FAQ
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Workflow에서 export excel 시, 원하는 컬럼만 export 하려면 어떻게 해야하나요? 조회 1366 1. Workflow에서 Export Excel 툴을 더블클릭 하여 workflow editor를 엽니다.2. "Export all columns" 버튼을 해제 후, "Columns to export" 칸에 콤마로 구분하여 컬럼 이름을 쓰시면 됩니다.아래에 예시를 보여드립니다.Chromosome,Region,Reference,Allele,Coding region change in longest transcript참고로, 옵션 설정 값을 고정시키거나 분석 시 옵션을 매번 변경할 수 있게 하려면, 자물쇠 버튼을 눌러 lock 또는 unlock하시면 됩니다.
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IPA 분석 이후, canonical pathway에서 회색 bar (z-score=NA)는 어떻게 계산되어 나오는 것인가요? 조회 3044 canonical pathway 바그래프에서 각각의 bar를 클릭해서 나오는 아래패널을 보겠습니다. Blue Bar (z-score = -1) : 위 그림의 아래쪽 테이블에서 Expression Value 컬럼과 Expected 컬럼이 down - up 으로 일치하지 않는 genes이 다수 보입니다. 기존에 보고된 논문에서는 Up으로 예상이 되나 실제 데이터에서 반대경향을 보이므로 해당 패스웨이가 상대적으로 억제된 상태라고 판단을 합니다. Orange Bar (z-score = 1) : 위 그림에서 아래 테이블의 Expression Value 컬럼과 Expected 컬럼이 down-down으로 다수 일치하는 것이 보입니다. 기존 논문들에서 각각의 gene들이 억제될 것이라는 보고가 있었고 그 사실과 일치하므로 해당 패스웨이는 활성화 되는 것으로 판단을 합니다. Gray Bar (z-score = NaN) : 아래 패널의 테이블에 보면 Expected 컬럼이 비어있는 것을 확인할 수 있습니다. 기존에 genes의 활성방향에 대해 밝혀진게 없기 때문에 계산 또는 예측이 불가합니다. White Bar (z-score = 0) : 위 그림의 아래 테이블에서 Expression Value와 Expected를 대조했을때 아래 계산 방법에 의해 각 유전자의 계산값의 합이 0이 되면 해당 패스웨이의 발현 활성의 변화가 없다고 예측됩니다. down-down -> +1up-up -> +1down-up -> -1up-down -> -1
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License Assistant 버튼이 불활성화 되어 있어요. 어떻게 활성화 시키나요? 조회 1053 License Manager 또는 License Assistant 팝업창에서 하단에 있는 라이선스 관련 버튼들이 불활성화되어 있는 것을 간혹 볼 수 있습니다.이는 프로그램을 시작할 때, 바탕화면의 아이콘에서 마우스 우클릭을 통해 '관리자 권한으로 실행'을 선택하면 됩니다.
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IPA에서 canonical pathways 이미지 export 방법 조회 1283 첫번째, 600dpi로 설정 두번째, image size의 units 대신 inches로 바꿈 세번째, width 와 Height를 높여줌 예) 10 / 1.49 (아래 그림 참조) 아래 예시는, width를 10으로 설정하였습니다. dpi 는 dots(pixels)/inch를 뜻하므로 속성이 96dpi일지라도 inch를 조절해줘야함.
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IPA에서 한 단백질에 대해서 DB 서치후 나오는 possible pathway 를 볼수 있는게 아니고 원래 raw 데이터 안의 protein 들 안에서의 단백체들을 기준으로 그들간의 pathway 상호작용을 볼수 있는건가요? 조회 1087 1개의 단백질에 대한 pathway는 그냥 1개의 단백질을 검색해서 관련된 pathway만 뽑아서 볼 수 있습니다. IPA가 유용한 이유는 단순한 작업이 아닌, 업로드 한 proteins 이 어떤 pathway에 많이 포함되어 있는지 보고, 해당 pathway에서 상호작용이 어떤지 볼 수 있기 때문입니다.
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