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Large indel은 어떻게 찾나요? 조회 1202 Large indel은 Toolbox의 "InDels and Structural Variants" 툴을 이용하시면 됩니다.1. Mapping된 track 파일을 넣습니다.2. 파라미터를 설정합니다.Mapping 결과에서 정렬되지 않은 read의 끝부분 (soft clings)의 정보를 토대로 indel과 structural variant를 detection합니다.P-Value threshold : Unaligned end breakpoint 찾을 때의 cut off 설정으로, 높은 값을 설정할수록 더 많은 unalinged breakpoint가 발견될 것이고, 너무 낮은 값을 설정할수록 변이에 인접한 breakpoint가 손실될 수 있음.Maximum number of mismatches : Unaligned end 끝 부분의 mismatches를 얼만큼 허용할 것인지에 대한 cut off임.Minimum quality score : quality score 최소값 설정.Minimum relative consensus coverage : consensus coverage 최소값으로, 현 position의 coverage / 최대 coverage 값으로 계산함.Filter variants : Variant calling할 최소 read값 설정.Ignore broken pairs : broken pair를 무시하고 분석할지 설정.Restrict calling to target regions : Target region에서만 Indel, Structural variant 찾도록 설정. 전체 reference를 detection할 때보다 분석 시간이 감소됨.3. Output을 설정합니다.Create report : breakpoint 와 variant에 대한 보고서가 만들어짐.Create break points : breakpoint에 대한 결과 생성.Create InDel variants : variant에서 InDel로 인정되는 것이 track으로 만들어짐.Create structural variations : structural variant에 대한 결과 생성.만약 workflow에서 결과를 빼고 싶으시다면 InDels and Structural Variants 네모 툴 하단 output에서 우클릭하시고, Use as Workflow Output 을 클릭하시면 됩니다.

IPA reset을 하려면 어떻게 해야 하나요? 조회 1504 (2019.12 기준) QIAGEN 사의 IPA NUL (Named User License) 라이선스 정책은 1개의 계정 당 최대 3대의 컴퓨터까지 설치할 수 있습니다. IPA 정책 상, 신규 계정은 1년 동안 리셋 지원이 불가능합니다. IPA 사용 1년 이후부터 리셋 지원이 가능하며, 1년에 1번만 지원됩니다. 또한 Renewal 기간과 별개로 리셋 기간이 운영됩니다. (예, 2019년 1월 2일 IPA Renewal 시작 -> 2020년 1월 1일까지 사용 / 2020년 1월 2일 IPA Renewal 시작 -> 2021년 1월 1일까지 사용 / 2019년 6월 1일 RESET 신청 -> 2020년 5월 31일까지 RESET 불가능) 처음에는 1~2대의 컴퓨터에서만 적용해서 사용하시고, 나머지는 컴퓨터 문제가 발생(운영체제 재설치 및 포맷 등)하였을 때, 활용하시길 추천드립니다. 그럼에도 불구하고 3대의 컴퓨터에 모두 사용 중이라면, 추가로 적용을 할 수가 없어 RESET 요청을 하게 됩니다. 현재는 USER가 직접 본사에 요청을 해야 RESET 진행이 됩니다. 아래 메일과 같이 작성하여 보내주시면 됩니다. 그리고 받는 메일(CC)은 아래의 계정을 모두 입력하여 주세요. ============================================================================ - 받는 메일 : ts-bioinformatics@qiagen.com, consulting@insilicogen.com - 메일 제목 : Request to Reset Registered Computers on IPA - 메일 내용 : Dear Licensing team. I'd like to reset registered computers. My IPA account is "User account" (eg., jhans@insilicogen.com) I fully understand the security policy and reviewing and accepting policy change. Best Regards, ============================================================ 위 메일 내용에 대한 답변이 오면, 아래 링크로 들어가셔서 암호를 재설정해주셔야 합니다. https://apps.ingenuity.com/isa/account/forgotpassword 그리고 암호 재설정이 진행되고 나면, 바뀐 암호로 적용하는 PC부터 차례로 카운팅이 됩니다. 더 자세한 정보를 보시려면 Registering of 3 computers for IPA for Customers 를 참조하세요.

CLC Workbench에서 각 분석 tool 버젼은 어떻게 체크하나요? 조회 1185 Toolbox의 built-in tool이나 Plugin tool의 버젼은 tool이나 workflow를 실행하신 후 결과파일을 열어 "History"에서 체크하실 수 있습니다. 아래 스크린 샷을 참고해 주십시오.

Adapter list는 어떻게 가져오나요? 조회 1611 1. Trim adapter sequence는 sequencing 시 어떤 라이브러리를 이용했는지 아신 후 (모르시면 시퀀싱 업체에 물어보셔야 합니다), 카탈로그에서 확인하실 수 있습니다.2. sequence를 아셨다면, adapter list를 만듭니다.방법 1 (추천). BxWB에서 adapter list를 만들기. New > Trim Adapter List > Add Row > Name, Sequence 입력, 옵션 선택 후 Finish 클릭. (자세한 설명은 맨 아래에 설명)방법 2. Adapter list를 Excel이나 CSV 파일로 만드신 후, BxWB로 가져오기.Trim adapter list를 csv 파일로 만드실 때는, 반드시 아래 컬럼을 포함해야 하고, 콤마로 각 컬럼을 구분합니다.Name, Sequence, Reads, When an adapter is found, For reads without adapters, Alignment score(아래는 예시)BxWB 에서 Standard import 툴에서 파일 선택 후, 파일 유형을 Trim adapter list 선택하여 가져옵니다.3. Trimming 하기.Adapter list를 만드신 후, Toolbox > Tools> Preparing Raw Data > Trim Reads 의 Adapter trimming 단계에서 만드신 adapter list를 넣으면 됩니다.<참고> 만약, Adapter sequence를 모르시더라도 trimming 시 (Trim Reads 툴 실행, 아래 화면 참고) Automatic read-through adapter trimming을 통해 자동적으로 low quality sequence를 인식합니다.이 후, 결과 Trim reads report를 기반으로 adapter list를 만들고 재 trimming을 할 수 있습니다. (아래 방법 설명)1. Trim Reads 실행 후 결과 중 Trim report를 여시고, 5 Automatic adapter read-through trimming 챕터로 이동합니다. * Detected read-through sequence가 < 10bp인 경우, read-through adapter는 큰 문제가 아니며, "Automatic read-through adapter trimming" 을 이용하시면 됩니다. (Adapter list를 만들어서 trimming 을 다시 실행할 필요가 없습니다.) * Detected read-through sequence가 > 10bp인 경우, 이 sequence를 이용하여 adapter list를 만들고 다시 trimming 하는 것을 추천합니다. (Trim Reads tool을 다시 실행)2. Trim reads report 를 보고 adapter list를 만드는 방법 1. Detected reads-through sequence 를 복사합니다. 이 때, sequence가 너무 길면, 19-24 bp만 복사합니다. 2. New | Adapter Trim List 를 실행 합니다. 3. Add row 버튼을 누릅니다. 4. 첫번째 adapter 이름을 타이핑 합니다. (예시 : Read 1 read-through adapter) 5. 복사한 sequence를 붙여넣습니다. 6. Reads option을 First Read로 셋팅합니다. 7. Remove the adapter and the following sequence (3’ trim) 옵션을 선택합니다. 8. For reads without adapters는 Keep the Read를 선택합니다. 9. Set scoring 에서는 default로 셋팅하고 Finish를 합니다. 10. Read 2 에 대해서도 1-9를 반복합니다. 11. Trim adapter list 를 Save합니다.이제, Trim Reads tool을 다시 실행하여 "Automatic read-through adapter trimming" 옵션과 함께 adapter list를 이용하여 Trimming 하시면 됩니다.

다수의 Variant 분석 결과를 필터링 하고싶습니다. 조회 1222 같은 reference를 기준으로 해서 여러 샘플을 맵핑한 다음 특이적인 변이, 혹은 공통적인 변이를 찾기 위한 툴이 있습니다.바로 Filter Based on Overlap이라는 툴인데, Track Tools 하위에서 찾을 수 있습니다.먼저 track 포맷의 파일을 input으로 넣습니다. 공통적인 변이를 찾을 때는 input 순서는 상관이 없고, 특이 변이를 찾는 경우에는 보고싶은 변이의 track을 넣으시면 됩니다.그 뒤로 overlap 필터링에 사용될 트랙을 선택한 다음, overlap 된 부분을 남겨 놓을지 제거할지 선택해주면 됩니다.Keep annotation with overlap은 공통적인 variant만 보여주고,Keep annotation with do not overlap은 overlap track과 중복되는 부분은 제거한 뒤 보여줍니다.

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