은 모든 user-uploaded data 뿐 아니라 tools을 사용하여 만들어진 모든 분석결과와 모든 검색결과를 저장 할 때 centralized location을 제공합니다. 이전에 저장되고 업로드된 데이터는 새로운 시스템에서 default로 보여질 수 없음을 명심해주십시오. 만일 이전에 저장되었거나 업로드된 데이터를 새로운 시스템으로 이동시키고 싶으시다면 marketing@insilicogen.com으로 연락 주십시오. 메일 발송시, 사용자 이름을 꼭 작성하여 주십시오. > Learn more New functional analysis toolFunctional classification과 Explain의 Canonical Pathways mapping tools, PROTEOME ontology search의 analysis features를 기본으로 하여 BIOBASE사는 over-represented, shared characteristics의 존재에 대한 genes 또는 miRNAs의 lists를 분석하는 새로운 tool을 소개했었습니다. Functional analysis tool은 'Tool' 메뉴에서 ‘Identify shared characteristics' 옵션을 선택하여 사용하실 수 있습니다. 일단 tool이 로드가 되면 이전에 저장했던 genes(human, mouse, rat, yeast and worm species are supported)의 list 또는 miRNA(human, mouse, rat, yeast and worm species are supported) 또는 분석을 위한 새로운 list를 업로드하십시오. List가 전송이 되면 Fisher test가 실행되고 분석의 결과가 detaied report 형태로 제공됩니다. PROTEOME API version을 사용하시는 분들은 Fihser test analysis를 API를 이용하여 독립적으로 실행하실 수 있습니다. Functional analysis tool을 이용하시려면 ExPlain 또는 PROTEOME을 이용하셔야 합니다. > Learn more New network analysis tool Explain에서 네트워크 클러스터를 기본으로 하여 공유된 네트워크가 있을 때, genes lists의 분석을 위한 새로운 tool을 소개했습니다. Network analysis tool은 'Tool'메뉴에서 'Identify shared networks' 옵션을 선택하여 실행이 가능합니다. Tool이 load가 되고 나면 이전에 저장 해놓았던 gene list를 선택하거나 분석을 위해 새로운 list를 업로드 하실 수 있습니다. List가 전송되면 network cluster analysis가 수행되고 분석 결과가 detailed report로 제공됩니다. 분석으로 확인된 네트워크는 바로 BKL Pathfinder visualization tool을 통해 확인이 가능하며 추후에 수정, 확장, export가 가능합니다. Network analysis tool을 사용하기 위해서는 ExPlain 또는 PROTEOME에 대한 라이선스가 필요하다는 점 꼭 확인 부탁드립니다. > Learn more Updated transcription factor classificationHuman transcription factors의 TFClass classification을 기본으로 하여 다음의 사항을 업데 이트 하였습니다. • Mammalian transcription factors에 대한 browsable classification view 업데이트 • Plant와 fungal transcription factors를 independent classification trees로 분리가능 New HITS-Clip high-throughput analysis of miRNA targetsHigh-throughput Argonaute HITS-CLIP의 curation은 Nature 460:479-86에서 발행된 miRNA-mRNA interaction map을 만들어 내었습니다. > View the complete PROTEOME statistics> View the complete TRANSFAC statistics HGMD4,000개 이상의 새로운 mutations 뿐 아니라 보다 빠르게 specified gene reports에 접근할 수 있는 새로운 batch search option을 소개합니다. 다운로드 버전을 사용하는 고객들의 경우에는, 새로는 command line tool이 제공되어 로컬로 설치된 데이터베이스에서 선택된 데이터를 VCF 포맷으로 export가 가능합니다. 보다 상세한 정보를 확안하시려면 아래의 문서를 확인하여 주십시오. > View the complete HGMD statistics Genome Trax몇 개의 major tracks에 대하여 새롭게 업데이트 된 컨텐츠 뿐 아니라, 이번 릴리즈에서는 아래와 같은 특징들을 소개하려고 합니다. Trio analysis새로운 Trio analysis workflow를 통하여 variants를 확인하실 수 있습니다. 부모 모두가 heterozygous 이고 자손이 homozygous 이거나 compound heterozygous 이거나 ‘De novo' mutation이 자손에게 있지만 부모로부터 물려받은 것이 아닌 경우와 같이 영향을 받지 않은 부모로부터 나온 자손에게서 질병을 야기 시키는 variants를 확인할 수 있도록 해줍니다. Trio analysis를 위한 input data는 three family members에서 genotype information을 가지고 있는 single VCF 파일입니다. Enhanced filtering based on allele frequencyCommon input variants를 제거할 때, allele frequency를 선택하는 것이 가능합니다. 더 큰 allele frequency를 잘라낼수록, 더 적은 데이터가 고정되고 input file에서 더 많은 variants가 annotation으로 고려되어집니다. dbSNP annotationsGenome Trax는 annotation track으로 dbSNP를 제공합니다. 이 track은 파일속의 variants가 dbSNP 안에 rsID가 알려져있을 때 가능합니다. 또한 dbSNP로부터 알려진 모든 variants에 대한 minor allele frequencies를 제공합니다. VCF formatted tracksBIOBASE사는 다운로드버전에서 nucleotide의 변화를 VCF 포맷의 파일로 제공합니다. > View the complete Genome Trax statistics ANNOVAR2013 Jun 21LJB databases(which are authored by Liu, Jian and Boerwinkle)의 Version 2는 현재 ANNOVAR 유저들이 사용가능합니다. 아래의 variant annotation scores가 포함되어 있습니다. • SIFT • PolyPhen2HDIV, PolyPhen2 HVAR • LRT • MutationTaster • MutationAssessor • FATHMM • GERP++ • PhlyoP • SiPhy 2013 May 20COSMIC64 database에 특정 indels의 position 정보를 업데이트 하였습니다. 2013 May 08이번 릴리즈에서는 summarize_annovar를 annovar_table로 대처하였습니다. Annovar_table은 사용자가 계속적으로 tab-delimited annotation file을 쉽게 viewing하기 위해 엑셀 또는 다른 tools로 생성이 가능합니다. BRENDABRENDA/AMENDA/FRENDA의 최근 릴리즈에서 아래의 특징들을 덧붙여서 소개하고자 합니다. • 272개의 새로운 enzyme classes(EC classes)가 통합되어 전체 6,130개의 enzyme classes가 되었음 • 전체 reference의 개수는 15%정도 증가하여 2.7 million 이상이 되었음 • Enzyme-disease relationship database는 현재 5million 이상을 포함 • Organism-strain information은 현재 많은 data sets을 만들 수 있음 • Tutorial/training section에 exercises와 solutions와 함께 5개의 모듈을 포함하여 training materials가 추가 되었음 > View the complete BRENDA statistics

[뉴스레터] CLC bio, Release of Molegro Virtual Docker 6.0 - Launch of cancer research website 조회 1502 CLC bio사에서는 아래와 같은 내용으로 6월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. [News]New release of Molegro Virtual Docker 6.0새로운 버전의 Molegro Virtual Docker가 릴리즈 되면서 다양한 기능이 추가되었습니다. 그 중에서도 Molegro Data Modeling package에서만 제공하던 데이터모델링(Data modeling)기능이 추가되어 이제부터는 Molegro Virtual Docker를 통해서 바로 사용이 가능합니다. • New and powerful regression features :　Support Vector Machine regression과 Partial Least Squares • K-Nearest Neighbors 또는 Support Vector Machine을 이용한 분류 • Regression의 튜닝과 model parameters 분류의 자동화 • 고해상도 데이터의 visualization을 위한 Spring-Mass Maps • Data sets의 클러스터링 • Principal Component Analysis • Outlier Detection > Get a free 30-day trial > More about Molegro Virtual Docker> For more info and the video Binding focus to the field of cancer research매년 전 세계적으로 수 백만명이 암으로 목숨을 잃어가고 있는 상황이며, WHO에서는 2008년에 7.6백만 명이 암으로 목숨을 잃었으며 향후 2030년에는 이 수치가 13.1백만 명 이상이 될 것이라고 예상하였습니다. 이에 따라, 암 연구에 대한 중요성이 대두되고 있으며 CLC bio사는 전 세계의 연구자와 임상의들이 암 연구에 도움을 제공하기 위해 clccancer.com 이라는 웹사이트를 오픈하였습니다. 이 웹사이트를 통하여 application notes, scientific papers, information about research project를 제공하고 있습니다.> More info about clccancer.com Building the Scarlet Macaw draft genomeCLC bio사를 포함한 연구자팀은 Avian(새) genom연구를 통하여 높은 퀄리티의 de novo genome assembly가 low conts 값에서도 만들어 질 수 있음을 증명하였습니다. Whole genome 분석을 통하여 앵무새의 지능, 말하기 능력, 장수 등과 같은 습성에 대한 후보 유전자를 발굴해 내었습니다. > Read more about the project [Science] A Multi-Platform Draft de novo Genome Assembly and Comparative Analysis for the Scarlet Macaw(Ara macao)Seabury CM, Dowd SE, Seabury PM, Raudsepp T, Brightsmith DJ, et al.PLoS ONE 8(5): e62415. doi:10.1371 (2013) A whole genome shot-gun project는 새롭고 큰 Scarlet Macaw(금강앵무)의 draft de novo genome assembly가 가능하도록 하였습니다. 연구는 Scarlet Macaw의 말하기, 지능, 장수와 같은 생물학적 습성에 대한 관심으로 시작하였습니다. CLC Genomics Workbench는 위의 연구를 수행함에 있어 quality trimming과 de novo hybrid assembly를 진행하는데 사용되었습니다. > Read the interesting paper [Tutorial] Features of Molegro Virtual Docker 6.0새롭고 강력한 데이터모델링 기능이 탑재된 Virtual Docker를 사용하는 방법을 비디오를 통해 만나보세요. > Watch the introductory video Did you know?CLC Genomics Workbench에는 무료로 제공하는 plugin도 다양하게 준비되어 있습니다. > Download free plugins

[업그레이드] CLC Workbench의 버전이 업그레이드 되었습니다. 조회 1010 CLC bio사에서는 지난 5월 15일, 아래 솔루션들의 공식적인 버전 업그레이드를 발표하였습니다. • CLC Main Workbench 6.8.4 • CLC Genomics Workbench 6.0.4 • CLC Genomics Server 5.0.4 주요 업그레이드된 내용은 아래와 같습니다. CLC Main Workbench 6.8.4Workflow에서 발생하던 에러 수정 : Workflow에 필요한 요소들을 입력하고 난 다음에 바로 실행할 경우, workflow에 포함된 요소 확인이 되지 않았던 점을 수정 CLC Genomics Workbench 6.0.4Workflow에서 발생하던 에러 수정 : Workflow에 필요한 요소들을 입력하고 난 다음에 바로 실행할 경우, workflow에 포함된 요소 확인이 되지 않았던 점을 수정Non-human organism의 track data를 chromosome 이름을 기준으로 분류하여 import할 때 발생하였던 에러 수정CLC Genomics Server에서 ChIP-Seq 분석을 시작하려고 할 때 발생한 에러 수정Find primer binding sites 기능에서 발생했던 에러 수정Quality-based Variant Detection 기능에서 발생했던 에러 수정Targer region statistics에서 0 coverage가 올바르게 report 되지 않았던 에러 수정 CLC Genomics Server 5.0.4CLC Genomics Server 5.0.3의 workflow에서 발생하였던 에러 수정 : Workflow에 필요한 요소들을 입력하고 난 다음에 바로 실행할 경우에만 workflow가 실행되었던 에러 수정Non-human organism의 track data를 chromosome 이름을 기준으로 분류하여 import할 때 발생하였던 에러 수정

[뉴스레터] Biomax, Part II : Semantic data integration provides the foundation for personalized medicine 조회 1159 BiomaxSummer 2013 EDUCATIONPart II : Semantic data integration provides the foundation for personalized medicine지난 뉴스레터에서 개인 맞춤형 의료(PM)를 “개인의 전체적인 clinical profile이 주어진 상황에서 진단의 정확성을 높이고 개인 맞춤의 치료법을 개발하기 위함” 이라고 정의 내렸습니다. “Omics" 기술에서 만들어진 정보와 biochemical assays는 genotype과 phenotype 사이의 관계를 이해하는데 도움을 제공합니다. 궁극적으로 질병은 생물학적으로 phenotypic modifier로 작용하는 장속의 미생물과 같은 환경적 영향과 함께 설명이 가능합니다. 동일한 초기 환경에 있는 환자의 그룹에서 comorbidity는 매우 흔하게 나타나며 만성 질환을 가지고 있는 경우에는 더욱 흔하게 나타납니다. 그러므로 치료 전 환자들의 Clinical profile 비교를 통하여 치료법과 지료결과의 명백하지 않은 관계를 밝혀낼 수 있습니다. 따라서 “질병의 taxonomy와 knowledge network”는 성공적인 PM을 위해 중요한 요소입니다. 그러나 다양한 데이터베이스가 공존하고 있어 각기 다른 데이터 포맷을 지니고 있다는 문제점이 있습니다. 이를 해결하기 위해 semantic integration은 매우 중요합니다. Semantic integration은 환자 중심의 annotation과 analysis가 가능하도록 해주어 성공적인 개인 밎춤형 의료(PM)를 위한 필수 사항입니다.> Read more.. Improvements in clinical records maintenance requires new thinking Dr. Klaus Heumann가 왜 “성공적인 next-generation health informatics가 반복적인 적응과정을 통해 진화하는 생태계를 닮아가게 되는지”에 대하여 설명하였습니다. > Read more.. APPLICATIONS VISCOVERY® provides ground-breaking analysis of multiple comorbidities in COPD 최 근에 임상적으로 중요한 comorbidites와 multimorbidity의 만연함이 공존하는 COPD(만성폐쇄성질환)의 pathophysiology에 관한 논문에서 생명과학에서의 VISCOVERY® Profiler의 강점을 설명하였습니다. VISCOVERY® Profiler를 통해 COPD 환자의 데이터에서 comorbidity clusters를 확인하고 건강상태, 치료결과, 전신적 염증반응에 관한 특징을 확인하였습니다. > Click for the abstract NEWS Dr. Martijn Spruit talks about semantic data integration at HC2013, UK Scientific Advisor, Leader of Physical Activity, Exercise Training, CIRO의 Rehabitation인 Dr. Martijn Spruit는 지난달 birmingham에서 열린 HC2013 컨퍼런스에서 “Semantic Data Integration Delivers Comprehensive Personalized Medicine"이라는 주제를 가지고 연설하였으며, 제공된 몇몇의 insights을 어떻게 health informatics project에 이용하여 여러 다른 종류로 이루어진 방대한 데이터를 통합해야하는 과제를 관리가능하고 생산적인 상태로 바꾸어 놓을 수 있는지에 대하여 설명하였습니다. >See the presentation here VISCOVERY® Software suite V6.0 includes new features for life science research Biomax 의 data-mining subsidiary가 Vienna에서 Viscovery® Software Suite의 major release를 런칭하였습니다. Viscovery® Software Suite는 사용자가 복잡한 데이터에서 보다 쉽게 이해가 가능하도록 제공합니다. Viscovery의 특징을 기반으로 하여 explorative analysis와 복잡한 데이터의 statistical modeling에 대한 특허기술, 몇몇의 새로운 기능이 projects를 통하여 도출되었습니다. > Learn more about VISTORY® in the life science here ADS Discovery the online pedant sequence analysis software and be amazed PEDANTTM Genome Annotation은 microbial genome-wide gene analysis and discovery에 있어서 가장 빠르고 가장 신뢰할 만한 sequence analysis tool입니다. • Reliable : Sequence data를 의미있는 정보로 자동 변환 • Intuitive : 모든 컴퓨터에서 보다 쉽게 업로드를 하고 분석을 하고 결과 확인 가능 • Efficient : 새로운 하드웨어 구매 없이 안전한 환경에서 작업 가능 > See our advertisement here