FAQ
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Read mapping시, 각 read 색상은 무슨 의미인가요? 조회 541 Read mapping시, 각 read 색상은 다음을 의미합니다.초록색 : Forward 방향 single read붉은색 : Reverse 방향 single read 진한 파란색 : Forward 방향 paired read연한 파란색 : Reverse 방향 paired read노란색 : Non-specific match (mapping시, 여러 곳에서 match)연한 글씨 : Unaligned end (soft-clipped read end)검정색 글씨 + 연한 색깔 배경 : Mismatch (A: 빨간 배경, T: 초록 배경, C: 파랑 배경, G: 노랑 배경)가는 선은 read 사이의 공백을 나타내고, 점은 indel을 나타냅니다.이러한 기본 색상은 아래 그림과 같이 side panel에서 변경할 수 있습니다.더욱 자세한 설명은 아래 온라인 매뉴얼 링크를 통해 참고해주세요.https://resources.qiagenbioinformatics.com/manuals/clcgenomicsworkbench/current/index.php?manual=Coloring_mapped_reads.html
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윈도우에서 CLC Network license의 설치 방법을 알고 싶습니다. 조회 1412 CLC Network 라이선스를 정상적으로 사용하기 위해서는 CLC Network License Manager 라는 프로그램이 필요합니다.이 프로그램의 경우 단순히 라이선스 입출입만 관리하고 있습니다.따라서 사양이 높지 않고, 서버 컴퓨터에 설치하는 것 보다는 사용하고자 하는 연구원과 같은 네트워크 망에 있는 것이 중요합니다.아래 링크에서 설치 프로그램을 다운로드합니다.https://digitalinsights.qiagen.com/products/clc-network-license-manager-direct-download/Default로 설치를 진행했을 경우 기본 위치는 C:\Program Files\CLCNetworkLicenseManager5 입니다.CLC Network License Manager 설치를 완료하셨다면 이를 실행하셔야 합니다.설치 디렉토리로 이동하신 후, installservice.bat를 마우스 우클릭 후 관리자 권한으로 실행해주세요.이후 INSTALLATION AND LAUNCH 9 가 표시되면 키보드의 ENTER키를 누릅니다.윈도우 키 + R 키를 눌러 실행 창을 여신 후 services.msc 를 기입 후 키보드의 ENTER키를 누릅니다.서비스 창에서 LM-X License Server가 Download된 것을 확인할 수 있습니다.서비스 정상 작동 확인 방법은 설치된 폴더의 licenseserver.log 파일의 하단에서 Ready to serve... 라는 문구로 확인할 수 있습니다.메모장 등 텍스트 편집기가 바로 열리지 않는다면 우클릭 후 연결 프로그램을 통해 텍스트 편집기를 선택해주세요.예시는 아래와 같습니다.
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윈도우에서 CLC Network license의 적용 방법을 알고 싶습니다. 조회 1125 먼저, CLC의 Network 라이선스를 적용하는 단계는 아래의 순서 중 3번째에 해당합니다.- CLC Network License를 통해 분석 컴퓨터에서 사용하기 위한 방화벽 해제- CLC Network License Manager 설치 및 구동- CLC Network 라이선스 적용- 실제 분석 컴퓨터에서 분석 프로그램 설치 및 적용즉, Network 라이선스를 적용하시기 위해서는 먼저 Network License Manager 프로그램의 설치가 완료된 상태여야 합니다.이에 관한 내용은 아래의 링크를 참조해주세요.https://insilicogen.com/board/faq/940/Network License Manager를 설치하셨다면 해당 폴더 내에 아래와 같이 파일들이 설치되어 있는 것을 확인하실 수 있습니다.여기서 licensedownload.bat 파일을 우클릭 후 관리자 권한으로 실행해주세요.실행했을 경우 아래와 같은 창이 실행됩니다.(주)인실리코젠에서 네트워크 라이선스 구매 시 전달받은 라이선스 정보를 붙여 넣고 키보드의 ENTER 키를 눌러주세요.생성된 라이선스 파일은 licenses 폴더에서 찾을 수 있습니다.라이선스 파일을 확인하셨으면 services.msc를 검색하셔서 실행해주세요.아래와 같이 서비스 창에서 LM-X License Server 항목을 우클릭 후 재시작합니다.licenseserver.log 파일 제일 하단의 문구가 Ready to serve... 라고 뜰 경우 정상적으로 적용이 완료된 것입니다.
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Pairwise Differential Expression Analysis (Without Replicates)의 옵션 값 중 Probability는 무엇을 의미하나요? 조회 974 Probability는 확률을 의미하며, probability가 threshold를 초과하는 유전자는 차별적으로 발현된 것으로 간주됩니다. Probability를 낮출수록 DEG 수는 많아지게 되지만, p-value가 높을 수록 귀무가설을 기각하지 못하게 되는 것처럼 해당 DEG가 통계적으로 유의하지 않게 됩니다. 따라서 OmicsBox에서는 threshold default 값이 0.9로 설정되어 있습니다.
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KEGG pathway permission 인증 받는 방법 조회 1194 OmicsBox 라이선스를 구매해서 사용 중이더라도 KEGG pathway permission에 대해서는 제공하는 양식을 제출해야 합니다.(www.kegg.jp/feedback/copyright.html)해당 양식을 제출하면 KEGG pathway에 대한 permission을 인증할 수 있습니다.진행하시면서 문의 사항이 생기시면 아래 이메일로 문의 부탁 드립니다.consulting@insilicogen.com
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