FAQ
게시판 리스트
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IPA에서 Canonical pathway에서 -log(p-value) 값이 어떤 의미 인지, 어떻게 계산하는지? 조회 2952 right-tailed Fisher Exact Test 방법으로 각 canonical pathway 의 p-value를 계산하게 됩니다. 통상적으로 0.05 이하의 p-value 값을 갖는 pathway를 유의성이 있다고 말합니다. 각 p-value값에 -log를 취했기 때문에 그 값이 높을수록 유의성이 있다고 생각하시면 됩니다.
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만약 IPA 시작시 java 에러가 뜬다면? 조회 923 ●만약 IPA 시작시 하단 사진과 같은 에러가 뜬다면? ● (Solution) 제어판 >> (범주보기) '프로그램' 선택 >> Java 선택 ● Value값을 -Xmx512M로 변경(만약 512로 되어있으면 256으로 change)
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Track list (genome browser) 만들기 조회 844 결과가 track 포맷인지는 아이콘에서 쉽게 찾아볼 수 있습니다.아이콘의 우측 하단에 파란 기둥이 세 개가 있다면 그게 바로 track이라는 의미입니다.'Create Track List' 툴을 열면 아래와 같은 창이 열립니다. 좌측 Navigation Area에서 보이는 포맷들이 바로 track 포맷이 되겠습니다.주의점은 반드시 같은 reference 끼리만 list를 만들 수 있다는 것입니다. 아래와 같이 reference 서열과 annotation, read, snp 결과를 화면에 볼 수 있도록 만들 수 있습니다.그리고 여기서 variant track을 더블클릭하면 하단에 테이블 포맷으로 variant 리스트를 볼 수 있습니다. 테이블에 나와있는 항목 중 하나의 항목을 선택하면 해당되는 position으로 자동으로 이동하여 (3,500근처) read의 양상이나 reference, annotation 정보를 한번에 확인할 수 있습니다.
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Map Reads to Reference에서 output을 track(혹은 stand alone)으로 나왔는데 다른 포맷으로 변환하고 싶습니다. 조회 1104 Map Reads to Reference 툴을 이용하여 reference에 맵핑을 진행할 때 결과는 아래와 같이 두 종류 중 한 가지만 택할 수 있습니다.아래를 보시면 Output options에 Create read track과 Create stand-along read mapping 중 선택하도록 라디오 버튼으로 되어있습니다.Stand alone 은 reference 서열과 coverage, mapping된 read의 양상까지 모두 한번에 볼 수 있는 결과 파일이며, track포맷은 동일한 reference를 가지는 다양한 track포맷의 결과를 함께 볼 수 있도록 지원하는 포맷입니다(Genome browser 같은 역할로 variant track도 함께 볼 수 있음.).보고자 하는 목적이나 방향에 따라 output 타입을 바꾸어야 하는데, output 옵션을 잘못 선택해서 재분석 하는 일이 없도록 서로의 포맷을 변환 시켜주는 기능이 있습니다. 바로 Track Tools에 들어있는 convert 툴들 입니다.Track형태의 결과를 stand alone으로 변경하시고자 할 때는 'Convert from Tracks'를 Stand alone형태의 결과를 track으로 변경하고자 할 때는 'Convert to Tracks'를 선택해주시기 바랍니다.
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CLC Workbench에서 Reference(레퍼런스) 서열 다운로드 방법 조회 937 CLC Genomics Workbench에서는 많이 사용되는 reference서열을 프로그램 내에서 직접 다운로드 받을 수 있도록 되어있습니다.우측 상단의 'Download' 라는 아이콘을 클릭하셔서 맨 위의 'Download Reference Genome Data...' 라는 메뉴를 선택해 주시기 바랍니다.아래의 분류에서 원하시는 reference genome을 선택하셔서 서열과 annotation 파일을 다운로드 받으시면 됩니다.만약 필요한 서열이 리스트에 없다면 이곳을 클릭하셔서 안내에 따라주시기 바랍니다.
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