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[뉴스레터] 2021년 6월 QDI Newsletter 조회 1716 예정된 Webinar IPA Webinar : From data to biological insight using QIAGEN CLC Single Cell Module and QIAGEN IPA 일시 : 2021년 6월 10일 01:00 AM / 1시간 진행 주제 임신 중 조혈 과정의 복잡한 단계인 장기 발달에서 가계 혈통은 만능 조혈 모세포에서 최종 분화 세포 유형에 이르기까지 다양한 단계에서 관여합니다. 간 발달의 세포 및 분자 메커니즘을 분석하는 것은 이 중요한 장기를 구성하는 세포 유형과 그들이 하는 역할을 이해하는 데 핵심입니다. 이번 웨비나에서는 cell type clusters와 그들의 biology를 강조하기 위해 태아 간의 single-cell transcriptomes를 분석합니다. 참여 신청하기 COSMIC Webinar : COSMIC: Describing millions of somatic mutations at high resolution 일시 : 2021년 6월 15일 04:00 PM / 1시간 진행 주제 COSMIC의 소개와 hand-curated content 모든 유전자는 암에서 체세포 돌연변이의 패턴을 가지고 있으며, COSMIC은 암 유전자 인구조사에서 700개 이상의 병원성 유전자를 기능적으로 상세히 기술합니다. 표현형 및 유전형 주석은 접근 가능하고 통합 가능한 고해상도 형식으로 제공됩니다. COSMIC은 정밀 약물에 대한 저항성을 유발하는 돌연변이를 설명합니다. 암을 유발하는 돌연변이는 많은 유전적 메커니즘을 덮고 있으며, 모두 COSMIC에 설명되어 있습니다. The Cancer Mutation Census는 질병, 돌연변이 작용성에 대한 영향을 측정하기 위한 모든 돌연변이에 대한 지표를 상세히 나타냅니다. 동아시아 암 환자에게 존재하는 유도 및 활성 가능한 돌연변이를 식별하는 방법 참여 신청하기 예정된 교육 OmicSoft 및 IPA 교육 : Discovery from public oncological data using QIAGEN Omicsoft OncoLand and QIAGEN IPA 일시 : 2021년 6월 18일 03:00 AM / 1시간 30분 주제 이번 교육에서는 GEO, TCGA, CCLE 및 기타 출처의 공개 종양 데이터를 사용하여 약물 표적 및 주요 유전자뿐만 아니라 바이오 마커를 발견하고 검증하는 방법에 대해 논의합니다. QIAGEN Omicsoft OncoLand, QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis(IPA) 및 OmicSoft Land Explorer 웹 인터페이스를 사용합니다. 참여 신청하기 CLC 교육 : CLC teaching package: Incorporating NGS Analysis software into your curriculum 일시 : 2021년 6월 25일 01:00 AM / 1시간 주제 QIAGEN CLC Genomics Workbench 소프트웨어와 데이터 분석 응용 프로그램을 소개합니다. QIAGEN CLC Genomics Workbench는 RNA-seq, single-cell RNA-seq, variant calling, 후생유전학 분석, de novo assembly, genome finishing, phylogenic tree construction, metagenomic analysis, Sanger sequencing, molecular biology applications 등을 포함하여 다양한 파이프라인에 널리 사용됩니다. 참여 신청하기 Single Cell Land에 대한 새 블로그 콘텐츠를 통해 Harness the power of deeply-curated scRNA-seq data to accelerate discovery and validation을 알아보세요. 최신 결과를 검증하기 위해 고도로 선별된 single-cell(scRNA-seq) 데이터를 찾고 계신가요? 검출되지 않는 관심 있는 유전자를 찾기 위해 publication의 데이터를 처리하는 데 오랜 시간을 보낸 적이 있으신가요? single-cell portal을 사용해 보았지만 중요한 메타 데이터가 부족하다고 생각하시나요? QIAGEN OmicSoft DiseaseLand 및 OncoLand 프레임 워크를 확장하여 single-cell data를 빠르게 탐색하는 새로운 QIAGEN OmicSoft Single Cell Land가 출시되었습니다. >> 자세히 보기 SARS-CoV-2 게놈 감시 데이터 분석 확장에 대한 블로그 콘텐츠가 업데이트되었습니다. 최근, SARS-CoV-2의 돌연변이가 증가함에 따라 양성 COVID-19 샘플의 NGS를 사용하여 다양한 변종의 게놈 감시를 강화하는 것이 필수적이게 되었습니다. 이에 QIAGEN이 어떻게 도움을 줄 수 있는지 알아보세요. >> 자세히 보기 SARS-CoV-2 돌연변이 분석을 위한 워크플로우 구축에 대한 새 블로그 게시물이 있습니다. 현재 패널 데이터가 미리 구축된 솔루션에서 지원하지 않는 경우 QIAGEN CLC Genomics Workbench에서 간단한 워크 플로우를 생성하여 패널 데이터를 쉽게 분석할 수 있습니다. 자세한 내용을 보려면 여기를 클릭하세요. Clinical Insights QCI Interpret One Webinar : Advancing Personalized Oncology with Transcriptomic Profiling and Mechanistic Modeling 일시 : 2021년 6월 8일 11:00 PM 이 웨비나에서 알라크리스의 차세대 시퀀싱 데이터 분석 책임자인 모리츠 슈테는 정밀 종양학 워크플로우의 일환으로 RNA 시퀀싱 단독 또는 전체 엑솜 시퀀싱과 결합하는 이점을 이야기합니다. RNA-seq가 분자 변화를 식별하고 종양 미세 환경을 조명하는 방법에 대해 논의하는 것 외에도 Schütte 박사는 분자 데이터의 수학적 모델링이 약물 민감도를 예측할 수 있는 방법을 설명합니다. 참석하려면 여기를 클릭하세요. QIAGEN Solid Tumor Summit 2021 : 2021년 6월 29일, 30일 09:00 PM QIAGEN의 Solid Tumor Summit에 초대합니다. 이 이벤트에서는 solid tumor management 분야에 관련된 모든 사람들에게 독특한 경험을 제공할 것입니다. 여기를 클릭하여 등록하세요. 5 reasons why you should use COSMIC to identify cancer mutations 국가 기준 연구소가 HGMD Professional을 신뢰하는 이유에 대한 새로운 콘텐츠가 있습니다. HGMD가 Quality over Quantity에 초점을 맞추어 기계 학습 또는 인공 지능을 사용하는 다른 플랫폼보다 어떤 것이 뛰어난 지 확인하세요. 최근 개최했던 Every Lab Summit을 놓친 분들을 위해서 녹화 자료를 여기서 모두 볼 수 있게 해두었습니다. 이번 이벤트에서 전문가들은 소규모에서 중견 임상 진단 연구소가 대형 병원 네트워크 및 대학 센터의 동일한 속도, 전문 지식 및 신뢰를 가진 정밀 종양학을 위한 포괄적인 게놈 프로파일링 서비스를 제공하기 위해 얼마나 경쟁할 수 있는지를 보여줍니다.

[릴리즈] COSMIC V94 조회 1504 COSMIC V94, 추가된 새로운 검증된 유전자 및 그 이상의 업데이트로 릴리즈 성공적인 Actionability 릴리즈 후, COSMIC 개발팀은 COSMIC V94 업데이트를 가져왔습니다. COSMIC V94는 무엇이 있을까요? 새로운 두 유전자의 Highquality, expert, manual curation (MYCN and MAPK1) 희귀 Lung cancer 와 pancreatic cancer 관련 업데이트 12 hallmark apoptosis 유전자 (BLM, CHEK2, DDB2, ERCC2, ERCC3, ERCC5, RECQL4, POLG, FEN, ELF3, MAPK1, and FLT4)에 curated somatic mutation 데이터 9 Cancer Gene Census Tier 1 유전자 (GATA1, COL2A1, CEBPA, CDKN2C, PTPN11, PTPRB, FOXL2, ACVR2A, and ARHGAP26) 각각의 Cancer hallmark annotations 최신 drug resistance data 최신 Cancer Mutation Census data ACTIONABILITY 데이터 변경사항은 다음과 같습니다: 2000개 이상의 새로운 임상시험 정보, 54 이상의 약물, 38개 새로운 변이 추가 BTK 유전자 검증됨

[뉴스레터] QIAGEN IPA User Group Meeting 조회 1572 Transform proteomic data into pristine results 연구자들이 MS 및 SWATH 데이터에서 새로운 발견을 놓치지 않도록 보장하는 방법을 찾을 수 있습니다. 프로테오믹 데이터 분석 및 해석을 위한 bioinformatics 솔루션에 대한 제품 업데이트 및 교육 뿐만 아니라 전문가와의 Q & A 세션을 제공하는 2시간짜리 온라인 이벤트에 참여하세요. Why attend? QIAGEN IPA에서 기능 훈련 세션을 통해 흥미로운 새로운 기능과 데이터를 사용하는 방법을 배울 수 있습니다. QIAGEN 전문가가 답변하는 기술, 과학 및 지원에 대한 질의응답을 할 수 있습니다. 현재 QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis(IPA)를 사용하고 있든 없든, 이 회의는 여러분의 실험에서 이전보다 더 깊은 통찰력을 얻을 수 있는지에 대해 생각하도록 하는 것을 목표로 합니다. 진행 날짜 : 2021년 5월 26일 오후 2시 등록하기 : 링크

[릴리즈] What's new in the QIAGEN OmicSoft 2021R1 release 조회 2004 새로운 QIAGEN OmicSoft 2021R1 릴리즈 R1 릴리즈의 핵심 사항 이번 콘텐츠 릴리즈에서, QIAGEN OncoLand와 QIAGEN DiseaseLand는 수백 개의 새로운 프로젝트를 추가하였습니다. Select Land의 리스트에서 관심있는 Land가 보이지 않는다면, QIAGEN OmicSoft Server 관리자에게 “Cloud Land Publishing function”을 체크하여 사용가능한 데이터 체크를 요청하세요. 모든 QIAGEN OmicSoft human Land들은 Human.B38 유전체와 OmicsoftGenCode.V33 모델로 재생산되었습니다. 이렇게 재생산된 Land들은 human Land의 최신 업데이트 버전이며, B38_GC33 접미사를 통해 식별할 수 있습니다. QIAGEN OncoLand 2021R1 업데이트 핵심 사항 이제 TCGA는 GenCodeV33에 대한 alignment를 기반으로 사용할 수 있습니다. 이 Land에서 CCLE, GTEx, TCGA VirtualLands와 같은 최신 VirtualLand를 구축할 수 있습니다. 올해 말 OmicSoft는 광범위한 TCGA 메타데이터를 TCGA_B38_GC33으로 확장하고, 종양 샘플 중 oncogene 및 종양 억제 유전자에 핵심 돌연변이가 있는 샘플 vs 없는 샘플의 비교에 대한 업데이트를 진행할 예정입니다. 그림 1. 최신 Human.B38/GenCode.V33 릴리즈를 이용한 CCLE, GTEx 및 TCGA의 조직 샘플에서 BMP2 발현량. Y축은 조직 범주, SourceLand 및 종양 혹은 정상에서 프로파일링됩니다. OncoGEO: 이번 릴리즈에서는 위장관, 생식계 및 남성 비뇨기의 암에 중점을 두고, 99개의 프로젝트에서 6,591개의 샘플과 618개의 비교를 추가하였습니다. 여기에는 전이성 병변의 유전자 발현 특성화(일부는 primary tumor과 짝을 이루는 경우), 시술 전/후의 샘플 쌍, 특정 gene signature의 예측 값 탐색, 기존 약물의 효과, 대체 치료 전략과 약물 내성의 비교 등의 연구에 대한 샘플들이 포함됩니다. 그림 2. 새로운 종양 중심의 샘플 분포, Y축은 조직으로 그룹화되었고, DiseaseState에 따라 색을 입힘. Hematology(혈액학): 이번 릴리즈에서는 호지킨 및 비호지킨 림프종, 백혈병민 골수종 샘플이 추가되며, 특정 약물의 작용 메커니즘, 잠재적인 바이오 마커 발견 및 환자 결과를 예측할 수 있는 gene signatures를 탐구하는 실험과 함께 54개의 프로젝트, 1,303개의 샘플, 250개의 비교가 추가되었습니다. 그림 3. Hematology 2021R1에서 새로운 혈액암 중심의 샘플 분포, Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고, CellType에 따라 색을 입힘. QIAGEN DiseaseLand 2021R1 업데이트 핵심 사항 다음 예시를 탐색하는 새로운 데이터 세트: 비만, 당뇨병, 면역 매개 질환, 백신 및 백신 보조제(vaccine adjuvants), 바이러스 및 박테리아 질환, 세포 스트레스 반응 및 화합물 프로파일링 눈에 대한 새로운 프로파일링 연구 HumanDisease: 지카바이러스에 대한 연구 모음과 eye expression에 대한 상세한 프로파일링, 심혈관, 근골격계 및 신경계 질환에 대한 새로운 연구를 포함하여 108개 프로젝트에서 3,969개의 새로운 샘플과 949개의 비교가 추가되었습니다. 그림 4. HumanDisease 2021R1에서 새로운 질병 초점의 샘플 분포, Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고, 조직에 따라 색을 입힘. Normal Control 및 Disease Control 샘플은 숨겨짐. MouseDisease: 정상 조직과 세포에서의 세포 스트레스에 중점을 둔 52개 프로젝트에서 1,559개의 새로운 샘플과 543개의 비교가 추가되었습니다. (GSE118660, GSE35681, GSE49598, GSE700, GSE84450, GSE90070, GSE54581, GSE29929, GSE11496, GSE11684, GSE122507) 그림 5. MouseDisease 2021R1에서 새로운 질병 모델 샘플의 분포, Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고, 조직에 따라 색을 입힘. Normal Control 및 Disease Control 샘플은 숨겨짐. RatDisease: 이번 릴리즈에서는 in vivo 및 in compound 프로파일링과 독성 연구에 초점을 맞춘 14개 프로젝트에서 2,617개의 새로운 샘플과 2,329개의 비교가 추가되었습니다. 그림 6. 새로운 In vivo compound 프로파일링 또는 독성 샘플 분포의 하위 집합, Y축은 SubjectTreatment로 그룹화됨. 여기에서 2021R1 릴리즈의 전체 세부 정보를 확인하세요.

[뉴스레터] COSMIC - Catalogue of Somatic Mutations in Cancer 조회 1511 Catalog of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC) COSMIC을 통해서 Human cancer에서 somatic mutation의 임팩트(the impact)를 탐색해보세요. What is the impact? Cancer 연구에 있어서 cancer 관련 변이를 잘못 판단하는 것에 대한 임팩트(the impact)를 상상해보신 적 있습니까? 이미 확인된 변이를 놓치면 연구에 어떤 임팩트를 줄 수 있을까요? 위와 같이 곤란한 질문이 생기는 것을 피하기 위한 가장 좋은 해결책은 바로 종합적 human cancer mutation database를 사용하는 것입니다. 7100 만 개 이상의 somatic mutation 있는 COSMIC은 세계에서 가장 큰 expert-curated somatic mutation database입니다. 20,000 이상의 사용자가 신뢰하는 이 제품은 somatic mutation의 다양한 clinical 정보를 통합하였습니다. 여러분의 NGS pipeline에 COSMIC을 더하면 cancer driver mutation의 우선순위 정하기, VUSes 구별, 변이가 common 인지 rare인지 관심 cancer type에 따라서 구별하는 일을 빠르게 수행하여 cancer sample 분석을 가속화합니다. Discover the impact of mutations in Human Cancers 20,000 이상의 사용자와 10,000회 이상 인용한 세계 최대의 human cancer mutations database로 연구 및 진단의 역량을 강화하세요. 1. curated coded mutations 2. human samples studied 3. Peer-reviewed papers 1. COSMIC 3,700만개 이상의 coding mutations의 annotation과 그 밖에 모든 oncogenic non-coding region에 annotation을 제공. 2. Post-doctoral 과학자팀의 peer-reviewed 논문으로 정확성을 갖춘 데이터 3. 매 분기 업데이트하는 COSMIC 자료와 특성(Features) COSMIC은 끊임없이 Cancer mutation의 최신 정보들로 업데이트됩니다. 2019년부터 2020년까지 5,000,000개 이상의 Legacy COSM mutation가 추가되어 지난 15년 동안 수집된 coding mutation의 대략 두 배입니다.