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[Release] CLC bio, Combined turnkey genomics sequencing analytics solution 조회 1510 CLC bio사와 IBM사가 함께 Combined turnkey genomics sequencing analytics solution을 발표하였습니다. IBM and CLC bio deliver combined turnkey genomics sequencing analytics solution2013년 4월 9일메사추세츠주 보스턴에서 열린 Bio-IT World conference에서 IBM사와 CLC bio사가 협력하여 turnkey next generation sequencing data analytics solution을 발표하였습니다. Combined platform은 진보된 IBM 하드웨어를 기반으로 하여 큰 사이즈의 genomics sequencing data 분석을 위한 CLC Genomics Server 소프트웨어, high-throughput sequencing data의 visualizing, comparing, analyzing을 위한 CLC Genomics Workbench client 소프트웨어가 통합된 scalable end-to-end solution입니다. "고객에게 효율적인 지원 및 next generation sequencing workload를 수행할 수 있는 platform을 제공하는 것은 중요합니다. Molecular biologists와 clinicians는 personalized medicine의 가능성을 실현시킬 수 있는 이러한 tools를 필요로 하기에 우리는 CLC bio사와 함께 강력한 turnkey generation sequencing data analysis solution을 제공하려 합니다" 라고 IBM사의 World-wide Deep Computing의 Director인 Janis Landry-Lane이 말했습니다. CLC bio사의 Global Partner Relations의 director인 Mikael Flensborg가 덧붙여 말했습니다. “우리의 bioinformatics 소프트웨어와 IBM사의 훌륭한 하드웨어가 결합하여 high-throughput sequencing data를 분석할 수 있는 turnkey platform을 제공할 수 있게 되었습니다. Cluster computer nodes는 Intel® Xeon® E5-2650 processors로 실행되는 IBM System x® 3550 M4 rack servers입니다. Nodes는 block과 file workloads를 통합한 storage system이 첨부되어 있는 IBM Storwize® V7000 Unified network에 연결되어 있습니다. Storwize V7000 Unified systems은 IBM General Parallel File System (GPFS™)을 이용한 file data storage를 지원합니다. GPFS는 선도적인 file system performance을 가지고 있고 세계에서 가장 큰 HPC installations에서 이용되고 있습니다. GPFS와 함께 CLC bio 소프트웨어는 최적화된 performance를 위해 NGS data에 빠르고 믿을 수 있는 접근을 제공하는 shared-disk file management solution을 레버리징하고 있습니다. Turnkey analysis platform은 8 CPU cores, 192 GBs의 메모리에서 192 CPU cores, 768 GBs의 메모리, 고객마다의 분석요구사항에 따라 맞춰진 범위 이렇게 3종류의 configurations를 가지고 있습니다. More on the turnkey genomics sequencing analytics solution상세한 설명서를 읽고 IBM과 CLC bio turnkey genomics sequencing analytic solution에 대한 benchmarks를 선택하세요. Click here to read more.. About CLC bio..

[뉴스레터] GeneCodes, Sequencher is Used Globally for DNA Studies of Malaria and Mosquitos 조회 1263 GeneCodes Corp. Sequencher August 2013 Newsletter Sequencher is Used Globally for DNA Studies of Malaria and Mosquitos 모기에 물려 전염되는 기생병인 말라리아는 모기가 물었을 때, 혈액과 감각이 없는 animal senses로 효소들이 삽입되어 모기가 소화를 잘 할 수 있도록 도와줍니다. 이러한 효소들이 삽입되는 동안, malaria parasite가 모기의 혈액에서 새로운 host로 전달되어 사람간의 질병이 퍼지도록 만듭니다. International Medical Corps에 따르면, 말라리아로 인해 사망한 경우의 90%가 아프리카에서 일어나고 있으며 전 세계 인구의 절반에 다다르는 3.3백만의 인구가 말라리아에 전염될 위기에 처해있습니다. 이러한 통계 수치를 통해 예방과 치료 기술의 연구가 전 세계적으로 필요한 상황이며, 강력한 도구를 이용한 연구를 통해 시간이 절약될 수 있도록 하는 것이 중요합니다. Spain 의 Seville에 있는 과학자인 Josué Martínez-de la Puente와 Santiago Ruiz는 최근에 말라리아에 전염되는 과정을 알아내기 위해서는 모기의 종을 판별하는 것이 중요하다는 연구를 발표하였습니다. 그들은 DNA sequencing과 amplification을 통해 종의 판별을 위한 모기 혈분이 소화되는 과정과 DNA extraction 과정을 연구하였습니다. 모기 종의 sequence를 분석하고 GenBank sequences와 비교하는 분석들이 Sequencher DNA Analysis Software를 이용하여 진행되었습니다. Sequencher's tool을 통해, 이러한 과학자들이 host species identification을 성공적으로 찾아내는 것이 가능했습니다. Walter Reed Army Institute of Research의 Desmond Foley and Genelle Harrison는 모기의 침샘과 말라리아에 대하여 연구를 하였습니다. 이러한 연구자들은 PCR을 광학 현미경법 기술을 대신 이용하여 말라리아의 종충 비율(sporozoite rates)의 확인을 위한 새로운 방법을 만들었습니다. 광학 현미경법 기술은 말라리아에 대하여 false positive를 제공하는 것으로 생각되어 이를 PCR을 이용하여 제거하는 방법으로 시도하였습니다. 이러한 새로운 방법을 통해, 과학자들은 Sequencher를 이용하여 정확한 종 확인을 위해 알려진 BLAST sequence와 비교하여 align을 진행하였습니다. Videos> Installation of NGS tools

[뉴스레터] BIOBASE, ANNOVAR : How to annotate your genetic variants 조회 1460 Spring 2013 New Login Page BIOBASE사의 뉴스와 이벤트를 좀 더 편리하게 확인할 수 있도록 subscription LOGIN 페이지가 새롭게 디자인 되었습니다. Scientific Publications Library See who is citing use of BIOBASE tools and data in their research! BIOBASE 사의 scientific publications library는 주로 알고리즘, BIOBASE사 제품에서 제공된 biological data와 tools에 대한 내용을 다루는 기사들을 포함하고 있고, 과학자들이 개인적으로 연구함에 있어서 사용한 BIOBASE사의 tools과 data의 인용에 관한 내용도 포함하고 있습니다. 현재 하고 계신 연구와 관련하여 paper를 publish할 예정이거나 이와 관련하여 BIOBASE products의 인용에 관한 문의 사항이 있으시다면 아래 링크를 클릭하여 좀 더 상세한 정보를 확인하여 주세요. 여기를 클릭하세요 Featured Webinar ANNOVAR : How to annotate your genetic variants Command line인 ANNOVAR tool에 관한 webinar가 진행됩니다. 이번 Webinar에서는 genetic variants의 annotation 하는 방법뿐만 아니라 그 특징들도 함께 확인할 수 있습니다. Genome TraxTM를 가지고 ANNOVAR와 함께 결합하여 사용한 결과 값과 ANNOVAR없이 사용한 결과 값의 차이를 비교해 보세요. 여기를 클릭하세요 BIOBASE사 제품군 관련하여 더 자세한 사항은 codes@insilicogen.com 또는 031-278-0061로 연락 주십시오.

[업그레이드] CLC Genomics Workbench 6.0.2 조회 1504 CLC bio사에서는 지난 3월 19일, 아래 솔루션들의 공식적인 버전 업그레이드를 발표하였습니다. · CLC Main Workbench 6.8.2· CLC Genomics Workbench 6.0.2· CLC Genomics Server 5.0.2· CLC Assembly Cell 4.1주요 업그레이드된 내용은 아래와 같습니다. CLC Main Workbench 6.8.2 • Improvements 1. Restriction site analysis에서 만들어진 fragments를 한 번에 sequence list로 생성 가능 2. Alignment, mapping, BLAST results, sequence views에서 마우스 우클릭 옵션의‘Open Copy of Sequence’와 ‘Open This Sequence’가 ‘Open Sequence'의 메뉴로 통합됨 • Bug fixes 1. Workflow 확인 및 실행 관련 여러 가지 에러들을 수정 2. Workspaces 조정 과정에서 발생하였던 여러 가지 에러들을 수정 3. Find Open Reading Frames tool에서 ‘add annotations' 옵션을 선택하지 않았음에도 불구하고 annotations이 추가 되었던 에러 수정 4. Create Alignment tool에서 out-of-memory 에러 수정 * CLC Main Workbench release 자세한 내용 보기 CLC Genomics Workbench 6.0.2 • Improvements 1. Assembly 결과 ambiguities 영역의 Ns 표시는 줄이고 scaffolding 결과 contig 안에 Ns를 포함하도록 de novo assembly 알고리즘 업데이트 2. VCF export : VCF 파일로 export하면 header가 CLC URL과 연동되어 바로 확인가능 3. Restriction site analysis에서 만들어진 fragments를 한 번에 sequence list로 생성 가능 4. Alignment, mapping, BLAST results, sequence views에서 마우스 우클릭 옵션의 'Open Copy of Sequence'와 ‘Open This Sequence'가 ’Open Sequence'의 메뉴로 통합됨 • Bug fixes 1. UCSC variant tracks의 import와 다운로드의 경우 사용자에게 알림 없이 부분적으로 수행되어 Chr1에서만 variant의 annotation이 되었던 부분을 수정. CLC Genomics Workbench 6.0를 사용하여 UCSC에서 variant data를 다운로드하거나 import할 것 추천 2. 부모 모두 한 position에 variant alleles를 가지고 있어도 Trio analysis의 결과 de novo mutation으로 reference allele를 report하지 않았던 부분을 수정 3. Unmapped reads list를 single reads로 만들었던 부분을 수정 4. GO Enrichment Analysis tool for variant data에서 몇개의 columns이 사라졌던 에러가 수정 5. Paired data를 trimming할 때, report의 section4에서 input으로 사용된 reads의 number가 올바르게 나타나지 않았던 에러 수정 6. Workflow 확인 및 실행 관련 여러 가지 에러들을 수정 7. Workspaces를 조정하는 과정에서 발생하였던 여러 가지 에러들을 수정 8. Compare Variants tool에서 variant tracks을 사용할 때 발생했던 에러 수정 9. Find Open Reading Frames tool에서 ‘add annotations' 옵션을 선택하지 않았음에도 불구하고 annotations가 추가 되었던 에러 수정 10. Create Alignment tool에서 out-of-memory 문제를 수정 11. Target Regions Statistics tool의 결과 값이 input file의 이름으로 설정됨 * CLC Genomics Workbench release 자세한 내용 보기 CLC Genomics Server 5.0.2 • Improvements 1. Assembly 결과 ambiguities 영역의 Ns 표시는 줄이고 scaffolding 결과 contig 안에 Ns를 포함하도록 de novo assembly 알고리즘 업데이트 2. VCF export : VCF 파일로 export하면 header가 CLC URL과 연동되어 바로 확인가능 3. 서버에서 GVF export 가능 4. 서버에서 adapter trim list의 import 가능 • Bug fixes 1. Server computer의 local hostname이 IP-address로 해결이 되지 않을 경우, Workbench에서 Server로 연결이 불가능했던 에러 수정 2. 부모 모두 한 position에 variant alleles를 가지고 있어도 Trio analysis의 결과 de novo mutation으로 reference allele를 report하지 않았던 부분을 수정 3. Unmapped reads list에서 RNA-Seq Analysis의 경우 single reads만을 만들어 냈던 부분을 수정. RNA-Seq analysis를 다시 수행하기 위해 paired reads를 input으로 사용하고 unmapped reads의 downstream analysis를 수행 할 것을 추천 4. GO Enrichment Analysis tool for variant data에서 몇개의 columns이 사라졌던 부분 수정 5. Paired data를 trimming할 때, report의 section4에서 input으로 사용된 reads의 number가 올바르게 나타나지 않았던 에러 수정 6. Workflow를 확인하고 실행하는 것과 관련된 몇몇 에러 수정 7. Workspaces를 조절하는 것과 연관된 에러 수정 8. 이전 버전의 Compare Variants tool에서 variant tracks을 사용할 때 발생했던 에러 수정 9. Find Open Reading Frames tool에서 ‘add annotations' 옵션을 선택하지 않았음에도 불구하고 annotations가 추가 되었던 에러 수정 10. Create Alignment tool에서 out-of-memory 문제를 수정 11. Target Regions Statistics tool의 결과 값이 input file의 이름으로 설정됨 12. 그 외 다양한 에러 수정 * CLC Genomics Server release 자세한 내용 보기 CLC Assembly Cell 4.1 • New features 1. reads의 subset을 무작위로 뽑아내는 clc_sample_reads tool 생성 2. Datasets에서 복제된 reads를 제거하고 확인을 위한 clc_remove_duplicates tool이 beta 버전에서 정식적으로 바뀜 • Improvements 1. De novo assembler에 의해 생성된 Ns의 개수는 줄어들고, 주로 scaffolder 결과 생성됨 2. 조금 더 큰 datasets을 만들기 위해 Duplicate Removal tool의 수행능력이 향상됨 3. Mismatches의 types과 개수에 대한 clc_cas_to_sam의 outputs information이 향상됨 • Bug fixes 1.Paired reads를 input으로 사용하여 de novo assembler에서 contigs가 생성되었을 때, 충돌하던 에러를 수정 2. De novo assembler에서 circular contigs가 너무 많이 연장되는 에러 수정 3. clc_cas_to_sam에서 나타나던 에러 수정 4. 다양한 작은 오류 수정 * CLC Assembly Cell release 자세한 내용 보기 이외에 더 자세한 내용은 각 솔루션 별 웹 페이지를 참고하여 주십시오.

[뉴스레터] CLC bio, Module for microbial genome finishing released 조회 1424 CLC bio사에서는 아래와 같은 내용으로 3월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. NewsModule for microbial genome finishing releasedCLC bio사는 새로운 모듈을 개발하였습니다. High-throughput sequencing technologies가 나타나면서 full-genome sequencing이 가능하도록 만들어 주었지만 길이가 짧은 reads와 반복적인 sequences로 인해 full genome assembly를 수행하는데 많은 어려움이 있었습니다. CLC bio사에서 개발한 ‘Genome Finishing Module'은 박테리아 또는 균류 종과 같이 작은 genomes의 경우에도 높은 quality를 지닌 assembly 결과 값을 만들어 낼 수 있도록 도와 드립니다. CLC Microbial Genome Finishing Module은 여러 가지 기능을 가진 tools을 모아 놓았습니다. Align ContigsAnalyze ContigsCollect Paired StatisticsCreate AmpliconsCreate PrimersAdd Reads to ContigsSample ReadsFind SequencesReassemble RegionsExtend Contigs Click here to get more information Click here to download CLC Microbial Genome Finishing Moduel Genome Sequencing of human pathogens Dr.Chiu가 Bacterial pathogen genomes를 sequencing 하여 medical community에 새로운 정보를 제공하고자 합니다. 아래의 비디오를 통해 Chang Gung Children's Hospital에서 수행하고 있는 프로젝트에 대해 알아보세요. Watch the Video Science Deep RNA Sequencing of the Skeletal Muscle Transcriptome in Swimming Fish PLoS ONE 8(1): e53171. Palstra AP, Beltran S, Burgerhout E, Brittijn SA, Magnoni LJ, et al. 무지개 송어(Rainbow trout)는 상업적으로 매우 중요한 종(Species) 임에도 불구하고 아직 genome sequencing이 되지 않았습니다. 처음 무지개 송어의 skeletal muscle의 transcriptome를 확인하기 위해 RNA-Seq이 수행되었습니다. Low quality reads를 제거하고 de novo assembly와 __EXPRESSION__ analysis와 같은 data analysis를 수행하기 위해 CLC Genomics Workbench가 사용되었습니다. Read the interesting paper Tutorial Contig Analysis in CLC Microbial Genome Finishing Module 이번 튜토리얼에서는 Analyze Contig tool을 이용하여 de novo assemblies에서 problematic regions를 annotation하고 detection하는 방법을 배우실 수 있습니다. Watch the tutorial