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Track list (genome browser) 만들기 조회 719 결과가 track 포맷인지는 아이콘에서 쉽게 찾아볼 수 있습니다.아이콘의 우측 하단에 파란 기둥이 세 개가 있다면 그게 바로 track이라는 의미입니다.'Create Track List' 툴을 열면 아래와 같은 창이 열립니다. 좌측 Navigation Area에서 보이는 포맷들이 바로 track 포맷이 되겠습니다.주의점은 반드시 같은 reference 끼리만 list를 만들 수 있다는 것입니다. 아래와 같이 reference 서열과 annotation, read, snp 결과를 화면에 볼 수 있도록 만들 수 있습니다.그리고 여기서 variant track을 더블클릭하면 하단에 테이블 포맷으로 variant 리스트를 볼 수 있습니다. 테이블에 나와있는 항목 중 하나의 항목을 선택하면 해당되는 position으로 자동으로 이동하여 (3,500근처) read의 양상이나 reference, annotation 정보를 한번에 확인할 수 있습니다.

Map Reads to Reference에서 output을 track(혹은 stand alone)으로 나왔는데 다른 포맷으로 변환하고 싶습니다. 조회 980 Map Reads to Reference 툴을 이용하여 reference에 맵핑을 진행할 때 결과는 아래와 같이 두 종류 중 한 가지만 택할 수 있습니다.아래를 보시면 Output options에 Create read track과 Create stand-along read mapping 중 선택하도록 라디오 버튼으로 되어있습니다.Stand alone 은 reference 서열과 coverage, mapping된 read의 양상까지 모두 한번에 볼 수 있는 결과 파일이며, track포맷은 동일한 reference를 가지는 다양한 track포맷의 결과를 함께 볼 수 있도록 지원하는 포맷입니다(Genome browser 같은 역할로 variant track도 함께 볼 수 있음.).보고자 하는 목적이나 방향에 따라 output 타입을 바꾸어야 하는데, output 옵션을 잘못 선택해서 재분석 하는 일이 없도록 서로의 포맷을 변환 시켜주는 기능이 있습니다. 바로 Track Tools에 들어있는 convert 툴들 입니다.Track형태의 결과를 stand alone으로 변경하시고자 할 때는 'Convert from Tracks'를 Stand alone형태의 결과를 track으로 변경하고자 할 때는 'Convert to Tracks'를 선택해주시기 바랍니다.

CLC Workbench에서 Reference(레퍼런스) 서열 다운로드 방법 조회 798 CLC Genomics Workbench에서는 많이 사용되는 reference서열을 프로그램 내에서 직접 다운로드 받을 수 있도록 되어있습니다.우측 상단의 'Download' 라는 아이콘을 클릭하셔서 맨 위의 'Download Reference Genome Data...' 라는 메뉴를 선택해 주시기 바랍니다.아래의 분류에서 원하시는 reference genome을 선택하셔서 서열과 annotation 파일을 다운로드 받으시면 됩니다.만약 필요한 서열이 리스트에 없다면 이곳을 클릭하셔서 안내에 따라주시기 바랍니다.

IPA를 구동하기 위한 컴퓨터 사양은? 조회 1178 System RequirementsWindows Operating Systems:Windows 10Windows 8Windows 7Windows XP SP2 or later*Windows Internet Browsers:Internet Explorer 6 or laterFirefox 5 or laterChrome 10 or laterSafari 5.05 or laterMac Operating Systems:MacOS SierraOS 10.11 El CapitanOS 10.10 YosemiteOS 10.9 MavericksMac Internet Browsers:Firefox 5 or laterSafari 5.0.5 or laterChrome 10 or laterJava Runtime Enviroment (JRE). Not needed if using the installed version of the IPA client **:JRE 1.7.0_xxJRE 1.8.0_xxMinimum Hardware Requirements:PC – 1.25GHz, 2GB RAM (for lightweight usage of IPA)***PC – 2GHz, 4GB RAM (Recommended)Mac – 1.25GHz, 2GB RAM (for lightweight usage of IPA)***Mac – 2GHz, 4 GB RAM (Recommended)Minimum Screen Resolution of 1024×768Requirements for Advanced Analytics (Causal Network Analysis and BioProfiler):CoreTM i5 processor or equivalent running at 2 GHz or higher with 64 bit OS and JavaMinimum least 3 GB RAM free for JavaMinimum Screen resolution of 1280×800We recommend that you install the IPA client using the installer located here: https://analysis.ingenuity.com/pa/installer/selectWith the installer, you no longer need to install Java separately or login to IPA with a web browser. There is no offline mode for IPA, you need an internet connection to use it.* Note: Due to Microsoft discontinuing support for the Windows XP operating system in April of 2014, the Ingenuity Apps Team at QIAGEN transitioned to legacy support for Ingenuity Pathway Analysis (IPA) on XP starting with the Spring release in March 2014. IPA will continue to function on the XP operating system and we anticipate no issues. However, we recommend that you upgrade to a newer operating system as soon as possible. With this reduced support for XP the IPA team will continue to investigate any reported defects and attempt to offer work-arounds for any identified issues if they arise due to XP.**JRE is the acronym for the Java Runtime Environment and is the program required to run Java applications and applets on your computer. Java is not needed if using the installed version of the IPA client.*** Lightweight usage of IPA includes search, build/overlay operations and small dataset upload and analysis creation. For larger analyses and comparison analyses, IPA requires more memory (RAM).

IPA 설치 및 실행 방법은? 조회 1029 아래 링크를 통해 컴퓨터 사양에 맞게 실행파일을 다운로드 받습니다. https://analysis.ingenuity.com/pa/installer/select IPA 설치를 끝낸 후에는 바탕화면에 IPA 아이콘이 생성됩니다. 등록된 이메일계정과 비밀번호를 이용하여 로그인할 수 있습니다.

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