FAQ
게시판 리스트
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무한대값은 어떻게 표시하나요? 조회 1262 Fold change를 나타내다보면 무한대값을 표시해야 할 경우가 있습니다. 이 경우에 +∞, -∞ 는 +INF와 -INF로 표기해 주시면 됩니다.
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Variant track과 annotation을 함께 export하고 싶어요. 조회 962 Variant 와 annotation을 함께 보고싶으실 때에는 레퍼런스 서열에 맞는 annotation 서열을 가지고 있어야 합니다. Referene를 CLC Genomics Workbench로 가지고 올때는 두 가지의 경우가 있습니다. 대표적인 model organism은 프로그램 내에서 다운로드 받을 수 있고, 이때 서열과 annotation은 각각의 track형태로 다운로드가 된 경우, 프로그램 내에서 다운로드 받을 수 없는 경우, 인터넷에서 서열과 annotation 파일을 다운로드 받아 프로그램에 import하여 레퍼런스 파일 내에 annotaiton파일이 포함되어 있는 경우 첫번째의 경우에는 annotation track이 준비되어 있기 때문에 아래 2번부터 시작하시고, 두번째의 경우에는 1번부터 시작하시면 됩니다. Reference에서 annotation 파일 track을 추출해야 합니다. Track Tools | Convert to Track 을 이용하여 파일을 넣으시고 필요한 annotation파일을 선택하여 annotation track파일을 생성합니다. 그렇다면 아래와 같은 노란색 화살표에 파란색 바차트 모양의 아이콘이 표시된 파일이 생성됩니다. Variant track과 annotation 사이에 공통 annotation을 variant track에 추가합니다. Track Tools | Annotate and filter 에서 variant track을 선택하도 Next를 눌러 보고자 하는 정보가 담긴 annotation track을 추가하여 저장합니다. Variant track파일을 열어 두번째 아이콘을 클릭하시면, annotation 파일에 있던 정보가 담긴 컬럼이 추가되고 이 파일을 export 하시면 됩니다.
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Annotation 후 필요한 컬럼만 결과테이블에서 보고 싶습니다. 조회 1569 DB를 Variant list에 Annotation 후 원하는 column 만 보고 싶으실 때 방법은 2가지가 있습니다. Annotation된 variant list를 열어서 column을 제거하는 것과 Workflow 분석 도중 제거하는 것입니다. 1. Annotation된 variant list를 열어서 column을 제거하는 방법 : https://insilicogen.com/board/faq/412/ 2. Workflow 분석 도중 column을 제거하는 방법 : Workflow에서 annotation 마지막 단계에 "Remove information from variants" 툴을 추가하여 선택 컬럼만 출력하게 하거나 (keep only selected annotations), 선택 컬럼을 제거합니다 (remove selected annotations). 이 때 모든 컬럼 이름을 직접 타이핑하기 어려우실 때는 아래 방법을 이용하면 됩니다. Toolbox | Identify Candidate Variants () | Remove information from variants () 툴을 실행하여 이미 Annotation된 variant track를 열고 Load Annotations 를 클릭한 뒤, 유지하거나 제거할 column을 선택 후 (Ctrl+선택), 복사하여 (Ctrl + C), workflow의 "Remove information from variants" 툴(위의 화면 중 Annotations칸)에 붙여넣기 (Ctrl + V) 합니다. 위와 같이 설정 후 workflow 분석을 해보면, 선택 컬럼만 유지되거나 제거된 annotated variant track을 확인할 수 있습니다.
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Side panel 에서 선택한 컬럼 리스트를 저장해서 추후 분석시 계속 해당 리스트만 보고 싶습니다. 조회 1442 1. Variant 결과를 table 뷰로 볼 때, 오른쪽의 Side panel에서 보고싶은 컬럼만 선택을 합니다. 2. 우측 하단에 Save View ... 를 클릭 합니다. 3. 컬럼 리스트에 대한 이름을 적고, Save for all table views 클릭 > Save를 눌러 리스트를 저장합니다. 4. Apply saved table view settings 에서 방금 저장한 리스트를 선택 > Use as standard view settings for table view 를 선택 > Apply를 클릭 > 앞으로 분석 결과에서 해당 컬럼 리스트만 볼 수 있습니다. <<< 참고 >>> (앞 단계의 연속으로 파일을 계속 연 상태) 방금 저장한 컬럼만 excel로 export 하실 때 : Export > Excel > Select Input Elements 에서 샘플 선택 > Specify export parameters 에서 Export all columns 를 체크 해제 > Next > Active Editor 클릭 > Next > 저장 위치 선택 후 Finish 하시면 됩니다.
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BED 파일은 어떻게 만드나요? 조회 7243 BED 는 유전체 상에서 특정 target region에 대한 위치정보를 나타낸 파일입니다.BEDTools, SAMTools, BEDOPS 등의 도구를 이용하여 BAM, VCF 파일에서 BED 파일을 만드는 방법도 있지만, raw data가 나오기 전 시퀀싱을 할 때 사용하는 BED 파일을 시퀀싱 업체에서 받아 분석에 적용할 수 있습니다.만약 BED 포맷을 직접 만드실 때는 아래 필수 컬럼을 확인하시어 만드시면 됩니다.chrom - The name of the chromosome (e.g. chr3, chrY, chr2_random) or scaffold (e.g. scaffold10671).chromStart - The starting position of the feature in the chromosome or scaffold. The first base in a chromosome is numbered 0.chromEnd - The ending position of the feature in the chromosome or scaffold. The chromEnd base is not included in the display of the feature. For example, the first 100 bases of a chromosome are defined as chromStart=0, chromEnd=100, and span the bases numbered 0-99.아래는 선택 컬럼입니다.name - Defines the name of the BED line. This label is displayed to the left of the BED line in the Genome Browser window when the track is open to full display mode or directly to the left of the item in pack mode.score - A score between 0 and 1000. If the track line useScore attribute is set to 1 for this annotation data set, the score value will determine the level of gray in which this feature is displayed (higher numbers = darker gray). This table shows the Genome Browser's translation of BED score values into shades of gray:shade score in range ≤ 166167-277278-388389-499500-611612-722723-833834-944≥ 945strand - Defines the strand. Either "." (=no strand) or "+" or "-".thickStart - The starting position at which the feature is drawn thickly (for example, the start codon in gene displays). When there is no thick part, thickStart and thickEnd are usually set to the chromStart position.thickEnd - The ending position at which the feature is drawn thickly (for example the stop codon in gene displays).itemRgb - An RGB value of the form R,G,B (e.g. 255,0,0). If the track line itemRgb attribute is set to "On", this RBG value will determine the display color of the data contained in this BED line. NOTE: It is recommended that a simple color scheme (eight colors or less) be used with this attribute to avoid overwhelming the color resources of the Genome Browser and your Internet browser.blockCount - The number of blocks (exons) in the BED line.blockSizes - A comma-separated list of the block sizes. The number of items in this list should correspond to blockCount.blockStarts - A comma-separated list of block starts. All of the blockStart positions should be calculated relative to chromStart. The number of items in this list should correspond to blockCount.In BED files with block definitions, the first blockStart value must be 0, so that the first block begins at chromStart. Similarly, the final blockStart position plus the final blockSize value must equal chromEnd. Blocks may not overlap.아래는 excel에서 만든 예시입니다.예시1) 예시2)예시를 참고하여 작성, 저장 후 뒤의 확장자를 BED로 바꿔주시면 됩니다.추가적으로, BED 포맷에 대한 자세한 설명은 아래를 참고해주십시오.http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1
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