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What’s new in the QIAGEN IPA Spring 2021 Release 조회 1864 90,000개 이상의 Analysis Match 데이터세트 컬렉션에서 관련 분석을 쉽게 찾을 수 있습니다. 이제는 필터링 및 사용자 지정 가능한 메타데이터 열을 사용하여 보거나 오버레이 할 분석 및 데이터세트를 검색하는 것이 훨씬 쉽고 정확합니다. 프로젝트 검색에서 관심있는 키워드를 단순히 입력하신 후, 메타데이터 열 위의 필터를 사용하여 원하는 대로 결과를 좁히실 수 있습니다. Figure 1. 데이터 검색 및 분석에는 검색 및 필터링을 위한 새로운 옵션이 있습니다. 예시는 NASH의 마우스 간의 연구를 찾기 위한 검색을 보여줍니다. 강화된 세포 내 위치 찾기를 통해 생물학을 설명하세요. 단백질의 세포 내 위치는 세포에서 기능과 역할에 대한 단서를 제공할 수 있습니다. 예를 들어, 미토콘드리아에서 발견되는 단백질은 라이소좀에서 발견되는 것과는 다른 역할을 합니다. 이제 모든 네트워크 또는 경로에서 분자의 상세한 세포 내 위치를 자동으로 발견하고 주석을 달 수 있습니다. Figure 2. 세포 내 위치 정보를 표시하도록 구성된 경로 Figure 3. Figure 2의 경루에서 골지체에 국한된 단백질을 보여주는 세부 사항. 다른 애플리케이션 개선 사항 Genes and chemicals에 대한 자동 완성 기능이 개선되었습니다. Gene Views, Chem Views, Canonical Pathway Reports 등이 새로운 모양과 느낌으로 업데이트 되었습니다. Figure 4. Gene View의 새로운 모습 콘텐츠 업데이트 새로운 QIAGEN OmicSoft Single Cell Land 및 SARS-CoV-2 데이터세트는 현재 Analysis Match에서 사용할 수 있는 90,000개 이상의 데이터세트에 포함되어 있습니다. 새로운 2개의 Canonical Signaling Pathways 확장성 심근병증 신호 전달 경로 (Dilated Cardiomyopathy Signaling Pathway) NAD 신호 전달 경로(NAD Signaling Pathway) 4개의 기존 Canonical Signaling Pathways에 활동 패턴 추가 자가포식(Autophagy) T 세포 수용체 신호(T Cell Receptor Signaling) 활성 및 무반응 T 림프구에서 IL-2 발현의 조절(Regulation of IL-2 Expression in Activated and Anergic T Lymphocytes) 수지상세포 성숙(Dendritic Cell Maturation) 업데이트된 1개의 Canonical Signaling Pathway 코로나바이러스 발병기전 경로(Coronavirus Pathogenesis Pathway) 다음을 포함한 12만 개 이상의 새로운 발견 (IPA에서 총 780만 개 이상) >37,000 expert findings >39,000 protein-protein interaction findings from BioGRID >22,100 cancer mutation findings from ClinVar >12,700 findings from the Mouse Genome Database (MGD) >5600 findings from the Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) >2200 Gene Ontology findings >3600 drug-to-disease findings from ClinicalTrials.gov >3900 target-to-disease findings from ClinicalTrials.gov 273 newly mappable chemicals Figure 5. ‘Analysis Match’와 ‘Activity Plot’에서 사용할 수 있는 OmicSoft 분석 콘텐츠. QIAGEN IPA의 최신 개선사항을 더 확인하고 싶으시면 링크를 클릭하세요.
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[뉴스레터] QIAGEN QDI 솔루션 4월호 조회 1760 이번 달에는 새로운 OmicSoft Single Cell 출시와 HGMD, COSMIC, QIAGEN IPA, QCI IT 및 QCI Interpret의 새로운 릴리스에 중점을 둡니다. OmicSoft Single Cell Land Launch Single Cell RNA-seq 데이터 분석을 위한 새로운 솔루션이 있습니다. scRNA-seq 데이터를 위한 Single Cell Land는 수천 개의 정밀하게 큐레이팅 된 셀 클러스터를 생성하는 수백 개의 단일 셀 프로젝트에 접근할 수 있게 해줍니다. 또한, 70개의 메타 데이터 속성 중 하나를 사용하여 검색 가능한 수백만 개의 셀에 액세스 할 수 있습니다. 여기에서 Single Cell Land에 대해 자세히 알아보십시오. COSMIC 및 HGMD의 새로운 릴리스 COSMIC과 HGMD 모두 새 릴리스가 있습니다. 새로운 소개 웨비나와 새로운 v.93 릴리스의 최신 업데이트에서 새로운 COSMIC 제품에 대해 자세히 알아보세요. HGMD Professional의 봄 릴리스가 현재 출시되었으며 7,341개 이상의 돌연변이 항목이 추가되었습니다. 새로운 기능에는 GRCh38.p13의 업데이트 된 참조 시퀀스, ANNOVAR 용 새 데이터 세트 및 Genome Trax의 새 버전이 포함됩니다. 자세한 내용을 보려면 여기를 클릭 하세요. QIAGEN IPA의 새 릴리스 새로운 IPA spring release가 나왔습니다. 다음은 spring release의 몇 가지 새로운 기능입니다. Analysis Match에서 필터링, 사용자 정의 가능한 메타데이터 열 네트워크의 단백질 및 분자에 대한 새로운 세포 내 위치 정보 및 기타 많은 새로운 기능 및 콘텐츠 업데이트를 통해 관련 분석 및 데이터 세트 탐색 등 모든 새로운 기능과 업데이트에 대해 알아 보려면 여기를 클릭하십시오. 예정된 웨비나 Discovery 1. CLC Webinar : “Genome assembly evaluation and improvement of structural annotation in complex non-model organisms” 4월 13일 3:00 AM 및 4월 14일 05:00 AM. 등록 하려면 여기를 클릭 하십시오 . 2. COSMIC with QDI Webinar : “Investigation of Somatic and Germline Variants by COSMIC, HGMD and QIAGEN Databases” 4월 22일 3:00 AM 및 4월 22일 05:00 AM 등록 하려면 여기를 클릭 하십시오. 3. CLC Webinar : “Assembly and annotation of plastid genomes using QIAGEN CLC Genomics” 4월 27일 3:00 AM and 4월 28일 05:00 AM 등록 하려면 여기를 클릭 하십시오. Upcoming Events Single-Cell Data Analysis Summit : 4월 8일 05:00 PM 및 01:00 PM에 참여하세요 . QIAGEN Digital Insights는 개별 세포 집단의 생물학과 분자 동인에 대한 통찰력을 얻을 수 있는지에 대해 제시합니다. single-cell genomics에 대한 해결책과 기술을 발견하세요! 등록하려면 여기를 클릭하십시오. Upcoming Trainings IPA New user 2-part training : : "Large dataset analysis and knowledgebase queries using QIAGEN IPA" 4 월 7 일 및 21 일 03:00 AM 및 05:00 AM 여기서 등록하십시오. IPA deep-dive training – 2 part series : "QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis (IPA) : deep-dive training " , 4 월 8 일 03:00 AM 및 05:00 AM 등록 하려면 여기를 클릭 하십시오 . OmicSoft OncoLand Training : : "Novel discoveries utilizing public data through QIAGEN Omicsoft Lands" 4월 30일 03:00 AM 및 05:00 AM 등록 하려면 여기를 클릭 하십시오 . Single Cell Land의 새 블로그입니다. “Harness the power of deeply-curated scRNA-seq data to accelerate discovery and validation”을 보려면 여기를 클릭하세요.. SARS-CoV-2 genomic surveillance data analysis의 확장에 관한 블로그를 읽어보세요. SARS-CoV-2의 돌연변이가 증가함에 따라, 양성 COVID-19 샘플의 whole-genome next-generation sequencing을 사용하여 다른 변종의 게놈 감시를 강화하는 것이 필수적이게 되었습니다. 이를 QIAGEN이 어떻게 따라가는지 알아보려면 여기를 클릭하세요. QDI 제품이 최신 연구에 사용되고 있음을 보여주는 매력적인 LinkedIn 게시물을 확인해보세요. Coronavirus Pathogenesis Pathway Poster from QIAGEN IPA Learn what new in QIAGEN CLC Genomics v 21 Wastewater surveillance of SARS-CoV-2 using QIAGEN CLC Genomics Clinical Insights Genetics Virtual Week : 4 월 20 일부터 22 일까지 COSMIC, HGMD 및 QIAGEN 지식 기반에 대해 논의하는 QDI 전문가 패널과 함께 2 일간의 온라인 서밋에 참여하세요. 여기를 클릭해 등록합니다. 주제 : QCI Interpret One Webinar : “Rapid, evidence-based reporting of oncology NGS tests at scale” 발표자 : Beate Litzenburger, Ph.D., Global Product Director of Oncology, QIAGEN Digital Insights. 날짜 : 4월 28일 12:00am 등록하려면 여기를 클릭해주세요. 주제 : QCI Interpret One Webinar: “QCI Interpret One: Oncology variant interpretation just got more precise” 발표자 : Beate Litzenburger, Ph.D., Global Product Director of Oncology, QIAGEN Digital Insights. 날짜 : 4월 29일 05:00am 등록하려면 여기를 클릭해주세요. QCI 해석과 QCI 해석 번역에 관한 새로운 임상 블로그 Overcoming Challenges in Variant Filtering and Prioritization : 이 기사는 NGS 데이터 분석 워크플로우 - 변형 필터링 및 우선순위화의 중요한 단계를 논의합니다. Using the Interactive Filter Cascade in QCI Interpret Translational : 이 기사는 QCI Interpret 번역에 대한 대화형 일련의 필터를 사용하여 데이터 세트 내의 유전자 변형을 신속하게 좁힐 수 있는 방법을 알려줍니다.이 대화형 필터 캐스케이드는 관심의 선택 기준과 당면한 연구 질문에 대한 중요성을 반영하기 위해 적용될 수 있습니다.
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[릴리즈] HGMD professional 릴리즈 (2021.1) 조회 1844 Announcing the 2021.1 Release of HGMD® Professional 314,707 전문가가 검증한 disease-causing mutation을 포함해서 HGMD는 가장 큰 규모, 신뢰를 겸비한 Germline mutation 데이터베이스로 자리 잡고 있습니다. 이번 새로운 릴리즈에서는 이전 버전보다 7,341 추가된 mutation 수를 포함합니다. 다른 mutation 데이터베이스와 다르게, HGMD 변이는 모두 peer-reviewed publications 기반으로 임상적인 영향을 주는 증거를 보여줍니다 New HGMD Pro Features HGMD에 reference sequence를 GRCh38.p13의 annotation release 109.20200817로 업데이트 하였습니다. ANNOVAR International Cancer Genome Consortium version 28 (hg19, hg38) 은 이제 ANNOVAR에서 이용할 수 있습니다. ANNOVAR annotation database는 새로운 호스팅 서버로 이전 중에 있습니다. 다운로드 속도를 높이기 위해 아시아 및 중동 지역의 CDN으로 기존 S3 기반 서버를 계속 유지할 계획입니다. -downdb 명령행에서 명시적으로 www2 (기본 www 대신)를 지정할 수 있습니다. Clinvar 20210123 버전은 ANNOVAR에서 hg19 / hg38로 제공됩니다 (파일 업데이트: 20210204). Genome Trax™ The Genome Trax™ 2021.1 이제 이용할 수 있습니다. HGMD 2021.1 에서 확인할 수 있습니다. 주 업데이트는 Genome Trax release 2021.1 과 PROTEOME™ release 2021.1. 를 포함합니다. Transfac ™ 및 PROTEOME ™에 업데이트 릴리즈 정보는 GeneXplain을 참조하세요. 변이 해석에 ACMG 분류가 필요하십니까? Clinical genomic interpretation solution을 찾으시면, QIAGEN Clinical Insights 이외는 보실 필요가 없습니다. Clinical Insights. QIAGEN Clinical Insight 매달 2000편 이상의 과학 및 임상 저널에 최상급 manual curation DB를 구축합니다. 이 DB는 30개 이상의 Public 혹은 Proprietary HGMD, AFC 정보를 포함합니다. 모든 정보는 환자의 유전 정보의 해석을 더 확실하게 해줄 수 있습니다.
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[뉴스레터] QIAGEN Digital Insight 4월 소식 조회 2305 1. Scale up, quickly and easily: SARS-CoV-2 genomic surveillance data analysis 여러분의 연구실에서는 SARS-CoV-2 분석과 보고의 급증에 대비하고 있으신가요? SARS-CoV-2 게놈 감시 데이터 분석을 빠르고 쉽게 확장할 수 있는 솔루션인 QIAGEN CoV-2 Insights 서비스 솔루션을 사용하면 광범위한 IT 인프라나 생물 정보학 전문 인력 없이 샘플을 자동으로 처리하고 몇 분 내에 간결한 결과를 제공하여 공중 보건 파트너와 공유 할 수 있습니다. 추가 비용없이 QIAGEN CLC Genomics Workbench에서 결과를 시각화 할 수도 있습니다. 또한 온 디맨드로 확장하고 조정하는 글로벌 클라우드 인프라를 사용하여 가장 빠르고 가장 안전한 데이터 처리를 제공합니다. 아래 링크를 통해 자세한 내용을 확인해보세요! >> 자세히 보기 2. Human Gene Mutation Database (HGMD) Professional 인간 유전병을 담당하는 병원성 유전자 병변에 대한 최신 데이터가 필요하신가요? HGMD Pro의 실용적이고 신뢰할 수 있는 데이터로 더 많은 사례들을 빠르게 해결할 수 있습니다. >> 자세히 보기 3. Faces Behind QIAGEN Digital Insights 올바른 치료 대상을 찾고 있으신가요? 아니면 다음 암 바이오마커를 찾길 원하시나요? 특정 질병의 맥락에서 행동 메커니즘을 이해할 필요가 있으신가요? Elodie Dubus가 QIAGEN Digital Insights 솔루션을 통해 고객이 이러한 목표에 도달할 수 있도록 돕는 방법을 확인하세요. >> 자세히 보기 4. Single cell analysis reveals distinct immune landscapes in transplant and primary sarcomas that determine response or resistance to immunotherapy ‘면역요법은 원발성 종양과 이식 종양에서 다르게 작용하는가?’ @DukeUniv의 암 연구원이 이식 vs 원발성 종양에서 발견된 면역 세포의 single-cell analysis를 위해 QIAGEN OmicSoft Suite를 사용하는 방법과 이러한 세포가 면역 치료의 효과에 어떻게 역할을 하는지 온라인 저널을 통해 확인하세요. >> 자세히 보기
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[릴리즈] COSMIC v93, Actionablity 조회 1446 COSMIC Actionability를 출시합니다! 안녕하세요. PhD급 전문가들로부터 3년 간 고품질의 manual curation 끝에 COSMIC 제품군에서 COSMIC Actionablity가 출시되었습니다. – MUTATION ACITIONABLITY in Precision Oncology (Actionability) Actionability 의 목표는 암 관련 mutation을 타겟 하는 약물을 표시하고 신약의 적용할 수 있도록 임상 연구 진행상황을 계속 업데이트 합니다. Somatic mutation을 타겟하는 약물은 추가적인 case study와 함께 안전성 및 임상 단계에서부터 시장에 나와 repurposing 통해 약물 개발 모든 단계에서 보여집니다. COSMIC은 hereditary와 somatic 적용 분야에서 선도적인 QIAGEN사의 expert-curated genomic, clinical databases, software, service 포트폴리오에 포함됩니다.
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