FAQ
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IPA에서 데이터 공유(data sharing)를 하는 방법은? 조회 896 1. File->Share, Share Manager를 클릭합니다. 또는 아래 그림과 같은 방법으로 실행할 수 있습니다. 2. New Shared Project를 클릭하여 공유폴더를 만듭니다. 3. 원하는 이름으로 폴더 이름을 생성하고, Save를 클릭 4. Shared files 부분에서 Add 버튼을 클릭하면 아래와 같은 창이 뜹니다. 5. 공유할 파일을 더블클릭 or Add 버튼을 클릭하여 우측으로 파일을 넘깁니다. 6. Save 버튼을 클릭하면 창이 닫힙니다. 7. Shared Project Member 쪽 Add를 클릭하면 아래와 같은 창이 뜹니다. 8. 왼쪽 창에서 공유를 할 사람의 IPA 계정(e.g. abc1234@insilicogen.com) 를 입력하고 Add버튼을 클릭하여 우측으로 넘깁니다. 그 다음 하단의 Send 버튼을 클릭하면 파일이 보내집니다. (파일 공유 완료)
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IPA에서 z-score가 어떻게 pathway의 activation, inactivation을 나타내는지? 계산하는 방법이나 기준은? 조회 1990 z-score 가 양수일때는 해당하는 pathway가 activation 상태에 있다고 볼 수 있으며, z-score가 음수일때, 해당하는 pathway가 inactivation 상태에 있다고 볼 수 있습니다. 계산하는 원리와 공식은 아래와 같습니다. z-score가 |2|보다 클 때, 중요한 인자로 생각됩니다. 밝혀진 문헌 정보와 relationship, dataset에 의해 가중치가 적용됩니다.
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IPA에서 canonical pathway 각각의 ratio의 의미는? 조회 1152 IPA에서 각 pathway의 ratio는 데이터베이스의 molecules 수와 mapping된 gene 수의 비율입니다. 비율이 높을수록 해당 pathway가 영향을 받을 수 있는 확률이 높다고 봅니다.
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IPA에서 Canonical pathway에서 -log(p-value) 값이 어떤 의미 인지, 어떻게 계산하는지? 조회 2670 right-tailed Fisher Exact Test 방법으로 각 canonical pathway 의 p-value를 계산하게 됩니다. 통상적으로 0.05 이하의 p-value 값을 갖는 pathway를 유의성이 있다고 말합니다. 각 p-value값에 -log를 취했기 때문에 그 값이 높을수록 유의성이 있다고 생각하시면 됩니다.
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만약 IPA 시작시 java 에러가 뜬다면? 조회 792 ●만약 IPA 시작시 하단 사진과 같은 에러가 뜬다면? ● (Solution) 제어판 >> (범주보기) '프로그램' 선택 >> Java 선택 ● Value값을 -Xmx512M로 변경(만약 512로 되어있으면 256으로 change)
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