게시판 리스트

[릴리즈] geneXplain 제품 릴리즈 소식: TRANSFAC 2.0 소개 조회 2239 geneXplain팀은 TRANSFAC®, TRANSPATH® 및 HumanPSD™ 데이터베이스의 릴리스 2021.2와 geneXplain® 플랫폼의 릴리스 6.4 및 Genome Enhancer의 릴리스 2.4를 발표하게 된 것을 자랑스럽게 생각합니다! 새로운 릴리스는 유전자 조절 연구에 대한 새로운 시각인 TRANSFAC® 2.0을 소개합니다. Please welcome TRANSFAC® 2.0 transcription factors, genomic binding sites 및 DNA-binding motifs (PWM)에 대한 TRANSFAC® 데이터베이스는 2021.2 릴리스에서 transcription regulation 분야에 gold standard resource인 TRANSFAC® 2.0을 도입합니다. TRANSFAC® 2.0은 다양한 새로운 콘텐츠와 새로운 소프트웨어를 제공합니다. New tool - MATCH Suite MATCH Suite는 소프트웨어는 관심 유전자를 조절하는 transcription factors와 그 transcription factors의 조합을 식별하기 위해 개발되었습니다. MATCH Suite는 human gene 목록을 입력으로 받아들입니다. 입력 데이터의 생물학적 컨텍스트를 고려하고 유전자 세트의 가장 가능성 있는 조절자의 철저하게 선택된 목록을 반환하는 완전히 자동화된 정교한 워크플로를 초기화합니다. 자동으로 생성된 결과 보고서는 PDF 파일로 제공되며 식별된 요인과 결합 부위에 대한 대화형 테이블도 제공됩니다. 내장된 genome browser뿐만 아니라 다양한 기준에 따른 즉각적인 필터링은 인터페이스의 일부입니다. 여기에서 사용자 가이드를 탐색할 수 있습니다. New enhancer reports TRANSFAC 2.0의 새로운 유형의 report입니다. 199,183개의 human enhancer 서열이 FANTOM5 및 HACER 데이터베이스에서 가져와 GRCh38 게놈 어셈블리로 옮겨졌습니다. enhancer 보고서는 regulated genes, 조직 및 enhancer가 활성화된 세포 유형 및 enhancer와 겹치는 일부 기타 functional genomic 영역을 표시합니다. Additional transcription factor interactions 최근에 발표된 BIOPLEX 3 데이터 세트의 인간 transcription factor와 human reference interactome(HuRI) 간의 3,888개의 새로운 interaction이 포함되었습니다. Integration of new human ChIP-Seq experiments from ENCODE ENCODE phase 4 프로젝트에서 발표한 15개의 새로운 인간 전사 인자 결합 부위 ChIP-Seq 실험이 통합되었습니다. 데이터 세트는 13개 독특한 transcription factor에 의해 결합된 197,893개의 단편으로 구성되며, 그 중 5개 인자는 TRANSFAC의 ChIP-Seq 데이터에서 아직 다루지 않았습니다. 자세한 내용은 TRANSFAC® 2021.2의 새로운 기능 및 데이터베이스 통계를 살펴보십시오. TRANSPATH® 2021.2 comes with the following new features: BIOPLEX 1 and 3 interactome data imported 릴리스 1과 3의 BIOPLEX human interaction 데이터를 통합하여 131,566개의 새로운 reaction과 60,151개의 reaction이 추가 실험 기반으로 업데이트되었습니다. Human Reference Protein Interactome (HuRI) integrated HuRI 매핑 프로젝트에서 45,468개의 새로운 reaction을 가져왔습니다. 또한 6,371개의 기존 reaction이 HuRI의 실험적 증거와 같이 업데이트되었습니다. Additional increase in number of reactions 인간의 protein 사이에 29,622개의 새로운 결합 reaction이 추가되었습니다. Update of links to pathway database 유전자/단백질에서 경로 데이터베이스 Reactome(버전 77) 및 Wikipathways(20210610)로의 링크가 업데이트되었습니다. 자세한 내용은 TRANSPATH® 2021.2의 새로운 기능과 데이터베이스 통계를 살펴보십시오. HumanPSD™ 2021.2 comes with the following new features: Biomarker and drug data update 질병 관련 annotation 수는 358,353개로 증가했고, 고유한 질병 관련 gene/biomarker 수는 123,948 개로 증가했습니다. FDA 승인을 받은 새로운 약물이 추가되었으며 약물-표적 단백질 결합 수는 현재 47,504개입니다. 자세한 내용은 HumanPSD™ 2021.2 의 새로운 기능과 데이터베이스 통계를 살펴보십시오. The new 6.4 release of geneXplain® platform is available now! Orthologous and paralogous extension: Transfac 'Matrix to Ensembl' 매칭은 매트릭스 테이블에서 paralogous 및 orthologus Ensembl 식별자까지 링크로 확장되었습니다. 이 링크는 테이블을 앙상블 유전자로 변환하는 허브에서 사용됩니다. Support of hg19 build for genome variants analsis: 이제 hg19 및 hg38 빌드 모두에 대해 RNA-seq 데이터에서 genome variants 및 indel 검출할 수 있습니다. Databases update: TRANSFAC®, TRANSPATH® 및 HumanPSD™ 데이터베이스가 릴리스 2021.2로 업데이트됩니다. New example: Gene Expression Omnibus data (GSE66789)가 있는 새로운 proteomics 예시 추가. 예시의 extended description 이 추가되었습니다. 자세한 내용은 geneXplain® 플랫폼 릴리스 6.4의 전체 새로운 기능 목록을 참조하십시오. The new 2.4 release of Genome Enhancer is available now! Databases update: TRANSFAC®, TRANSPATH® , HumanPSD™ databases가 release 2021.2로 업데이트 됩니다. 데모 보고서 업데이트: 새로운 Genome Enhancer 데모 보고서는 여기에서 찾을 수 있습니다. 자세한 내용은 Genome Enhancer 릴리스 2.4의 전체 새로운 기능 목록을 살펴보십시오.

[뉴스레터] QIAGEN QDI 솔루션 9월호 조회 2318 예정된 웨비나 OmicSoft 스튜디오 웹 세미나 QIAGEN Omicsoft Studio를 사용한 발현 데이터 분석 내용 : • 정규화된 또는 원시 카운트 데이터(전사체학, 단백질체학, 대사체학 등)를 QIAGEN OmicSoft Studio로 가져오기 • 차등 표현식 테이블, 히트맵, 카운트, PCA/PCOA 등과 같은 다운스트림 출력 생성 • 내보내기 고해상도 그래픽 및 원시 또는 필터링 된 테이블 • QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis로 결과 내보내기 • RNA-seq/scRNA-seq/microarray 데이터용으로 사용하기 쉬운 파이프라인 배포 • 공개 데이터(GEO, TCGA 등) 다운로드 또는 비교 옵션을 구현합니다. 일시 : 2021년 9월 29일 오전 3시 참가신청 : 클릭 예정된 교육 IPA 신규 사용자 2부 교육 : QIAGEN IPA를 사용한 대규모 데이터 세트 분석 및 지식 기반 쿼리 • 데이터 세트(RNA-seq, scRNA-seq, proteomics, metabolomics 등)를 업로드하고 IPA에서 대화형 코어/경로 분석 수행 • 생성된 다양한 결과 유형 이해(경로, 주요 조절자, 생물학적 기능/질병에 대한 영향 등) • 다양한 실험 조건(치료, 시점, 단일 세포 클러스터, 질병 유형 등)을 비교하고 유사점 및 대조 식별 • 가설 생성을 위한 데이터 세트 또는 실험 설계 없이도 네트워크 생성 일시 : 9월 8일 오전 3시, 9월 21일 오후 9시 참가신청 : 클릭 IPA 심화 교육: QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis(IPA): 심층 교육 내용 • 1부 : QIAGEN IPA 코어 및 비교 분석에 대한 심층 분석 • 2부 : 사용자 데이터 없이도 QIAGEN IPA를 사용하는 방법 자세히 알아보기 일시 : 9월 22일 오후 9시 참가신청 : 클릭 Single-Cell training: QIAGEN CLC Genomics Workbench를 사용한 RNA-seq 및 Single Cell RNA-seq 데이터 분석 내용 RNA-seq 및 scRNA-seq 데이터의 경우 사용자는 다음 방법을 배웁니다. • fastq 파일, 세포 매트릭스 파일 및 메타데이터 가져오기 및 참조 다운로드 방법 • 읽기를 참조 게놈에 매핑하고 매핑된 %, knee plots 등을 표시하는 유전자 및 전사체 수 및 QC 보고서 생성 • 히트맵, 차등 발현 테이블, PCA/PCOA 플롯, t-SNE 플롯, UMAP 플롯, 도트 플롯, 벤 다이어그램 등과 같은 결과의 시각화 생성 • Annotate single-cell clusters overlain with gene expression • RNA-seq 및 scRNA-seq 워크플로우를 쉽게 커스터마이징 • 출판 품질의 그래픽, 표 및 보고서 내보내기 • QIAGEN CLC Genomics Workbench에서 직접 차등 발현 테이블을 QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis로 전송 일시 : 2021년 9월 23일 오전 3시 참가신청 : 클릭 신규 고객 성공 사례: 분자 경로를 사용하여 종양의 아킬레스건을 표적으로 오클랜드 대학의 의학 연구원인 Dr. Cristin Print가 어떻게 분자 경로가 파괴되어 암 및 기타 질병을 유발하는지 이해하기 위해 노력하는 방법을 알아보고 고급 경로 분석이 그와 그의 팀이 암 및 질병 연구에 대한 통찰력을 얻는 방법을 어떻게 변화시켰는지에 대한 그의 이야기를 탐구해보세요. Clinical Insights HGMD 웹 세미나 : HGMD Professional을 사용하여 변이 지식을 극대화하세요. 내용 - HGMD Professional의 힘을 발견하고 전 세계 실험실에서 임상 테스트 해석에 HGMD Professional을 사용하는 이유를 확인 - 온라인 인터페이스 및 다운로드 가능한 HGMD 데이터베이스 사용 방법 알아보기 일시 : 2021년 9월 9일 오후 8시 참여신청 : 클릭 HSMD 웨비나: 변이에 주석을 달고 유병률을 평가하기 위해 실제 종양 사례 및 QIAGEN 지식에서 얻은 인사이트 활용: 새로운 체세포 데이터베이스 도입 내용 - HSMD에 힘을 실어주는 콘텐츠 소스 - 연구, 분자 테스트 및 의약품 개발을 포함한 여러 응용 분야에 HSMD를 사용하고 적용하는 방법과 어떤 상황에서 HSMD에 액세스할 수 있는지 탐색 일시 : 2021년 9월 29일 오후 12시 참여신청 : 클릭 QCI 웨비나: NGS 2차 분석 워크플로를 5단계로 단순화하는 방법 - QCI 2차 분석에서 NGS 분석 파이프라인을 생성, 수정, 검증 및 실행하는 방법을 알아봅니다.> - 간단한 5단계로 전체 시퀀싱 실행을 분석하는 방법에 대한 가상 데모 - QCI Secondary Analysis가 규정 준수 관리를 단순화하고 값비싼 하드웨어, 추가 IT 리소스 및 고급 생물정보학 기술의 필요성을 최소화하는 방법 보러가기 HGMD® Professional의 2021.2 릴리스를 발표합니다. 이제 HGMD Professional의 여름 릴리스를 사용할 수 있습니다. 323,661개 이상의 전문가가 선별한 질병 유발 돌연변이를 포함하는 HGMD는 생식계열 돌연변이의 가장 크고 가장 신뢰할 수 있는 출처로 남아 있습니다. 이 새 릴리스에는 이전 릴리스보다 8,954개 더 많은 돌연변이 항목이 있습니다. 신경 장애에 대한 새로운 HGMD 애플리케이션 노트 보러가기 새로운 COSMIC 솔루션 개요 보러가기 새로운 QCI 해석 빠른 시작 안내서 보러가기

[릴리즈] QIAGEN CLC Genomics version 21 새로운 업데이트 조회 2086 QIAGEN CLC Genomics version 21의 최신 업데이트 알아보기 QIAGEN CLC Genomics 버전 21(v21)에 대한 최근 플러그인 업데이트에는 QIAGEN CLC Genomics Workbench 내의 새로운 tools 및 데이터베이스 액세스가 포함됩니다. 새 업데이트를 통해 다음을 수행할 수 있습니다. 새 업데이트를 통해 다음을 수행할 수 있습니다: MGI/BGI 시퀀서에 read를 import 예를 들어 Agilent UMI 패널을 분석할 때 유용한 "i1" 인덱스 fastq 파일을 포함하여 Illumina 시퀀서에서 read를 import Illumina의 SARS-CoV-2 ARTIC V3 패널에 대한 새로운 workflow에 액세스 QCI Interpret에 variant call 업로드를 위한 tools 재설계 새로운 해당 tools를 사용하여 variant로부터 consensus sequence 생성 haplotype calling 수행 및 유전자형 genotype-aware tracks 활용 single cell 적용을 위한 TCR 레퍼토리 분석 수행 인간 게놈에서 바이러스 통합 사이트 식별 및 시각화 16S 또는 ITS 시퀀싱 데이터의 기능적 추론 또는 copy number normalization를 위한 PICRUSt2 기반 지원 활용 소프트웨어에서 직접 Reference Virus DataBase (RVDB) 액세스 그림1. 새로운 Identify Viral Integration Sites tool를 이용하여 host genome에 viral integration site 의 evidence를 보여준다. 신규 및 업데이트된 QIAGEN CLC 플러그인의 기능 Biomedical Genomics Analysis 플러그인 새로운 BGI/MGI Sequencing Import tool Agilent UMI 패널 데이터를 지원하기 위해 확장된 옵션: fastq 파일 import 이제 R1 앞에 i1이 추가된 쌍 읽기로 R1, R2 및 i1이 있는 세 개의 fastq 파일 import 이제 VDJ tools와 함께 클론 형 import/export를 사용 가능 Structural Variant Caller의 런타임 및 성능 개선 Upload to QCI Interpret 및 QCI Interpret Translational 완전히 rework 되어 브라우저 로그인을 통해 쉽게 인증 CNV, fusions, inversions, TMB 및 MSI를 포함하여 더 넓은 범위의 variants를 업로드 이 tools는 업로드를 쉽게 자동화할 수 있도록 서버 및 workflows를 지원 Create Consensus Sequences from Variants는 variant track과 관련 reference에서 consensus sequences를 생성 낮은 coverage 영역을 마스킹 Illumina 분석 workflows에 대한 새로운 SARS CoV-2 ARTICv3 패널 New Haplotype Calling plugin 새로운 플러그인은 phasing 정보가 있는 variants의 detection, import, export, validation 옵션과 variant locus, allele variants, haplotype alleles 그리고 microhaplotypes 정보를 전달합니다. QIAGEN CLC Single Cell Analysis Module T Cell repertoire analysis 은 new workflows와 tools에 완벽히 적용 Doublet detection 및 removal은 Single Cell tool에 QC에서 사용 가능 Create Expression Plot tool에서 violin plots 생성 가능 QIAGEN CLC Microbial Genomics Module Identify Viral Integration Sites tool은 hybrid capture panel database 이용해서 host genomes의 viral integration events를 감지할 수 있습니다. 원형의 interactive 그리고 확대/축소 가능한 host/virus genome viewer 이용하여 integration event를 자세히 조사 가능 coverage, unaligned-end coverage 그리고 CDS track overlays와 함께 broken-pair coverage의 visualization 제공 근접한 유전자는 synchronized table에서 확인 Analyze Viral Hybrid Capture Panel Data workflow는 hybrid capture 기술을 사용하여 분석된 샘플에 가장 널리 퍼진 viral species 와 그 variants를 식별 PICRUSt2는 16S 또는 ITS 시퀀싱 데이터의 기능적 추론 또는 CNV normalization의 사용 가능 FDA(Food and Drug Administration)의 RVDB(Reference Virus Data Base) 및 새로운 QIAGEN Microbial Insights – Prokaryotic Taxonomy Database(QMI-PTDB)는 이제 Download Curated Microbial Reference Database tool을 사용하여 다운로드 가능

[릴리즈] TRANSFAC 2.0 첫 릴리즈 예정 조회 1759 TRANSFAC® 2.0이 릴리즈 될 예정입니다. TRANSFAC® 2.0은 다양한 새로운 콘텐츠를 제공합니다. 특히, 새로운 유형의 보고서에서 enhancer와 해당 기능을 찾을 수 있습니다. TRANSFAC® 2.0은 새로운 toolbox인 MATCH Suite와 함께 번들로 제공됩니다. 이 소프트웨어 패키지는 transcription factor 및 특정 유전자를 조절하는 transcription factor 그룹을 확인하는 데 최적화되었습니다. MATCH Suite는 유전자 목록이든 TRANSFAC®, TRANSPATH® 또는 HumanPSD™ 데이터베이스에서 선택한 목록이든 이를 수락하고 완전히 자동화된 정교한 워크플로우를 생성합니다. 이 워크플로우 시스템은 데이터의 생물학적 내용(예: 기능 범주 또는 조직 특이성)을 고려합니다. 유전자 세트와 그 조합 모듈의 특정 regulators(transcription factor)가 식별됩니다. MATCH Suite는 자동으로 여러분의 유전자 셋을 조절하는 transcription factors(TF)를 필터링하여 종합보고서를 생성합니다. 대화형 표는 중간 단계와 최종적으로 식별된 TF를 나타내며 입력한 유전자가 TF에 의해 어떻게 조절되는지 보여줍니다. 여러분은 유전자의 프로모터에서 확인된 영역의 genome browser visualization 기능과 다양하게 적용할 수 있는 필터링 옵션을 만족하실 겁니다. 더 많은 정보가 제공될 예정이니 계속해서 뉴스를 확인하세요!

[릴리즈] HGMD Professional (2021.2) 조회 1765 Announcing the 2021.2 Release of HGMD® Professional 2021.06.28. 월요일 The Summer release of HGMD Professional 출시 323,661개 이상의 전문가 검증 disease-causing mutation을 보유한 HGMD는 가장 많고 신뢰할 수있는 germline mutation 소스입니다. 이번 새로운 릴리즈에는 이전 버전보다 8,954개 더 많은 mutation을 보유합니다. 다른 mutation database와 다르게, HGMD mutation은 peer-reviewed 논문을 기반으로 임상적 영향력을 검증합니다. New HGMD Pro Features 관련해서 자세한 사항은 퀴아젠 홈페이지에서 백서, webinar, Resources Section을 참고하세요. ANNOVAR 이제 ANNOVAR에서 International Cancer Genome Consortium version 28 (hg19, hg38)를 이용하실 수 있습니다. ANNOVAR annotation database는 새로운 호스팅 서버로 이동 중입니다, 구 S3-based server를 아시아 및 중동에 CDN으로서 계속 유지할 계획입니다. -downdb 명령어 www2 (default 인 www 대신) 이용할 수 있습니다. Clivar 20210123 버전은 ANNOVAR에서 hg19/hg38 제공됩니다. (파일 업데이트 20210204) Genome Trax™ Genome Trax™ 2021.1를 이용하실 수 있습니다. 업데이트된 track은 모든 HGMD 관련 track에서도 확인 가능합니다. 주 업데이트는 Genome Trax release 2021.1, PROTEOME™ release 2021.1. 도 포함합니다. 자세한 사항은 GeneXplain을 참고해주세요.

News