FAQ
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IPA에서 protomics mass data 결과로 sequester score >20으로 cutoff를 주고 분석을 돌렸더니 정보가 많지 않습니다. 조회 1012 분석을 돌린 molecules 수가 몇개 없다면, 많은 정보를 얻을 수가 없습니다. 데이터셋을 다시 open해서 core 분석을 할 때, cutoff를 주지 말고 돌리는 것을 권장합니다.
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IPA에서 proteomics mass spectrum 데이터 결과로 cqst value를 갖고 있습니다. 어떻게 분석하면 좋을까요? 조회 930 proteomics mass spectrum 데이터를 IPA로 분석하는 방법은 RNA 데이터 분석 방법과 유사합니다. RNA 등의 발현 데이터는 fold change를 구해서 IPA에 import하는데, cqst value 라는 값을 넣어야한다면 the other 로 value type을 잡아주시면 됩니다.
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특정한 구역에서만 variant를 분석하고 싶습니다. 조회 1112 Variant Detection 툴에서 General filters단계에 보면 아래와 같은 옵션칸이 있습니다.여기에 BED포맷으로 구역을 한정지어 주면 그 부분만 분석이 진행됩니다.BED 포맷에 대한 정보는 아래의 페이지에 자세히 설명되어 있습니다.http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1BED파일을 만든 뒤, standard import를 통하여 CLC Genomics Workbench로 가져 오시고 BED파일이 잘 생성이 됐다면 아이콘이 만들어지고, 포맷에 오류가 있다면 아이콘이 텍스트파일로 표시됩니다.정상적으로 생성된 BED파일이라면 위의 옵션에서 선택할 수 있으며, 이 파일을 통해 범위를 한정할 수 있습니다.
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IPA의 큐레이션된 데이터베이스 소스의 종류는 어떻게 되나요? 조회 865 IPA 데이터베이스는 타사 데이터베이스에서 손수 검토하여 정보를 축적하였습니다. 큐레이션된 데이터베이스는 아래와 같습니다. Entrez Gene RefSeq OMIM GWAS Database Gene Ontology Hazardous Substance Database (HSDB) Chemical Carcinogenesis Research Information System database (CCRIS) Human Metabolome Database (HMDB) GNF Tissue Expression Body Atlas NCI-60 Cell Line Expression Atlas HumanCyc metabolic pathway information BIND, DIP, MINT, MIPS, BIOGRID, INTACT, COGNIA protein-protein interactions (updated) TARBASE, miRecords and Target Scan for microRNA- mRNA targeting interactions. Clinicaltrials.gov Drugs@FDA Mosby’s Drug Consult Goodman & Gilman’s ‘ Pharmacological Basis of Therapeutics’ DrugBank COSMIC (for human cancer somatic mutations) MGD (mouse knockout phenotypes)
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IPA 데이터베이스의 데이터 소스는 어떤 것인가요? 조회 886 Ingenuity ® Expert Findings은 저명한 peer-reviewed 저널 논문의 full text를 기반으로 데이터를 구축하였습니다. 저널은 아래와 같습니다. American J. Pathology Arteriosclerosis, Thrombosis and Vascular Biology Biochemistry Blood Cancer Research Cell Current Biology Development EMBO European J. of Immunology FASEB Journal Genes and Development Hypertension Immunity J. Biological Chemistry J. Cell Biology J. Experimental Medicine J. Immunology J. Lipid Research J. National Cancer Institute J. Neuroscience Molecular and Cellular Biology Molecular Biology of the Cell Molecular Cell Nature Nature Cell Biology Nature Genetics Nature Medicine Neuron Oncogene Proc. National Acad. Sciences USA Science
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